More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4812 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_1138  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  65.25 
 
 
499 aa  644    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2536  putative transmembrane aldehyde dehydrogenase oxidoreductase protein  87.25 
 
 
504 aa  885    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.277946 
 
 
-
 
NC_003296  RS02392  transmembrane aldehyde dehydrogenase oxidoreductase protein  72.06 
 
 
499 aa  716    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.697821  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3524  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  76.65 
 
 
506 aa  778    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.132108  normal  0.367269 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3822  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  76.09 
 
 
506 aa  791    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.466972  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50080  malonate/methylmalonate semialdehyde dehydrogenase  67.8 
 
 
499 aa  669    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4384  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  69.92 
 
 
507 aa  716    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.640119 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3497  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  66.8 
 
 
500 aa  673    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.412544  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3379  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  71.03 
 
 
540 aa  714    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.25753  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1444  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  63.91 
 
 
499 aa  634    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0424754  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3271  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  72.26 
 
 
502 aa  732    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.190179  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2931  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  71.03 
 
 
508 aa  714    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5671  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  65.59 
 
 
505 aa  671    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.380811 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3271  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  68.02 
 
 
500 aa  668    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.488043  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1883  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  86.96 
 
 
506 aa  894    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0709118 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0249  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  72.32 
 
 
505 aa  723    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3996  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  70.83 
 
 
508 aa  711    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5828  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  75.4 
 
 
535 aa  786    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0202  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  71.03 
 
 
508 aa  714    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4070  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  71.03 
 
 
508 aa  714    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4576  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  88.34 
 
 
506 aa  904    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3801  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  74.3 
 
 
511 aa  768    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.228893  normal  0.75946 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3917  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  69.94 
 
 
512 aa  702    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2990  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  71.03 
 
 
540 aa  714    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4215  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  64.04 
 
 
499 aa  636    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3333  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  72.36 
 
 
508 aa  724    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2619  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  70.72 
 
 
522 aa  715    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.719043  normal  0.528801 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4547  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  73.53 
 
 
510 aa  751    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0015  acylating methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  70.08 
 
 
512 aa  704    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4274  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  69.92 
 
 
507 aa  716    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.463031  normal  0.914985 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5814  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  71.29 
 
 
507 aa  721    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.404491  normal  0.463976 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2023  acylating methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  71.69 
 
 
507 aa  722    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.794475  normal  0.0299094 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1351  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  88.14 
 
 
506 aa  922    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.241244  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4812  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  100 
 
 
506 aa  1034    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.358835  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0206  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  71.72 
 
 
505 aa  715    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1791  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  64.54 
 
 
508 aa  653    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0950  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  88.14 
 
 
506 aa  924    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4249  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  65.86 
 
 
501 aa  645    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1410  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  88.34 
 
 
506 aa  924    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1035  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  71.54 
 
 
506 aa  781    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1282  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  64.11 
 
 
499 aa  637    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.24316  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1312  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  87.94 
 
 
506 aa  921    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.648779  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1611  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  71.03 
 
 
508 aa  714    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5681  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  79.04 
 
 
503 aa  813    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.320797 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0980  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  72.5 
 
 
512 aa  741    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1432  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  88.14 
 
 
506 aa  924    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3332  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  78.04 
 
 
505 aa  784    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3248  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  63.84 
 
 
509 aa  633  1e-180  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2521  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  64.31 
 
 
499 aa  634  1e-180  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2368  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  61.74 
 
 
504 aa  632  1e-180  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0175  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  62.38 
 
 
509 aa  634  1e-180  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262954  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1185  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.7 
 
 
496 aa  629  1e-179  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.773308  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3204  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.91 
 
 
496 aa  630  1e-179  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.887195  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1113  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.31 
 
 
496 aa  629  1e-179  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000656277  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1083  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.91 
 
 
496 aa  628  1e-179  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000148294  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1091  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.3 
 
 
496 aa  626  1e-178  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00014498  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3107  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  59.76 
 
 
496 aa  626  1e-178  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.281488  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1151  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.5 
 
 
496 aa  625  1e-178  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.11811  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2928  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  59.96 
 
 
496 aa  627  1e-178  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0250419  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3010  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  59.76 
 
 
496 aa  625  1e-178  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.10059  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0965  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.91 
 
 
496 aa  621  1e-176  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0738299  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2650  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.98 
 
 
496 aa  618  1e-176  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000962307  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2416  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.33 
 
 
497 aa  617  1e-175  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3023  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.22 
 
 
499 aa  617  1e-175  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0588426  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0935  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.72 
 
 
501 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0357372  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1043  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.1 
 
 
496 aa  614  9.999999999999999e-175  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0205992  normal  0.342071 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0686  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.7 
 
 
497 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000335425  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3694  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  59.31 
 
 
498 aa  607  9.999999999999999e-173  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0597  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.7 
 
 
497 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0807275  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3940  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.58 
 
 
498 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.90589  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4566  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.5 
 
 
497 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000243063  hitchhiker  0.00796429 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0637  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.7 
 
 
497 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000149078  normal  0.27415 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0206  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.13 
 
 
497 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515725  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0642  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.7 
 
 
497 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000457228  decreased coverage  0.0000167809 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0679  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.5 
 
 
497 aa  599  1e-170  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000513111  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2117  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.58 
 
 
498 aa  600  1e-170  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.591091 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3319  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  56.94 
 
 
498 aa  598  1e-170  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01600  putative aldehyde dehydrogenase  57.72 
 
 
497 aa  599  1e-170  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.510904  normal  0.728588 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1432  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.3 
 
 
498 aa  596  1e-169  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2977  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.44 
 
 
508 aa  596  1e-169  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3302  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.37 
 
 
537 aa  597  1e-169  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.959449 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4044  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.06 
 
 
498 aa  596  1e-169  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0420  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  57.81 
 
 
499 aa  595  1e-169  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0775  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.69 
 
 
497 aa  593  1e-168  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00425927  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3578  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  57.78 
 
 
498 aa  593  1e-168  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.605326 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1877  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.3 
 
 
508 aa  593  1e-168  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00719864 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3049  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.24 
 
 
508 aa  594  1e-168  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4060  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.3 
 
 
496 aa  591  1e-167  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0386  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.45 
 
 
498 aa  590  1e-167  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.433719  normal  0.0679471 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2159  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.03 
 
 
510 aa  589  1e-167  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.360109 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3662  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.09 
 
 
496 aa  588  1e-167  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2175  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.22 
 
 
500 aa  588  1e-167  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.210117  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0836  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.97 
 
 
498 aa  590  1e-167  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3095  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.36 
 
 
498 aa  589  1e-167  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.769898  normal  0.126836 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0419  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.65 
 
 
498 aa  591  1e-167  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.214339  hitchhiker  0.00208567 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2475  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.25 
 
 
498 aa  589  1e-167  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.55823  normal  0.220752 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2193  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.69 
 
 
498 aa  588  1e-167  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.365355  normal  0.620771 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1068  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.66 
 
 
498 aa  590  1e-167  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1597  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.05 
 
 
506 aa  585  1e-166  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2399  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56 
 
 
502 aa  582  1.0000000000000001e-165  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.169024  normal  0.676059 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>