More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_3084 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_3084  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  614  1e-175  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.115544  normal  0.0198492 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3199  LysR family transcriptional regulator  99.34 
 
 		 305 aa  609  1e-173  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6501  LysR family transcriptional regulator  92.53 
 
 		 305 aa  560  1e-158  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.711222  normal  0.162689 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3166  LysR family transcriptional regulator  96.82 
 
 		 311 aa  550  1e-155  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010131 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2533  LysR family transcriptional regulator  96.47 
 
 		 311 aa  548  1e-155  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3146  LysR family transcriptional regulator  96.47 
 
 		 311 aa  548  1e-155  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4611  transcriptional regulator, LysR family  50.18 
 
 		 288 aa  276  2e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.144049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4477  transcriptional regulator, LysR family  50.18 
 
 		 288 aa  276  2e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.861356  normal  0.041098 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4288  LysR family transcriptional regulator  48.3 
 
 		 295 aa  271  7e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.423442  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5518  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 292 aa  271  1e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.593502  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4470  transcriptional regulator, LysR family  48.74 
 
 		 311 aa  265  1e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0844089  normal  0.102172 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4604  transcriptional regulator, LysR family  48.74 
 
 		 311 aa  265  1e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0660  LysR family transcriptional regulator  50.36 
 
 		 299 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.558378 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7527  LysR family transcriptional regulator  47.55 
 
 		 295 aa  258  8e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.267473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5370  LysR family transcriptional regulator  48.07 
 
 		 287 aa  257  2e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.626785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4191  LysR family transcriptional regulator  47.65 
 
 		 304 aa  256  3e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.936352  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5138  LysR family transcriptional regulator  46.21 
 
 		 289 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5011  LysR family transcriptional regulator  45.88 
 
 		 289 aa  247  2e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.967403  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5191  LysR family transcriptional regulator  46.26 
 
 		 289 aa  247  2e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0327  LysR family transcriptional regulator  46.76 
 
 		 289 aa  247  2e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.621945 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1279  LysR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 293 aa  233  4.0000000000000004e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2407  MarR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 283 aa  193  3e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.565631  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3254  LysR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 288 aa  186  4e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.819694  normal  0.147179 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2552  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 291 aa  180  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.438292 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2677  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 286 aa  162  4.0000000000000004e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.519308  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1421  transcriptional regulator, LysR family  34.77 
 
 		 295 aa  151  1e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.993172  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3758  putative transcriptional regulator  34.49 
 
 		 293 aa  149  4e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2143  transcriptional regulator, LysR family  31.21 
 
 		 302 aa  149  7e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44180  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 293 aa  149  8e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.680935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2996  LysR family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 274 aa  147  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.563844 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3369  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 298 aa  146  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384644 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2115  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 294 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2547  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 289 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291089  decreased coverage  0.00703073 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3168  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 298 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.655223  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2218  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 289 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.573789 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 		 309 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 		 309 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 316 aa  142  5e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3681  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 299 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0485  transcriptional regulator, LysR family  34.26 
 
 		 294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.916327  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2144  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 294 aa  139  3.9999999999999997e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.527134  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 314 aa  139  4.999999999999999e-32  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4082  putative transcriptional regulator  33.94 
 
 		 286 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47310  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 286 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4872  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 295 aa  137  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.511733  normal  0.704501 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  32.62 
 
 		 301 aa  136  4e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  32.62 
 
 		 303 aa  136  4e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3260  LysR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 288 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.670628  normal  0.111197 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1091  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1695  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.909005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 297 aa  132  6.999999999999999e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  29.82 
 
 		 323 aa  132  9e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  32.91 
 
 		 316 aa  132  9e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  31.56 
 
 		 305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1835  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 287 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3682  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 286 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.903074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2401  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 315 aa  127  3e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.38508  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2625  transcriptional regulator  31.82 
 
 		 313 aa  126  4.0000000000000003e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.172216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1245  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 313 aa  125  1e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000547224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3528  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 287 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235162  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 318 aa  125  1e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  30.9 
 
 		 301 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0269  LysR substrate-binding  28.36 
 
 		 298 aa  123  3e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.670723  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2210  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 287 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 308 aa  123  4e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 302 aa  123  5e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2254  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 299 aa  122  5e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0160178  normal  0.585542 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29540  transcriptional regulator  33.09 
 
 		 286 aa  122  5e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  29.51 
 
 		 326 aa  122  6e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1620  transcriptional regulator, LysR family  31.32 
 
 		 299 aa  122  7e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71750  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 311 aa  122  7e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2282  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 316 aa  122  7e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3460  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 287 aa  122  8e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143807  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 309 aa  122  9e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 290 aa  121  9.999999999999999e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  31.94 
 
 		 302 aa  122  9.999999999999999e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  26.83 
 
 		 316 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 302 aa  120  1.9999999999999998e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1390  transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 		 308 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6226  putative transcriptional regulator  29.17 
 
 		 316 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1692  rubisco operon transcriptional regulator  28.42 
 
 		 332 aa  120  3.9999999999999996e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.250885  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 311 aa  119  4.9999999999999996e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 301 aa  119  6e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  27.46 
 
 		 308 aa  119  7.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  31.64 
 
 		 307 aa  119  7.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3968  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 322 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.456128  normal  0.373765 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  27.46 
 
 		 308 aa  119  7.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1326  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 322 aa  119  9e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.138103  normal  0.40975 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4044  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 326 aa  119  9e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1979  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 305 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.454337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5257  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 320 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.85963 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5397  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 320 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.547943  normal  0.012277 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0873  transcriptional regulator, LysR family  31.9 
 
 		 325 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.164971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5641  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 320 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  30 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4402  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 319 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4331  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 310 aa  118  1.9999999999999998e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5126  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 320 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.470567 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4465  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 319 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00192923  normal  0.232029 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 325 aa  117  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>