More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_3526 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  616  1e-175  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  99.02 
 
 		 306 aa  611  9.999999999999999e-175  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  97.05 
 
 		 305 aa  597  1e-169  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  95.1 
 
 		 306 aa  592  1e-168  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  96.07 
 
 		 305 aa  592  1e-168  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  92.81 
 
 		 306 aa  558  1e-158  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  85.29 
 
 		 306 aa  535  1e-151  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  76.07 
 
 		 316 aa  482  1e-135  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  75.99 
 
 		 317 aa  482  1e-135  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 306 aa  231  2e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  40.8 
 
 		 316 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 301 aa  214  1.9999999999999998e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 316 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 305 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  40.14 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  40.14 
 
 		 298 aa  211  2e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 307 aa  210  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 314 aa  208  7e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 432 aa  209  7e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 301 aa  208  9e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 301 aa  207  2e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  38.91 
 
 		 304 aa  206  5e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  40.92 
 
 		 307 aa  205  9e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 		 305 aa  204  2e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 		 305 aa  204  2e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 331 aa  204  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 318 aa  203  2e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  38.33 
 
 		 309 aa  202  5e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  39.62 
 
 		 321 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 309 aa  200  3e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 309 aa  200  3e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 308 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 307 aa  199  5e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 307 aa  199  5e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 307 aa  199  5e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 307 aa  199  5e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 307 aa  199  5e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 307 aa  199  5e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 308 aa  199  5e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.54 
 
 		 300 aa  198  9e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 320 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 345 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 320 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5290  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 327 aa  196  3e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 308 aa  197  3e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 308 aa  195  9e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 308 aa  195  1e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0307  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 308 aa  194  1e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.291876  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  41.25 
 
 		 304 aa  194  2e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.42 
 
 		 309 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 307 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 308 aa  193  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 301 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 317 aa  193  3e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  36.86 
 
 		 300 aa  193  4e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 308 aa  192  5e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 314 aa  192  5e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 308 aa  192  8e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 314 aa  191  1e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3156  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 308 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 310 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 332 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5015  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 308 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357265  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  36.21 
 
 		 310 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2448  transcriptional regulator, LysR family  37.82 
 
 		 325 aa  189  4e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 302 aa  189  4e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  36 
 
 		 309 aa  189  5e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1897  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 295 aa  188  1e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0520736  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2055  transcriptional regulator, LysR family  37.42 
 
 		 325 aa  188  1e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 315 aa  187  2e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 311 aa  183  3e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 320 aa  183  3e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 298 aa  183  3e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 299 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2243  transcription regulator protein  36.43 
 
 		 326 aa  182  7e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.145641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  36.99 
 
 		 318 aa  182  7e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 313 aa  181  9.000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 309 aa  181  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 310 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4499  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 314 aa  180  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  37.98 
 
 		 304 aa  177  1e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 299 aa  178  1e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4041  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 314 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4339  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.27 
 
 		 330 aa  176  4e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1550  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 333 aa  176  5e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.135746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  38.14 
 
 		 304 aa  176  5e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1024  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 305 aa  172  5.999999999999999e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.849003  normal  0.711621 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  35 
 
 		 310 aa  172  6.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1942  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 320 aa  172  9e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000680141 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1544  LysR family transcriptional regulator  37.34 
 
 		 309 aa  171  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  37 
 
 		 308 aa  171  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 315 aa  171  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  38.54 
 
 		 314 aa  171  2e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 303 aa  170  4e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  38.54 
 
 		 314 aa  169  4e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1157  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 320 aa  169  5e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0192755  normal  0.578291 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6126  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.936354  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  32.78 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6434  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 321 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.455845 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 319 aa  167  2e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>