More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4187 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010515  Bcenmc03_3226  RND efflux system outer membrane lipoprotein  89.26 
 
 
503 aa  839    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.303935  normal  0.0862047 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1728  RND efflux system outer membrane lipoprotein  91.72 
 
 
509 aa  803    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.141114  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4291  RND efflux system outer membrane lipoprotein  89.26 
 
 
503 aa  838    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4187  RND efflux system outer membrane lipoprotein  100 
 
 
504 aa  992    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.164619  normal  0.718277 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4314  RND efflux system outer membrane lipoprotein  89.76 
 
 
502 aa  787    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.488327 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4075  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  89.26 
 
 
503 aa  838    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.147604  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3709  RND efflux system outer membrane lipoprotein  95.83 
 
 
500 aa  880    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6520  RND efflux system outer membrane lipoprotein  60.97 
 
 
500 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.128206 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2070  RND efflux system outer membrane lipoprotein  57.43 
 
 
498 aa  554  1e-156  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0633642  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5874  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  60.34 
 
 
498 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.109065  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4898  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  47.9 
 
 
484 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.589028 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3821  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  47.9 
 
 
484 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.467284  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02156  putative outer membrane drug efflux lipoprotein  49.78 
 
 
483 aa  405  1e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.910807 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0566  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.36 
 
 
521 aa  355  1e-96  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.51 
 
 
497 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.238393  normal  0.954317 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2832  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.85 
 
 
520 aa  303  4.0000000000000003e-81  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5204  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.26 
 
 
495 aa  302  9e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1391  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.76 
 
 
485 aa  300  3e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.228401  normal  0.164456 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6326  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.7 
 
 
514 aa  300  5e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.167129  normal  0.968504 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1503  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  41.7 
 
 
514 aa  300  5e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.274386  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3002  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.94 
 
 
516 aa  298  2e-79  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3948  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.67 
 
 
523 aa  296  8e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.822582 
 
 
-
 
NC_003296  RS03144  putative outer membrane CHANEL lipoprotein transmembrane  39.62 
 
 
508 aa  293  7e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.330645 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0511  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  38.78 
 
 
497 aa  291  1e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.310056  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6990  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.92 
 
 
501 aa  290  4e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.452647 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4489  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.82 
 
 
523 aa  289  7e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000880078  hitchhiker  0.0020567 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5986  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.3 
 
 
497 aa  288  1e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4652  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.72 
 
 
464 aa  287  2.9999999999999996e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.964655 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7210  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.66 
 
 
486 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31920  putative outer membrane protein  36.93 
 
 
498 aa  281  1e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.964531  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2711  outer membrane lipoprotein precursor  37.28 
 
 
499 aa  281  2e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299078  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2011  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.58 
 
 
497 aa  277  2e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0256922 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1142  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.18 
 
 
492 aa  278  2e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.258577  normal  0.581397 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4636  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.33 
 
 
521 aa  277  3e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00362376  normal  0.387542 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4364  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.36 
 
 
509 aa  277  3e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.847898  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3362  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.12 
 
 
489 aa  276  7e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0212058  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1968  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.48 
 
 
471 aa  276  9e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000949064  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3486  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.09 
 
 
500 aa  275  9e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0233233 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1748  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  36.86 
 
 
488 aa  275  1.0000000000000001e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.630432  normal  0.156732 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4745  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.68 
 
 
502 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.222051  normal  0.460518 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0569  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.91 
 
 
486 aa  272  8.000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.20716  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2098  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.04 
 
 
471 aa  271  2e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2756  outer membrane efflux protein  36.07 
 
 
490 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158368  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4293  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.72 
 
 
501 aa  270  4e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4181  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.72 
 
 
501 aa  270  4e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.366543  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2485  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.5 
 
 
487 aa  270  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.072827  normal  0.13209 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0069  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.5 
 
 
523 aa  270  7e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1464  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.32 
 
 
510 aa  270  7e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2104  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.96 
 
 
510 aa  269  7e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.409236  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0515  outer membrane efflux protein OprC  39.32 
 
 
510 aa  269  8.999999999999999e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0829  outer membrane efflux protein OprC  39.32 
 
 
510 aa  269  8.999999999999999e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2146  outer membrane efflux protein OprC  39.32 
 
 
510 aa  269  8.999999999999999e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0418  outer membrane efflux protein OprC  39.32 
 
 
510 aa  269  1e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1842  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.32 
 
 
510 aa  269  1e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2745  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.83 
 
 
500 aa  268  1e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0745  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.82 
 
 
477 aa  268  1e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.321053 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4536  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.9 
 
 
533 aa  268  2e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.748568  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0020  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  39.5 
 
 
523 aa  268  2e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.25615  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0050  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.5 
 
 
523 aa  268  2e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151271  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3827  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  39.96 
 
 
504 aa  266  5e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0692116  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3082  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.66 
 
 
536 aa  266  5e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000116407 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2522  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.55 
 
 
532 aa  266  5e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.116947  normal  0.154507 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0851  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.64 
 
 
537 aa  266  5e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0238751  hitchhiker  0.00377502 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2893  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.64 
 
 
516 aa  266  7e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1794  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.34 
 
 
486 aa  266  8e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4316  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.82 
 
 
511 aa  266  8.999999999999999e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.138583 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2524  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.84 
 
 
489 aa  265  1e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.670028  normal  0.773524 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3375  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.25 
 
 
517 aa  265  2e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0151483  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0358  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  41.28 
 
 
509 aa  264  3e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2799  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.15 
 
 
495 aa  264  3e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2663  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.68 
 
 
496 aa  262  1e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3811  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.81 
 
 
476 aa  261  1e-68  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.521708  normal  0.399123 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4150  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.86 
 
 
472 aa  261  2e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5685  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.5 
 
 
488 aa  261  2e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.166803 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4619  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.53 
 
 
488 aa  261  2e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.573778  normal  0.397239 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0079  hypothetical protein  34.31 
 
 
479 aa  261  2e-68  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0040  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.01 
 
 
520 aa  261  2e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4333  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.22 
 
 
499 aa  261  2e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00474819  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0049  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.17 
 
 
509 aa  261  2e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.963186  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2450  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.26 
 
 
515 aa  261  2e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.823996  normal  0.820801 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3749  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.53 
 
 
488 aa  261  2e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.202049  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4697  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.26 
 
 
513 aa  259  9e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.204697  normal  0.315368 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0297  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.05 
 
 
511 aa  259  1e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1703  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  35.81 
 
 
486 aa  257  3e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.416377  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4154  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.96 
 
 
496 aa  256  5e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.594754  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.79 
 
 
496 aa  256  7e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.79 
 
 
496 aa  256  7e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0171  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.46 
 
 
490 aa  255  1.0000000000000001e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3232  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.78 
 
 
523 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.254242  normal  0.304417 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4920  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.85 
 
 
513 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.31782  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28780  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.5 
 
 
512 aa  255  2.0000000000000002e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.506262  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1077  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.64 
 
 
496 aa  254  3e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.512437  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3605  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.72 
 
 
502 aa  254  4.0000000000000004e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00599235  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2371  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.09 
 
 
482 aa  253  5.000000000000001e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.774787 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0051  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.61 
 
 
527 aa  253  6e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.27692  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2428  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.47 
 
 
509 aa  252  1e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.440095 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0412  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.91 
 
 
477 aa  252  1e-65  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2674  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.96 
 
 
538 aa  251  2e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.831333  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2189  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.13 
 
 
496 aa  251  2e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.250734  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3506  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.96 
 
 
538 aa  251  2e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>