More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4655 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_4655  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 240 aa  484  1e-136  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0010  GntR family transcriptional regulator  58.82 
 
 		 239 aa  253  3e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.561636  hitchhiker  0.00449189 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5666  transcriptional regulator, GntR family  53.81 
 
 		 234 aa  220  9.999999999999999e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.88554  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1271  transcriptional regulator, GntR family  37.79 
 
 		 227 aa  152  5.9999999999999996e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.347313  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2524  transcriptional regulator, GntR family  38.29 
 
 		 226 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2179  transcriptional regulator, GntR family  39.73 
 
 		 221 aa  142  4e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3745  transcriptional regulator, GntR family  42.34 
 
 		 238 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4254  GntR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 251 aa  134  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.123258  normal  0.247062 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1190  transcriptional regulator, GntR family  37.79 
 
 		 219 aa  130  3e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.814536  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1703  GntR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 239 aa  126  3e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0339  GntR family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 236 aa  126  3e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1572  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.8 
 
 		 221 aa  125  7e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.247698  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1753  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.8 
 
 		 221 aa  125  9e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1703  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.8 
 
 		 221 aa  125  9e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1767  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.8 
 
 		 221 aa  125  9e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1706  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.8 
 
 		 221 aa  125  9e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.160126  normal  0.134616 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3699  transcriptional regulator, GntR family  34.72 
 
 		 234 aa  124  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1074  GntR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 243 aa  123  3e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.605051  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4128  GntR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 244 aa  122  4e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.116859  normal  0.239591 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4646  GntR family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 234 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.221886 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3971  GntR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 248 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2101  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 222 aa  119  3e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.259313  normal  0.98754 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0389  GntR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 225 aa  119  3.9999999999999996e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0838  GntR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 217 aa  116  3e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0913555 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1556  GntR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 237 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0676227  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4698  GntR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 224 aa  115  7.999999999999999e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.152961  normal  0.511905 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72890  putative transcriptional regulator  35.71 
 
 		 244 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0504  transcriptional regulator, GntR family  38.78 
 
 		 218 aa  114  1.0000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.765793  normal  0.0329427 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4021  GntR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 227 aa  112  5e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.707447  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0431  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 249 aa  110  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.21992 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3573  GntR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 237 aa  109  4.0000000000000004e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1984  putative HTH-type transcriptional regulator  35.98 
 
 		 215 aa  108  5e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.235414 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6220  GntR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 266 aa  107  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1721  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.63 
 
 		 221 aa  107  2e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000356206 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6326  putative transcriptional regulator  34.29 
 
 		 226 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1631  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.88 
 
 		 221 aa  106  3e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2196  transcriptional regulator, GntR family  30.99 
 
 		 221 aa  105  5e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.148573  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1536  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.99 
 
 		 221 aa  105  5e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2056  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.13 
 
 		 221 aa  105  5e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000144632 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1096  transcriptional regulator, putative  37.38 
 
 		 237 aa  105  7e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01407  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.52 
 
 		 221 aa  104  1e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01418  hypothetical protein  30.52 
 
 		 221 aa  104  1e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3900  hypothetical protein  32.71 
 
 		 238 aa  103  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.365064 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6054  transcriptional regulator, GntR family  30 
 
 		 248 aa  102  5e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.149072  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4523  GntR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 217 aa  102  5e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2209  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.52 
 
 		 221 aa  102  6e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.583652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2985  HTH-type transcriptional regulator  31.34 
 
 		 219 aa  101  1e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2281  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 236 aa  100  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.487352  normal  0.0140544 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2357  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 245 aa  100  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3677  GntR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 214 aa  100  3e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3751  GntR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 236 aa  99.8  4e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4225  GntR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 236 aa  99.8  4e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.678492 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4031  GntR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 236 aa  99  6e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4335  GntR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 236 aa  99  6e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2641  GntR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 216 aa  98.6  7e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0981  GntR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 228 aa  98.6  8e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4275  GntR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 236 aa  98.6  8e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.477622  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0509  GntR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 220 aa  98.6  8e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.137799 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3188  GntR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 236 aa  98.2  9e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.804639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0470  GntR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 262 aa  98.2  9e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2339  GntR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 280 aa  98.2  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0860  GntR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 238 aa  97.4  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1038  GntR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 238 aa  97.1  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1124  GntR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 238 aa  96.7  3e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0776  GntR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 219 aa  96.7  3e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.973295  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0607  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 221 aa  94.4  1e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0421705  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0093  GntR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 216 aa  94.7  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2183  transcriptional regulator GntR  34.05 
 
 		 240 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.484217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 233 aa  92  8e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2985  GntR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 248 aa  91.3  1e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 229 aa  90.5  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2004  transcriptional regulator, GntR family  28.5 
 
 		 215 aa  88.6  9e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2862  GntR domain protein  33.49 
 
 		 229 aa  86.3  4e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.417277  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  30.48 
 
 		 226 aa  84.3  0.000000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2417  GntR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 230 aa  82.4  0.000000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.220762 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1061  GntR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 227 aa  82  0.000000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 227 aa  81.6  0.000000000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4674  GntR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 230 aa  81.6  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 234 aa  81.3  0.00000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 235 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1422  GntR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 221 aa  80.9  0.00000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0669169  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 235 aa  80.1  0.00000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  31 
 
 		 232 aa  80.1  0.00000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4353  GntR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 290 aa  79.3  0.00000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3042  GntR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 226 aa  78.6  0.00000000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6417  GntR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 246 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0287  GntR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 242 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5547  GntR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 246 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5912  GntR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 246 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3604  GntR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 214 aa  77  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.463907 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8629  transcriptional regulator, GntR family  33.85 
 
 		 223 aa  77  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1760  GntR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 222 aa  77  0.0000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.298302  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4432  GntR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 218 aa  77.8  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.200664  normal  0.344729 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1741  GntR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 222 aa  77  0.0000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  decreased coverage  0.00122783  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1807  GntR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 222 aa  77  0.0000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.521171 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7518  transcriptional regulator  30.59 
 
 		 227 aa  76.6  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1104  transcriptional regulator, GntR family  30.94 
 
 		 232 aa  76.6  0.0000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 232 aa  76.6  0.0000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0602  GntR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 220 aa  77  0.0000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0180782  normal  0.364212 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1255  GntR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 244 aa  76.6  0.0000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>