More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4049 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010552  BamMC406_4049  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 
316 aa  632  1e-180  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00364013  normal  0.771447 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3568  RpiR family transcriptional regulator  99.37 
 
 
316 aa  625  1e-178  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00752039  normal  0.377039 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1870  RpiR family transcriptional regulator  92.41 
 
 
338 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0281509  normal  0.341017 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3356  RpiR family transcriptional regulator  92.41 
 
 
314 aa  533  1e-150  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0600613  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4206  RpiR family transcriptional regulator  91.77 
 
 
314 aa  529  1e-149  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4160  RpiR family transcriptional regulator  91.77 
 
 
314 aa  529  1e-149  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00226863 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4429  RpiR family transcriptional regulator  85.13 
 
 
314 aa  485  1e-136  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.882405  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0972  SIS domain-containing protein  70.41 
 
 
320 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.104915  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0406  RpiR family transcriptional regulator  70.41 
 
 
314 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0327  transcriptional regulator  70.41 
 
 
314 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1110  SIS domain-containing protein  70.51 
 
 
311 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157669  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1772  RpiR family transcriptional regulator  70.41 
 
 
314 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.441713  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1857  RpiR family transcriptional regulator  69.73 
 
 
314 aa  404  1e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1363  RpiR family transcriptional regulator  70.07 
 
 
314 aa  402  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0732987  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0235  RpiR family transcriptional regulator  70.07 
 
 
314 aa  402  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4228  RpiR family transcriptional regulator  67.13 
 
 
316 aa  377  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.679843  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3133  transcriptional regulator, RpiR family  65.08 
 
 
327 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.98235  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0833  RpiR family transcriptional regulator  67.63 
 
 
327 aa  340  2e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.174249  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1929  RpiR family transcriptional regulator  58.82 
 
 
358 aa  305  7e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.434448  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  55.09 
 
 
337 aa  299  4e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1316  transcriptional regulator, RpiR family  50.17 
 
 
331 aa  287  2e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.011222  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1250  transcriptional regulator, RpiR family  51.06 
 
 
329 aa  285  9e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229543  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1377  hypothetical protein  53.5 
 
 
332 aa  279  5e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.478089  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1655  RpiR family transcriptional regulator  45.31 
 
 
317 aa  255  5e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3100  RpiR family transcriptional regulator  47.4 
 
 
319 aa  253  3e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3000  transcriptional regulator, RpiR family  46.13 
 
 
321 aa  247  2e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4588  RpiR family transcriptional regulator  43.95 
 
 
324 aa  243  1.9999999999999999e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal  0.722861 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0142  RpiR family transcriptional regulator  47.2 
 
 
319 aa  236  3e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3246  RpiR family transcriptional regulator  45.21 
 
 
312 aa  223  3e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.960864  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7330  transcriptional regulator  39.79 
 
 
313 aa  196  6e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1089  RpiR family transcriptional regulator  36.97 
 
 
309 aa  178  1e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.937606  normal  0.197064 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3899  RpiR family transcriptional regulator  38.26 
 
 
310 aa  161  1e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0299116 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0624  RpiR family transcriptional regulator  31.86 
 
 
297 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.768777  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3607  RpiR family transcriptional regulator  30.51 
 
 
325 aa  125  7e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0198061 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  29.41 
 
 
287 aa  122  6e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  27.64 
 
 
287 aa  119  7e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  30.23 
 
 
282 aa  115  6.9999999999999995e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  29.96 
 
 
291 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  29.96 
 
 
291 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  29.55 
 
 
299 aa  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  27.71 
 
 
297 aa  100  4e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  30.07 
 
 
320 aa  92.8  6e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0584  transcriptional regulator, RpiR family  26.07 
 
 
288 aa  91.7  2e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1021  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.57 
 
 
290 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1059  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.57 
 
 
290 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629947  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.57 
 
 
290 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1019  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.57 
 
 
290 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150266  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  28.67 
 
 
327 aa  89  9e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  28.23 
 
 
304 aa  85.5  0.000000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3702  RpiR family transcriptional regulator  27.17 
 
 
307 aa  84.3  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  31.2 
 
 
273 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3275  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  26.84 
 
 
287 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0499663  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  26.52 
 
 
302 aa  82.4  0.000000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  30.9 
 
 
281 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4364  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.74 
 
 
289 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  29.05 
 
 
304 aa  82  0.00000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1299  Hex regulon repressor  25.37 
 
 
288 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.776105  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15700  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.41 
 
 
288 aa  80.9  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113933  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  23.81 
 
 
280 aa  81.3  0.00000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1541  RpiR family transcriptional regulator  27.8 
 
 
266 aa  81.3  0.00000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000907266  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1119  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25 
 
 
288 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.942787  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  26.92 
 
 
310 aa  80.5  0.00000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  29.35 
 
 
320 aa  79.7  0.00000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.37 
 
 
289 aa  79.7  0.00000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4653  RpiR family transcriptional regulator  32.93 
 
 
280 aa  80.1  0.00000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.562293  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1407  RpiR family transcriptional regulator  27.31 
 
 
280 aa  79.3  0.00000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.204474  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3144  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.84 
 
 
289 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0232322 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  25.63 
 
 
274 aa  79  0.0000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2742  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.74 
 
 
286 aa  78.6  0.0000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  27.72 
 
 
298 aa  79  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  26.12 
 
 
284 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  28.83 
 
 
333 aa  77.8  0.0000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1590  RpiR family transcriptional regulator  26.36 
 
 
266 aa  77.8  0.0000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000388341  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2753  transcriptional regulator, RpiR family  29.8 
 
 
301 aa  76.3  0.0000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  29.18 
 
 
278 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1050  transcriptional regulator, RpiR family  22.66 
 
 
272 aa  75.9  0.0000000000008  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  25.75 
 
 
284 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2137  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.08 
 
 
289 aa  75.9  0.000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00439922  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  26.39 
 
 
290 aa  74.7  0.000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  25.52 
 
 
310 aa  74.7  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  25.75 
 
 
284 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  25.75 
 
 
284 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1348  transcriptional regulator, RpiR family  29.75 
 
 
307 aa  74.3  0.000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.478547  normal  0.506779 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  25.96 
 
 
315 aa  73.6  0.000000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4058  RpiR family transcriptional regulator  25.64 
 
 
291 aa  73.6  0.000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.369796  normal  0.143797 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  27.41 
 
 
294 aa  73.6  0.000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4489  RpiR family transcriptional regulator  27.05 
 
 
293 aa  73.2  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23060  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.12 
 
 
285 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00612438 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.12 
 
 
285 aa  72.8  0.000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2101  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.55 
 
 
289 aa  72.8  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.928102 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2041  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.55 
 
 
289 aa  72.8  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1361  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.82 
 
 
289 aa  72.8  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.812613  hitchhiker  0.000131827 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1237  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.55 
 
 
289 aa  72.8  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.101978  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2422  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.63 
 
 
289 aa  72.8  0.000000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0329148  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2046  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.55 
 
 
289 aa  72.8  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.45003 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1835  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.64 
 
 
290 aa  72.8  0.000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0550  RpiR family transcriptional regulator  27.56 
 
 
287 aa  72.4  0.000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  26.34 
 
 
284 aa  72  0.00000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2280  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.91 
 
 
282 aa  71.6  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.499915  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1605  RpiR family transcriptional regulator  27 
 
 
299 aa  71.6  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11066  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>