More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_3043 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_3043  exodeoxyribonuclease III Xth  100 
 
 		 257 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3160  exodeoxyribonuclease III Xth  100 
 
 		 257 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0485064  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0186  exodeoxyribonuclease III  94.92 
 
 		 256 aa  516  1e-146  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2379  exodeoxyribonuclease III  94.92 
 
 		 256 aa  516  1e-146  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.124522  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0167  exodeoxyribonuclease III  94.92 
 
 		 256 aa  516  1e-146  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.580227  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2780  exodeoxyribonuclease III  94.92 
 
 		 256 aa  516  1e-146  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0371  exodeoxyribonuclease III  94.92 
 
 		 256 aa  516  1e-146  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2299  exodeoxyribonuclease III  94.92 
 
 		 256 aa  516  1e-146  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.87728  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0175  exodeoxyribonuclease III  94.92 
 
 		 256 aa  516  1e-146  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6456  exodeoxyribonuclease III xth  94.94 
 
 		 257 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2491  exodeoxyribonuclease III (xth)  94.16 
 
 		 257 aa  511  1e-144  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.510804  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3102  exodeoxyribonuclease III Xth  94.51 
 
 		 256 aa  511  1e-144  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3105  exodeoxyribonuclease III Xth  94.16 
 
 		 257 aa  511  1e-144  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3121  exodeoxyribonuclease III Xth  94.16 
 
 		 257 aa  511  1e-144  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.918757 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0151  exodeoxyribonuclease III  93.36 
 
 		 256 aa  508  1e-143  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0331  exodeoxyribonuclease III Xth  83.2 
 
 		 259 aa  464  9.999999999999999e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0057  exodeoxyribonuclease III Xth  83.2 
 
 		 259 aa  462  1e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4393  exodeoxyribonucleaseiii xth  83.2 
 
 		 259 aa  463  1e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.599259  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0140  putative exodeoxyribonuclease III protein  79.07 
 
 		 261 aa  444  1.0000000000000001e-124  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0036  exodeoxyribonuclease III Xth  77.91 
 
 		 261 aa  437  9.999999999999999e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0042  exodeoxyribonuclease III Xth  77.91 
 
 		 261 aa  437  9.999999999999999e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.169682 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0194  AP endonuclease  72.66 
 
 		 258 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0149  exodeoxyribonuclease III (xth)  72.27 
 
 		 258 aa  390  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2008  exodeoxyribonuclease III Xth  66.8 
 
 		 260 aa  376  1e-103  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1725  exodeoxyribonuclease III Xth  65.64 
 
 		 260 aa  372  1e-102  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.569641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0254  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  64.98 
 
 		 259 aa  354  5.999999999999999e-97  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3929  exodeoxyribonuclease III  62.07 
 
 		 263 aa  348  3e-95  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0224  exodeoxyribonuclease III  61.96 
 
 		 259 aa  348  4e-95  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.465844  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0109  exodeoxyribonuclease III Xth  61.81 
 
 		 261 aa  346  2e-94  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0626468  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4050  exodeoxyribonuclease III Xth  63.08 
 
 		 262 aa  345  3e-94  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000121179 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2484  exodeoxyribonuclease III (xth)  61.72 
 
 		 257 aa  340  1e-92  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0685  exodeoxyribonuclease III Xth  60.08 
 
 		 260 aa  338  4e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0277  exodeoxyribonuclease III Xth  58.49 
 
 		 267 aa  338  7e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0273673  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0123  AP endonuclease  59.07 
 
 		 259 aa  337  8e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0233  exodeoxyribonuclease III Xth  59.47 
 
 		 267 aa  337  9.999999999999999e-92  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0227  exodeoxyribonuclease III Xth  59.47 
 
 		 267 aa  337  9.999999999999999e-92  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0321  exodeoxyribonuclease III  59.84 
 
 		 257 aa  335  2.9999999999999997e-91  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.323864  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0339  exodeoxyribonuclease III Xth  58.65 
 
 		 267 aa  332  3e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0070  exodeoxyribonuclease III Xth  61.57 
 
 		 257 aa  330  1e-89  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0288  exodeoxyribonuclease III Xth  59 
 
 		 264 aa  326  2.0000000000000001e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923056 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0403  exodeoxyribonuclease III  56.69 
 
 		 259 aa  313  1.9999999999999998e-84  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0167  exodeoxyribonuclease III Xth  50.47 
 
 		 319 aa  312  2.9999999999999996e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.201775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0089  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  60.38 
 
 		 263 aa  312  3.9999999999999997e-84  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.499029 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1784  exodeoxyribonuclease III  56.3 
 
 		 259 aa  310  1e-83  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1619  exodeoxyribonuclease III Xth  57.36 
 
 		 266 aa  308  8e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.8373 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0039  exodeoxyribonuclease III Xth  56.3 
 
 		 256 aa  300  2e-80  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02934  exodeoxyribonuclease III  54.92 
 
 		 266 aa  288  6e-77  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.636028  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0295  exodeoxyribonuclease III Xth  54.34 
 
 		 266 aa  287  9e-77  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.049779 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0702  hypothetical protein  51.97 
 
 		 260 aa  285  4e-76  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0684  hypothetical protein  51.97 
 
 		 260 aa  285  4e-76  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0121  exodeoxyribonuclease III Xth  53.03 
 
