More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4579 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008543  Bcen2424_4722  outer membrane efflux protein  92.48 
 
 		 514 aa  855    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0674524  decreased coverage  0.00195148 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1054  outer membrane efflux protein  91.26 
 
 		 514 aa  872    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000452487  normal  0.217723 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5578  outer membrane efflux protein  92.48 
 
 		 514 aa  855    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0232692  hitchhiker  0.00628536 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4512  outer membrane efflux protein  67.23 
 
 		 520 aa  645    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0572559 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3645  outer membrane efflux protein  92.28 
 
 		 514 aa  853    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.784148  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3973  outer membrane efflux protein  91.26 
 
 		 513 aa  868    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0704049 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4579  outer membrane efflux protein  100 
 
 		 515 aa  1004    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0188996  decreased coverage  0.000000771093 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4114  outer membrane efflux protein  98.64 
 
 		 519 aa  990    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.865486  normal  0.0282956 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4354  Outer membrane efflux protein  68.16 
 
 		 517 aa  631  1e-179  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2121  Outer membrane efflux protein  55 
 
 		 509 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2191  outer membrane efflux protein  52.7 
 
 		 508 aa  482  1e-135  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0193  outer membrane efflux protein  49.9 
 
 		 527 aa  452  1.0000000000000001e-126  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.339929  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0239  outer membrane efflux protein  45.69 
 
 		 521 aa  401  9.999999999999999e-111  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.368646  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0594  outer membrane efflux protein  38.37 
 
 		 508 aa  332  1e-89  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1063  hypothetical protein  39.82 
 
 		 453 aa  311  1e-83  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.45317 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0533  outer membrane efflux protein  39.6 
 
 		 453 aa  311  2e-83  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1760  hypothetical protein  75.35 
 
 		 721 aa  190  7e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1600  outer membrane efflux protein  64.14 
 
 		 295 aa  178  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1371  outer membrane efflux protein  75.22 
 
 		 269 aa  147  7.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0644375  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0503  putative outer membrane protein  75.22 
 
 		 269 aa  147  7.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1165  Outer membrane efflux protein  31.04 
 
 		 462 aa  128  3e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1727  type I secretion outer membrane protein, TolC family  29.1 
 
 		 452 aa  120  4.9999999999999996e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000000826676  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2367  outer membrane efflux protein  27.96 
 
 		 495 aa  114  3e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1021  outer membrane efflux protein  30.5 
 
 		 528 aa  111  3e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1759  outer membrane efflux protein  28.4 
 
 		 738 aa  111  4.0000000000000004e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2950  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.61 
 
 		 479 aa  110  6e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3628  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.4 
 
 		 479 aa  107  5e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.93917  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1943  outer membrane efflux protein  34.51 
 
 		 490 aa  107  6e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.261377  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1858  outer membrane efflux protein  34.2 
 
 		 490 aa  107  6e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.514737  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2822  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.4 
 
 		 479 aa  106  8e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.390937  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3155  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.4 
 
 		 482 aa  106  8e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.267117  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1721  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.4 
 
 		 482 aa  106  8e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.456925  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3620  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.4 
 
 		 482 aa  106  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3644  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.18 
 
 		 471 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0046  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.4 
 
 		 471 aa  106  1e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6770  outer membrane efflux protein  27.33 
 
 		 488 aa  105  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03674  putative outer membrane CHANEL lipoprotein  28.36 
 
 		 488 aa  102  2e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.119855 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2510  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.66 
 
 		 465 aa  102  2e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3056  outer membrane efflux protein  26.05 
 
 		 485 aa  99.4  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.111107 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0831  outer membrane efflux protein  26.3 
 
 		 419 aa  97.8  5e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10330  putative outer membrane protein precursor  25.92 
 
 		 471 aa  94.4  5e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.339948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1955  outer membrane efflux protein  29.73 
 
 		 476 aa  91.7  3e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.223795  normal  0.557378 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1761  hypothetical protein  26.07 
 
 		 576 aa  89.7  1e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1789  outer membrane efflux protein  31.35 
 
 		 493 aa  89.4  2e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1450  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  27.35 
 
 		 471 aa  88.6  2e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0224  outer membrane efflux protein  25.17 
 
 		 419 aa  87  6e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000720591  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0945  secretion protein  26.26 
 
 		 472 aa  86.7  9e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3265  outer membrane efflux protein  27.48 
 
 		 476 aa  84.7  0.000000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2864  outer membrane efflux protein  27.48 
 
 		 476 aa  84.7  0.000000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2243  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.95 
 
