More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5133 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010552  BamMC406_5133  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 
243 aa  486  1e-136  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4600  GntR family transcriptional regulator  97.96 
 
 
245 aa  476  1e-133  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0583861  normal  0.697255 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0693  GntR family transcriptional regulator  84.98 
 
 
241 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.162672  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0767  GntR family transcriptional regulator  84.98 
 
 
255 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.933117  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0509  GntR family transcriptional regulator  85.41 
 
 
255 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.223436  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2095  GntR family transcriptional regulator  85.41 
 
 
241 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1647  GntR family transcriptional regulator  84.98 
 
 
241 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2000  GntR family transcriptional regulator  85.41 
 
 
241 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0216224  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0582  GntR family transcriptional regulator  84.98 
 
 
241 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.414159  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5741  GntR family transcriptional regulator  36.49 
 
 
228 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0911809  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3567  GntR family transcriptional regulator  37.11 
 
 
228 aa  115  7.999999999999999e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1861  GntR family transcriptional regulator  33.78 
 
 
264 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2122  GntR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
241 aa  112  4.0000000000000004e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154991  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2043  transcriptional regulator, GntR family  29.61 
 
 
235 aa  110  2.0000000000000002e-23  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000225663  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5067  GntR family transcriptional regulator  31.98 
 
 
226 aa  108  6e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.722709 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1938  GntR family transcriptional regulator  29.73 
 
 
228 aa  108  8.000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2702  transcriptional regulator, GntR family  31.33 
 
 
232 aa  107  1e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2127  transcriptional regulator, GntR family  34.65 
 
 
257 aa  107  2e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1625  GntR family transcriptional regulator  29.09 
 
 
228 aa  107  2e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000899292  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0806  transcriptional regulator, GntR family  30.94 
 
 
228 aa  107  2e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1040  transcriptional regulator, GntR family  30.94 
 
 
228 aa  106  3e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01499  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.09 
 
 
228 aa  106  4e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000422433  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2105  transcriptional regulator, GntR family  29.09 
 
 
228 aa  106  4e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.45704e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01510  hypothetical protein  29.09 
 
 
228 aa  106  4e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000749692  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1630  GntR family transcriptional regulator  29.09 
 
 
228 aa  106  4e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  3.79226e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2156  transcriptional regulator, GntR family  29.09 
 
 
228 aa  106  4e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000156729  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2118  GntR family transcriptional regulator  29.09 
 
 
228 aa  106  4e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000151748  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1749  GntR family transcriptional regulator  29.09 
 
 
228 aa  106  4e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000222448  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4726  transcriptional regulator, GntR family  33.94 
 
 
277 aa  105  5e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0963465  normal  0.842406 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5836  GntR family transcriptional regulator  34.6 
 
 
230 aa  105  8e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3891  transcriptional regulator GntR family  31.39 
 
 
231 aa  103  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.556155  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1700  transcriptional regulator, GntR family  28.64 
 
 
228 aa  103  2e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000855657  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2639  transcriptional regulator, GntR family  34.16 
 
 
228 aa  103  3e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.995505  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1711  GntR family transcriptional regulator  37.38 
 
 
255 aa  102  5e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.950871  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1266  transcriptional regulator, GntR family  30.45 
 
 
228 aa  101  1e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0813  GntR family transcriptional regulator  32.54 
 
 
257 aa  100  2e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1661  transcriptional regulator, GntR family  30.45 
 
 
228 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.022131  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1681  GntR family transcriptional regulator  30.45 
 
 
228 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1613  transcriptional regulator, GntR family  30.45 
 
 
228 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.419265  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1827  GntR family transcriptional regulator  30.45 
 
 
228 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000849458  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6102  transcriptional regulator GntR family  33.52 
 
 
229 aa  100  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1622  GntR family transcriptional regulator  30.45 
 
 
228 aa  99.4  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.62397  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2973  GntR family transcriptional regulator  34.88 
 
 
248 aa  98.6  8e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.010833  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4499  GntR family transcriptional regulator  33.94 
 
 
239 aa  98.6  8e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.928158  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2752  GntR family transcriptional regulator  34.42 
 
 
240 aa  98.6  9e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.868488 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6285  transcriptional regulator, GntR family  31.08 
 
 
234 aa  97.8  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6491  transcriptional regulator, GntR family  33.47 
 
 
239 aa  96.3  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4090  GntR family transcriptional regulator  31.94 
 
 
224 aa  95.9  5e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1001  transcriptional regulator, GntR family  35.62 
 