 		 266 aa  272  4.0000000000000004e-72  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00155792  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0138  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  52.27 
 
 		 266 aa  268  5.9999999999999995e-71  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.287048  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3225  exodeoxyribonuclease III Xth  48.67 
 
 		 265 aa  266  2e-70  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.103281  hitchhiker  0.00000209509 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1541  AP endonuclease  48.85 
 
 		 267 aa  265  4e-70  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.241112  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05100  exodeoxyribonuclease III  49.62 
 
 		 265 aa  262  3e-69  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2193  exodeoxyribonuclease III Xth  48.11 
 
 		 267 aa  254  1.0000000000000001e-66  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000941808  hitchhiker  0.000239022 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5745  exodeoxyribonuclease III Xth  45.11 
 
 		 294 aa  249  4e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321792  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6475  exodeoxyribonuclease III Xth  46.59 
 
 		 264 aa  246  3e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0216  exodeoxyribonuclease III (xth)  57.51 
 
 		 349 aa  241  6e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0269  exodeoxyribonuclease III  45.63 
 
 		 254 aa  235  5.0000000000000005e-61  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3497  exodeoxyribonuclease III  45.63 
 
 		 254 aa  234  1.0000000000000001e-60  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.570342 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0890  exodeoxyribonuclease III Xth  45.78 
 
 		 254 aa  232  5e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4271  exodeoxyribonuclease III Xth  44.92 
 
 		 256 aa  226  2e-58  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6108  catabolite repression control protein  40.23 
 
 		 259 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0466604  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70390  catabolite repression control protein  40.23 
 
 		 259 aa  221  6e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0618  exodeoxyribonuclease III Xth  41.02 
 
 		 258 aa  220  1.9999999999999999e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000157128 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0180  exodeoxyribonuclease III Xth  39.61 
 
 		 259 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.101584  hitchhiker  0.00000710685 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2986  exodeoxyribonuclease III Xth  42.25 
 
 		 254 aa  215  7e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5292  exodeoxyribonuclease III Xth  39.22 
 
 		 259 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.328538 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5200  exodeoxyribonuclease III Xth  39.22 
 
 		 259 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  0.425377 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3242  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  40.32 
 
 		 258 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0851525 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5545  exodeoxyribonuclease III xth  38.82 
 
 		 259 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5341  exodeoxyribonuclease III Xth  39.22 
 
 		 259 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.11599  hitchhiker  0.00893933 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4384  exodeoxyribonuclease III Xth  37.25 
 
 		 259 aa  211  5.999999999999999e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.465503  normal  0.053083 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0079  exodeoxyribonuclease III, putative  38.43 
 
 		 259 aa  211  1e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02870  catabolite repression control protein; Crc  39.22 
 
 		 259 aa  211  1e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3205  exodeoxyribonuclease III  40.62 
 
 		 255 aa  211  1e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0215  exodeoxyribonuclease III xth  38.04 
 
 		 259 aa  210  2e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0832  exodeoxyribonuclease III Xth  42.69 
 
 		 253 aa  210  2e-53  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.808552  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0948  exodeoxyribonuclease III Xth  44.19 
 
 		 272 aa  209  4e-53  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.875165  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1247  exodeoxyribonuclease III Xth  39.29 
 
 		 255 aa  207  1e-52  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1451  exodeoxyribonuclease III Xth  42.06 
 
 		 254 aa  204  1e-51  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.991336  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01760  exodeoxyribonuclease  41.25 
 
 		 254 aa  202  5e-51  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0823  exodeoxyribonuclease III  37.55 
 
 		 255 aa  201  9.999999999999999e-51  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2145  exodeoxyribonuclease III  38.78 
 
 		 251 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1647  exodeoxyribonuclease III Xth  36.9 
 
 		 249 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1258  exodeoxyribonuclease III Xth  39.3 
 
 		 257 aa  199  3.9999999999999996e-50  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1734  exodeoxyribonuclease III  40.31 
 
 		 256 aa  197  1.0000000000000001e-49  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00350824  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0254  exodeoxyribonuclease III Xth  36.36 
 
 		 249 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.345857  normal  0.41311 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0582  exodeoxyribonuclease III Xth  36.36 
 
 		 249 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.24337  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0547  exodeoxyribonuclease III Xth  36.88 
 
 		 268 aa  197  1.0000000000000001e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0521  exodeoxyribonuclease III Xth  38.19 
 
 		 254 aa  196  3e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000060728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3507  exodeoxyribonuclease III Xth  38.67 
 
 		 252 aa  196  3e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0122233  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0339  exodeoxyribonuclease III Xth  38.25 
 
 		 257 aa  196  3e-49  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.361272  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0377  exodeoxyribonuclease III Xth  41.27 
 
 		 255 aa  196  4.0000000000000005e-49  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0982  exodeoxyribonuclease III  38.49 
 
 		 250 aa  193  2e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3671  histidine kinase  35.29 
 
 		 261 aa  192  3e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.148225 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3484  exodeoxyribonuclease III  38.28 
 
 		 252 aa  192  4e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.385947  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1377  exodeoxyribonuclease III  38.65 
 
 		 250 aa  192  4e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00689884  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1192  exodeoxyribonuclease III  38.25 
 
 		 250 aa  192  6e-48  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0173462  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>