More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5204 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010552  BamMC406_5204  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  100 
 
 
304 aa  620  1e-177  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.484805  normal  0.145003 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4676  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  100 
 
 
304 aa  620  1e-177  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0332  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  98.03 
 
 
304 aa  611  1e-174  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3049  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  97.37 
 
 
304 aa  607  1e-173  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.62883  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5317  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  97.37 
 
 
304 aa  607  1e-173  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.435902 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4951  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  97.37 
 
 
304 aa  607  1e-173  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.551688  normal  0.0100534 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3408  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  97.04 
 
 
304 aa  605  1e-172  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.996701 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4736  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  84.21 
 
 
304 aa  541  1e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.473225 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4103  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  85.57 
 
 
305 aa  540  1e-152  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6531  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  83.61 
 
 
305 aa  528  1e-149  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0893919  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1802  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  81.64 
 
 
305 aa  520  1e-146  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0287622  hitchhiker  0.00208874 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4864  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  81.31 
 
 
305 aa  520  1e-146  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.556224  normal  0.0460344 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3688  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  79.61 
 
 
304 aa  515  1e-145  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2814  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  75.5 
 
 
303 aa  483  1e-135  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3098  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  74.17 
 
 
303 aa  478  1e-134  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3599  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  74.5 
 
 
303 aa  480  1e-134  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.815897  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2317  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  74.5 
 
 
303 aa  479  1e-134  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.612252  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0827  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  73.84 
 
 
303 aa  468  1e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0328842  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1215  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  75.17 
 
 
303 aa  467  1e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.589934  normal  0.0261102 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4227  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  72.52 
 
 
303 aa  462  1e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.881982  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05220  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  73.84 
 
 
303 aa  463  1e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4549  dihydrodipicolinate synthetase family protein  72.52 
 
 
303 aa  460  1e-128  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.301477  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1596  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  71.19 
 
 
303 aa  449  1e-125  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0251  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  69.21 
 
 
303 aa  447  1e-124  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3419  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  68.75 
 
 
328 aa  441  1e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.269003  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1117  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  70.53 
 
 
303 aa  444  1e-123  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2587  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  69.77 
 
 
303 aa  440  1e-122  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0233222  hitchhiker  0.00609542 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1729  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  69.21 
 
 
303 aa  440  1e-122  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  9.52381e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1993  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  65.78 
 
 
303 aa  423  1e-117  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0280124  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1793  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  65.78 
 
 
303 aa  423  1e-117  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.133683  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4452  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  59 
 
 
312 aa  364  1e-100  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4586  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  59 
 
 
312 aa  364  1e-100  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.546959  normal  0.879793 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0185  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  56.86 
 
 
336 aa  351  1e-95  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05369  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  55.52 
 
 
311 aa  348  5e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.288036  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6487  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  54.85 
 
 
313 aa  346  2e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.603765  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1689  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.99 
 
 
308 aa  322  3e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.448176  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1875  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  52.67 
 
 
307 aa  319  4e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.207996  normal  0.131652 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5345  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.34 
 
 
301 aa  316  3e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.456657 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3371  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  53.38 
 
 
301 aa  313  2e-84  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1947  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.34 
 
 
301 aa  310  2e-83  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.357262  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3393  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.19 
 
 
301 aa  304  1e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2487  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  47.99 
 
 
307 aa  303  2e-81  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5701  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50 
 
 
301 aa  302  4e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3655  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.85 
 
 
301 aa  302  4e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5150  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  52.36 
 
 
304 aa  299  4e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.951524  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5081  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.84 
 
 
301 aa  281  1e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.302501  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0351  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50 
 
 
304 aa  278  1e-73  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2499  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.34 
 
 
304 aa  278  1e-73  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2392  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.92 
 
 
304 aa  275  6e-73  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.088042  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0037  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50 
 
 
304 aa  270  2e-71  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5157  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  43.77 
 
 
321 aa  233  4e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0414541  hitchhiker  0.0087046 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4039  dihydrodipicolinate synthetase  41.47 
 
 
321 aa  227  1e-58  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1718  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  43.79 
 
 
301 aa  227  2e-58  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1084  dihydrodipicolinate synthetase  43.49 
 
 
301 aa  223  3e-57  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  decreased coverage  0.00262766  hitchhiker  0.00208818 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2020  dihydrodipicolinate synthetase  43.45 
 
