More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_3853 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_3853  tryptophan synthase subunit beta  100 
 
 		 397 aa  820    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1858  tryptophan synthase subunit beta  95.47 
 
 		 397 aa  788    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.308005  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2495  tryptophan synthase subunit beta  74.49 
 
 		 405 aa  634    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1983  tryptophan synthase subunit beta  86.9 
 
 		 403 aa  722    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00755336 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1721  tryptophan synthase subunit beta  95.47 
 
 		 397 aa  788    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5243  tryptophan synthase subunit beta  76.71 
 
 		 418 aa  642    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0870  tryptophan synthase subunit beta  83.59 
 
 		 399 aa  687    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00318108 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2306  tryptophan synthase subunit beta  88.66 
 
 		 397 aa  740    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1914  tryptophan synthase subunit beta  76.57 
 
 		 399 aa  647    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.148244  normal  0.536089 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3570  tryptophan synthase subunit beta  96.47 
 
 		 397 aa  796    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.266435  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1049  tryptophan synthase subunit beta  80.46 
 
 		 397 aa  679    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.548234 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0769  tryptophan synthase subunit beta  95.72 
 
 		 397 aa  790    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2125  tryptophan synthase subunit beta  96.22 
 
 		 397 aa  795    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.661691  decreased coverage  0.00480263 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2157  tryptophan synthase subunit beta  80.66 
 
 		 412 aa  662    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.595682  normal  0.092632 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1682  tryptophan synthase subunit beta  79.39 
 
 		 428 aa  653    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4622  tryptophan synthase subunit beta  96.22 
 
 		 397 aa  792    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.227508  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1912  tryptophan synthase subunit beta  75.82 
 
 		 398 aa  642    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0679  tryptophan synthase subunit beta  96.73 
 
 		 397 aa  795    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.614528  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2445  tryptophan synthase subunit beta  95.47 
 
 		 397 aa  788    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.844513  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1813  tryptophan synthase subunit beta  85.14 
 
 		 397 aa  712    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1698  tryptophan synthase subunit beta  77.89 
 
 		 400 aa  655    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.251029 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2881  tryptophan synthase subunit beta  90.43 
 
 		 397 aa  753    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0438165  normal  0.707316 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6842  tryptophan synthase subunit beta  90.68 
 
 		 397 aa  758    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.726467  normal  0.411948 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2467  tryptophan synthase subunit beta  89.92 
 
 		 407 aa  746    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.379928 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0772  tryptophan synthase subunit beta  80.71 
 
 		 397 aa  681    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.482746  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4409  tryptophan synthase subunit beta  96.47 
 
 		 397 aa  796    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0529  tryptophan synthase subunit beta  95.47 
 
 		 397 aa  788    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2137  tryptophan synthase subunit beta  85.14 
 
 		 397 aa  712    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.22591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2307  tryptophan synthase subunit beta  95.97 
 
 		 397 aa  791    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3062  tryptophan synthase subunit beta  82.32 
 
 		 403 aa  688    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3348  tryptophan synthase subunit beta  99.24 
 
 		 397 aa  815    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0451347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4374  tryptophan synthase subunit beta  91.18 
 
 		 397 aa  761    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3958  tryptophan synthase subunit beta  96.47 
 
 		 397 aa  796    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.196954  normal  0.187601 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1649  tryptophan synthase subunit beta  95.47 
 
 		 397 aa  788    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3046  tryptophan synthase subunit beta  75.63 
 
 		 434 aa  633  1e-180  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3239  tryptophan synthase subunit beta  74.25 
 
 		 422 aa  631  1e-180  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2592  tryptophan synthase subunit beta  74 
 
 		 422 aa  627  1e-179  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1415  tryptophan synthase subunit beta  73.76 
 
 		 425 aa  627  1e-179  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3616  tryptophan synthase subunit beta  75.89 
 
 		 447 aa  630  1e-179  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.356253  normal  0.8802 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1253  tryptophan synthase subunit beta  74.81 
 
 		 409 aa  626  1e-178  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.500519  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1215  tryptophan synthase subunit beta  74.75 
 
 		 422 aa  626  1e-178  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0236312 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1788  tryptophan synthase subunit beta  75.38 
 
 		 435 aa  625  1e-178  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4868  tryptophan synthase subunit beta  74.69 
 
 		 421 aa  620  1e-176  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.169233 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1334  tryptophan synthase, beta subunit  71.07 
 
 		 402 aa  608  1e-173  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.999699  normal  0.825059 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1727  tryptophan synthase subunit beta  71.97 
 
 		 399 aa  608  1e-173  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.476833  hitchhiker  0.00551797 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2069  tryptophan synthase subunit beta  71.97 
 
 		 399 aa  608  1e-173  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.166636  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1020  tryptophan synthase subunit beta  71.57 
 
 		 394 aa  602  1.0000000000000001e-171  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2079  tryptophan synthase subunit beta  70.05 
 
 		 403 aa  600  1e-170  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1159  tryptophan synthase subunit beta  72.01 
 
 		 418 aa  596  1e-169  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.445238  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1268  tryptophan synthase subunit beta  70.3 
 
 		 399 aa  595  1e-169  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1267  tryptophan synthase subunit beta  70.3 
 
 		 399 aa  595  1e-169  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0803  tryptophan synthase subunit beta  69.97 
 