 		 455 aa  83.6  0.000000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2169  outer membrane toxin secretion efflux protein, putative  25 
 
 		 496 aa  81.6  0.00000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2209  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.88 
 
 		 472 aa  81.6  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1827  outer membrane efflux protein  25 
 
 		 496 aa  81.6  0.00000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.115006  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3710  outer membrane efflux protein  24.83 
 
 		 419 aa  81.6  0.00000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0549  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  27.67 
 
 		 501 aa  81.3  0.00000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.569542  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0545  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.37 
 
 		 470 aa  80.9  0.00000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.540838  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2606  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.11 
 
 		 478 aa  80.1  0.00000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0037798  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4358  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.47 
 
 		 482 aa  80.1  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2020  outer membrane efflux protein  33.58 
 
 		 492 aa  79.3  0.0000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3633  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.91 
 
 		 476 aa  78.6  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3894  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.91 
 
 		 476 aa  78.6  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4472  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  27.91 
 
 		 476 aa  78.6  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.621832  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3497  RND efflux system outer membrane lipoprotein  26.3 
 
 		 470 aa  78.2  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1723  outer membrane efflux protein  24.73 
 
 		 436 aa  77.8  0.0000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3444  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.31 
 
 		 495 aa  77.8  0.0000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.960604 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3409  outer membrane efflux protein  25.98 
 
 		 419 aa  77.4  0.0000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000155286  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0364  outer membrane channel protein  24.56 
 
 		 500 aa  77.4  0.0000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6823  RND efflux system outer membrane lipoprotein  26.51 
 
 		 480 aa  77  0.0000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.248499 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0516  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  27.35 
 
 		 500 aa  75.9  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0482869  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1278  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.41 
 
 		 486 aa  75.9  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00202436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  28.33 
 
 		 503 aa  75.9  0.000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1929  multidrug efflux outer membrane protein EefC  26.91 
 
 		 457 aa  75.1  0.000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000583054 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2885  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.25 
 
 		 495 aa  74.7  0.000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183945  normal  0.24109 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1195  RND efflux system outer membrane lipoprotein  25.93 
 
 		 482 aa  73.9  0.000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000171892  normal  0.38657 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0567  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.85 
 
 		 483 aa  73.6  0.000000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1333  outer membrane efflux protein, putative  23.03 
 
 		 463 aa  73.6  0.000000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3717  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.88 
 
 		 477 aa  73.2  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2064  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  27.59 
 
 		 499 aa  72.8  0.00000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0329  RND efflux system outer membrane lipoprotein  25.44 
 
 		 474 aa  73.2  0.00000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0654  outer membrane channel protein  24.77 
 
 		 464 aa  72.4  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.945309  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2695  outer membrane efflux protein  25.36 
 
 		 512 aa  72  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0387  Fis family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 492 aa  72.4  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0573  outer membrane channel protein  24.77 
 
 		 464 aa  72.4  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0499  RND efflux system outer membrane lipoprotein  26.81 
 
 		 546 aa  72.4  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.16116  normal  0.32958 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0938  outer membrane efflux family protein  27.79 
 
 		 452 aa  71.6  0.00000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4888  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.86 
 
 		 482 aa  71.6  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.595836  normal  0.509529 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2052  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.37 
 
 		 499 aa  71.6  0.00000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0945  outer membrane efflux family protein  27.79 
 
 		 456 aa  71.2  0.00000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.681331  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4268  outer membrane channel protein  24.38 
 
 		 497 aa  70.9  0.00000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0102816 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3798  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.02 
 
 		 462 aa  70.9  0.00000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1884  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  26.53 
 
 		 464 aa  70.9  0.00000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0017284  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  25.84 
 
 		 484 aa  70.5  0.00000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.484622  normal  0.130102 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5078  outer membrane efflux protein  25.11 
 
 		 635 aa  70.5  0.00000000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.851054  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1834  multidrug efflux outer membrane protein EefC  26.89 
 
 		 457 aa  70.5  0.00000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000044393 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0284  outer membrane channel protein  25.27 
 
 		 465 aa  70.1  0.00000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  26.67 
 
 		 479 aa  70.1  0.00000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0289  outer membrane protein OmpK  26.15 
 
 		 474 aa  70.1  0.0000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2338  efflux ABC transporter outer membrane protein  27.23 
 
 		 470 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2819  outer membrane protein OprJ  28.77 
 
 		 468 aa  68.9  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.980235 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.43 
 
 		 493 aa  69.3  0.0000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>