 
241 aa  95.9  6e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0721326 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0763  GntR family transcriptional regulator  32.54 
 
 
261 aa  95.5  7e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1076  GntR family transcriptional regulator  26.61 
 
 
222 aa  95.1  9e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.928588  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6001  transcriptional regulator, GntR family  33 
 
 
240 aa  95.1  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4057  transcriptional regulator, GntR family  28.3 
 
 
227 aa  93.6  2e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3193  transcriptional regulator, GntR family  27.1 
 
 
225 aa  94  2e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.367816  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3275  transcriptional regulator, GntR family  28.85 
 
 
242 aa  93.6  2e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.906073 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5841  GntR family transcriptional regulator  28.77 
 
 
225 aa  93.6  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0479  transcriptional regulator, GntR family  37.86 
 
 
265 aa  92.4  5e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0535  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 
237 aa  92.4  6e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.150614  normal  0.571261 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2107  GntR family transcriptional regulator  30.28 
 
 
244 aa  91.3  1e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0604546  normal  0.665186 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1768  GntR family transcriptional regulator  27.75 
 
 
227 aa  89.7  3e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000893003  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4468  GntR family transcriptional regulator  35.83 
 
 
229 aa  90.1  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.885152  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5712  transcriptional regulator, GntR family  31.14 
 
 
231 aa  89  6e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.222073  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6243  transcriptional regulator, GntR family  29.02 
 
 
234 aa  88.6  8e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.794552 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2413  GntR family transcriptional regulator  30.23 
 
 
238 aa  88.6  9e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.224265  normal  0.351453 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0489  GntR family transcriptional regulator  30.23 
 
 
238 aa  87.4  2e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2140  GntR family transcriptional regulator  30.23 
 
 
238 aa  87.4  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0432435  normal  0.768948 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02430  transcriptional regulator, GntR family  32.38 
 
 
237 aa  86.7  3e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0732513  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5239  GntR family transcriptional regulator  31.42 
 
 
227 aa  86.7  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.624054 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5061  transcriptional regulator GntR family  28.25 
 
 
234 aa  86.3  4e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4032  GntR family transcriptional regulator  27.75 
 
 
234 aa  85.9  5e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4056  transcriptional regulator, GntR family  23.72 
 
 
231 aa  85.9  5e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2295  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
241 aa  85.5  6e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000972767  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3764  GntR family transcriptional regulator  26.05 
 
 
232 aa  85.9  6e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.227003  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0058  transcriptional regulator, GntR family  29.15 
 
 
234 aa  85.5  7e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3197  GntR family transcriptional regulator  32.31 
 
 
242 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3082  GntR family transcriptional regulator  32.31 
 
 
241 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0349212 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3164  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 
242 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0161984 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6499  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 
242 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.348019  normal  0.174024 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1747  GntR family transcriptional regulator  26.89 
 
 
226 aa  83.6  0.000000000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0442594  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1615  transcriptional regulator, GntR family  25.13 
 
 
230 aa  83.6  0.000000000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000356607  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3213  GntR family transcriptional regulator  31.49 
 
 
284 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  26.8 
 
 
235 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5350  transcriptional regulator, GntR family  31.51 
 
 
239 aa  80.1  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.588797 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3140  GntR family transcriptional regulator  29.9 
 
 
241 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000117475 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  26.8 
 
 
229 aa  79  0.00000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  26.7 
 
 
234 aa  78.6  0.00000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4469  GntR family transcriptional regulator  33.72 
 
 
228 aa  78.6  0.00000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0978  transcriptional regulator, GntR family  32.12 
 
 
234 aa  78.6  0.00000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134109  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  26.8 
 
 
229 aa  78.6  0.00000000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5406  transcriptional regulator, GntR family  31.05 
 
 
239 aa  77.8  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.723673  hitchhiker  0.00193724 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  30.1 
 
 
227 aa  77  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1871  GntR family transcriptional regulator  34.04 
 
 
265 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283642  normal  0.395033 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2531  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
242 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3144  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
242 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4793  transcriptional regulator, GntR family  33.51 
 
 
244 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00330899  hitchhiker  0.000000951338 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2016  GntR family transcriptional regulator  29.44 
 
 
230 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0125173 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  29.12 
 
 
235 aa  75.9  0.0000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4198  GntR domain protein  31.41 
 
 
212 aa  76.3  0.0000000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.241008  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  28.65 
 
 
225 aa  76.3  0.0000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1127  GntR family transcriptional regulator  28.76 
 
 
265 aa  75.5  0.0000000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.345812 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>