 		 401 aa  593  1e-168  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.118728  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2843  tryptophan synthase subunit beta  71.21 
 
 		 405 aa  591  1e-168  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1236  tryptophan synthase subunit beta  69.47 
 
 		 411 aa  588  1e-167  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.617865  normal  0.527603 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01270  tryptophan synthase subunit beta  70.03 
 
 		 405 aa  585  1e-166  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0644  tryptophan synthase subunit beta  70.56 
 
 		 405 aa  581  1.0000000000000001e-165  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0728  tryptophan synthase subunit beta  70.56 
 
 		 405 aa  581  1.0000000000000001e-165  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0432  tryptophan synthase subunit beta  67.68 
 
 		 424 aa  578  1e-164  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2042  tryptophan synthase subunit beta  68.7 
 
 		 403 aa  577  1e-164  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.104617  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0467  tryptophan synthase subunit beta  67.43 
 
 		 424 aa  575  1.0000000000000001e-163  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.826366 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1291  tryptophan synthase subunit beta  68.61 
 
 		 397 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.632091  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1558  tryptophan synthase subunit beta  67.26 
 
 		 406 aa  573  1.0000000000000001e-162  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0755  tryptophan synthase subunit beta  67.18 
 
 		 415 aa  569  1e-161  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000954006  normal  0.692308 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1261  tryptophan synthase subunit beta  67.93 
 
 		 404 aa  570  1e-161  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1211  tryptophan synthase subunit beta  68.19 
 
 		 396 aa  569  1e-161  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1249  tryptophan synthase, beta subunit  67.01 
 
 		 409 aa  564  1e-160  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2482  tryptophan synthase subunit beta  67.34 
 
 		 396 aa  565  1e-160  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000110786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00450  tryptophan synthase subunit beta  67.7 
 
 		 402 aa  565  1e-160  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.236429 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0071  tryptophan synthase subunit beta  66.49 
 
 		 411 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1693  tryptophan synthase subunit beta  67.94 
 
 		 405 aa  562  1.0000000000000001e-159  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.738848  hitchhiker  0.000000703836 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0103  tryptophan synthase subunit beta  66.84 
 
 		 410 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1804  tryptophan synthase subunit beta  68.38 
 
 		 404 aa  563  1.0000000000000001e-159  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.603761  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0038  tryptophan synthase subunit beta  67.44 
 
 		 402 aa  560  1e-158  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.206234  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3288  tryptophan synthase subunit beta  66.08 
 
 		 397 aa  559  1e-158  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000135451  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1864  tryptophan synthase subunit beta  67.61 
 
 		 391 aa  560  1e-158  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0810  tryptophan synthase subunit beta  65.98 
 
 		 406 aa  555  1e-157  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3427  tryptophan synthase subunit beta  67.18 
 
 		 408 aa  554  1e-157  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.76011  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02120  tryptophan synthase subunit beta  66.49 
 
 		 406 aa  555  1e-157  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1208  tryptophan synthase subunit beta  69.66 
 
 		 393 aa  552  1e-156  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2110  tryptophan synthase subunit beta  66.24 
 
 		 406 aa  549  1e-155  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0459587  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1328  tryptophan synthase subunit beta  66.24 
 
 		 404 aa  548  1e-155  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.000691779  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3321  tryptophan synthase subunit beta  65.57 
 
 		 396 aa  548  1e-155  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000386703  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3791  tryptophan synthase subunit beta  66.5 
 
 		 410 aa  550  1e-155  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.20895  normal  0.0231351 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2204  tryptophan synthase subunit beta  65.65 
 
 		 406 aa  549  1e-155  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.205862  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0158  tryptophan synthase, beta subunit  65.97 
 
 		 409 aa  545  1e-154  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.994719  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4281  tryptophan synthase subunit beta  66.41 
 
 		 406 aa  545  1e-154  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.486908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3887  tryptophan synthase subunit beta  65.4 
 
 		 410 aa  544  1e-154  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.85731 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2726  tryptophan synthase subunit beta  64.48 
 
 		 409 aa  545  1e-154  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.521455  normal  0.616105 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2026  tryptophan synthase subunit beta  65.98 
 
 		 422 aa  547  1e-154  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00854562  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1302  tryptophan synthase subunit beta  64.81 
 
 		 404 aa  546  1e-154  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.212962  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0206  tryptophan synthase subunit beta  65.08 
 
 		 419 aa  545  1e-154  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.475237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3237  tryptophan synthase subunit beta  66.24 
 
 		 406 aa  543  1e-153  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1966  tryptophan synthase subunit beta  64.63 
 
 		 411 aa  543  1e-153  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2507  tryptophan synthase subunit beta  64.63 
 
 		 406 aa  542  1e-153  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.050152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0101  tryptophan synthase subunit beta  64.68 
 
 		 405 aa  542  1e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.500434  hitchhiker  0.000655179 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3270  tryptophan synthase subunit beta  64.81 
 
 		 409 aa  541  1e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.244666 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0925  tryptophan synthase subunit beta  65.32 
 
 		 396 aa  544  1e-153  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  2.7410900000000002e-34 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0197  tryptophan synthase subunit beta  65.64 
 
 		 404 aa  543  1e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3954  tryptophan synthase subunit beta  66.16 
 
 		 406 aa  543  1e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.291144  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0072  tryptophan synthase subunit beta  66.15 
 
 		 404 aa  541  1e-153  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00296113  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>