 
301 aa  219  7e-56  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.874189  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0755  dihydrodipicolinate synthetase  44.64 
 
 
311 aa  215  7e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4201  dihydrodipicolinate synthetase  40.62 
 
 
308 aa  209  4e-53  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1487  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.45 
 
 
330 aa  206  4e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7513  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.8 
 
 
326 aa  192  7e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1030  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  38.83 
 
 
313 aa  189  4e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.113729  normal  0.255193 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3337  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  37.11 
 
 
301 aa  184  1e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3137  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  38.14 
 
 
300 aa  181  2e-44  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.321867 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0788  dihydrodipicolinate synthetase  40.79 
 
 
306 aa  167  2e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.049848 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1498  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  41.58 
 
 
291 aa  162  7e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1237  dihydrodipicolinate synthetase  60.31 
 
 
199 aa  159  6e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0464  dihydrodipicolinate synthase  31.08 
 
 
294 aa  126  6e-28  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.145976  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0646  dihydrodipicolinate synthase  30.2 
 
 
293 aa  123  5e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0640  dihydrodipicolinate synthase  30.17 
 
 
293 aa  121  2e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.997412  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2641  dihydrodipicolinate synthase  29.63 
 
 
293 aa  118  1e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.553276  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0941  dihydrodipicolinate synthase  28.62 
 
 
293 aa  117  2e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0386855  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0848  dihydrodipicolinate synthase  34.22 
 
 
298 aa  116  6e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.538248 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1838  dihydrodipicolinate synthetase  28.96 
 
 
306 aa  113  4e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1531  dihydrodipicolinate synthetase family protein  27.41 
 
 
304 aa  110  4e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00114549  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4753  dihydrodipicolinate synthetase  29.77 
 
 
305 aa  108  8e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.102033  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0562  dihydrodipicolinate synthase  30.04 
 
 
292 aa  108  1e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00078537 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0673  dihydrodipicolinate synthase  30 
 
 
294 aa  108  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.517741  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2184  dihydrodipicolinate synthase  27.03 
 
 
297 aa  107  4e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5604  dihydrodipicolinate synthase  27.46 
 
 
298 aa  106  6e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5061  dihydrodipicolinate synthase  27.82 
 
 
297 aa  106  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3515  dihydrodipicolinate synthase  30.17 
 
 
296 aa  105  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.142026 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3191  dihydrodipicolinate synthase  30.17 
 
 
296 aa  105  1e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.393919  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1762  dihydrodipicolinate synthase  26.76 
 
 
304 aa  105  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  1.63874e-07  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1929  dihydrodipicolinate synthase  30.8 
 
 
296 aa  105  1e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.712934 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3387  dihydrodipicolinate synthase  29.74 
 
 
296 aa  105  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2062  dihydrodipicolinate synthase  28.67 
 
 
291 aa  103  2e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0124  dihydrodipicolinate synthase  29.12 
 
 
290 aa  103  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.139881  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0722  dihydrodipicolinate synthase  27.12 
 
 
298 aa  103  3e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.862949  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4139  dihydrodipicolinate synthetase  28.62 
 
 
306 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.405813  normal  0.104892 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3380  dihydrodipicolinate synthetase  28.62 
 
 
306 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.434141  normal  0.344387 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1484  dihydrodipicolinate synthase  27.05 
 
 
300 aa  103  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.853225  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4227  dihydrodipicolinate synthetase  28.62 
 
 
306 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0531975  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0989  dihydrodipicolinate synthase  28.12 
 
 
294 aa  103  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.484172  normal  0.862392 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1895  dihydrodipicolinate synthetase  28.87 
 
 
306 aa  103  4e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.305178 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5278  dihydrodipicolinate synthetase  27.21 
 
 
303 aa  103  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.995462 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2161  dihydrodipicolinate synthase  27.99 
 
 
291 aa  103  4e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2421  dihydrodipicolinate synthase  27.15 
 
 
293 aa  102  5e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.5991e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2362  dihydrodipicolinate synthase  27.04 
 
 
304 aa  103  5e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  1.17821e-06  normal  0.484255 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2822  dihydrodipicolinate synthetase  27.11 
 
 
304 aa  102  6e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0197523  normal  0.589984 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0341  2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase  30.09 
 
 
301 aa  102  6e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1908  dihydrodipicolinate synthase  28.43 
 
 
292 aa  102  8e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.316994  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>