More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_2455 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_006348  BMA2261  EAL domain-containing protein  87.03 
 
 		 424 aa  737    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.807134  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3188  diguanylate phosphodiesterase  82.78 
 
 		 436 aa  688    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.338182  normal  0.117578 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0758  diguanylate phosphodiesterase  95.28 
 
 		 424 aa  817    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.121187  normal  0.125569 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2561  diguanylate phosphodiesterase  95.75 
 
 		 424 aa  822    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0195477 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1094  EAL domain-containing protein  86.79 
 
 		 424 aa  735    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.464012  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5868  diguanylate phosphodiesterase  95.99 
 
 		 424 aa  823    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0145256  normal  0.285313 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2138  cyclic diguanylate phosphodiesterase  86.97 
 
 		 422 aa  733    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0943  cyclic diguanylate phosphodiesterase  86.73 
 
 		 422 aa  731    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0751  EAL domain-containing protein  86.56 
 
 		 424 aa  734    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0546  diguanylate phosphodiesterase  80.66 
 
 		 424 aa  673    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.49841  normal  0.628054 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0939  EAL domain-containing protein  86.73 
 
 		 422 aa  731    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.876817  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0778  diguanylate phosphodiesterase  82.55 
 
 		 436 aa  689    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.263766  normal  0.696218 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1925  diguanylate phosphodiesterase  95.99 
 
 		 424 aa  823    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.544322  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0558  cyclic diguanylate phosphodiesterase  86.97 
 
 		 422 aa  733    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2585  diguanylate phosphodiesterase  99.76 
 
 		 424 aa  855    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0503461  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2537  diguanylate phosphodiesterase  95.99 
 
 		 424 aa  823    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0119746  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2455  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 		 424 aa  857    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000463502 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0359  diguanylate phosphodiesterase  52.21 
 
 		 423 aa  390  1e-107  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.834381  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6290  diguanylate phosphodiesterase  52.21 
 
 		 428 aa  390  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2848  diguanylate phosphodiesterase  51.95 
 
 		 428 aa  389  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.423911  normal  0.493577 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2960  diguanylate phosphodiesterase  52.21 
 
 		 428 aa  389  1e-107  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.735556  normal  0.776936 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2324  diguanylate phosphodiesterase  52.21 
 
 		 428 aa  389  1e-107  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00890506  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2985  diguanylate phosphodiesterase  51.95 
 
 		 428 aa  389  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2938  diguanylate phosphodiesterase  52.21 
 
 		 428 aa  389  1e-107  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.200549  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0330  EAL domain-containing protein  51.69 
 
 		 429 aa  376  1e-103  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4292  diguanylate phosphodiesterase  50.63 
 
 		 425 aa  372  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.843441 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0415  diguanylate phosphodiesterase  50.38 
 
 		 422 aa  373  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.404943 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0565  EAL domain-containing protein  50.91 
 
 		 515 aa  369  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0400  cyclic diguanylate phosphodiesterase  50.91 
 
 		 464 aa  370  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0140  diguanylate phosphodiesterase  50.63 
 
 		 424 aa  369  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.537566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0380  cyclic diguanylate phosphodiesterase  50.91 
 
 		 464 aa  370  1e-101  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2214  diguanylate phosphodiesterase  38.2 
 
 		 428 aa  264  2e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.706339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2792  diguanylate phosphodiesterase  34.58 
 
 		 427 aa  257  3e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2288  diguanylate phosphodiesterase  36.88 
 
 		 419 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000327147  normal  0.604082 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0993  diguanylate phosphodiesterase  34.72 
 
 		 441 aa  244  3e-63  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.457608  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2662  EAL domain-containing protein  31.71 
 
 		 428 aa  233  6e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.31527  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4326  diguanylate phosphodiesterase  35.68 
 
 		 426 aa  225  1e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0277437  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0192  diguanylate phosphodiesterase  35.57 
 
 		 429 aa  225  1e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.11093  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2848  EAL domain-containing protein  35.4 
 
 		 427 aa  224  2e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197533  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1394  EAL domain-containing protein  35.84 
 
 		 403 aa  224  3e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1523  EAL domain-containing protein  35.25 
 
 		 427 aa  224  3e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1389  EAL domain-containing protein  35.18 
 
 		 403 aa  224  3e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0737  diguanylate phosphodiesterase  38 
 
 		 426 aa  216  8e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1218  diguanylate phosphodiesterase  38 
 
 		 426 aa  216  8e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.048247  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1191  diguanylate phosphodiesterase  37.75 
 
 		 447 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0738047  normal  0.284826 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1618  diguanylate phosphodiesterase  36.96 
 
 		 446 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.991621  normal  0.575282 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2834  diguanylate phosphodiesterase  36.46 
 
 		 440 aa  212  1e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1176  diguanylate phosphodiesterase  34.22 
 
 		 411 aa  212  1e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1744  diguanylate phosphodiesterase  34.1 
 
 		 424 aa  211  3e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.943154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1101  diguanylate phosphodiesterase  37.25 
 
 		 426 aa  207  3e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1101  diguanylate phosphodiesterase  37.09 
 
 		 426 aa  207  3e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3700  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.82 
 
 		 780 aa  204  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.973532 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2085  diguanylate phosphodiesterase  35.31 
 
 		 423 aa  201  3e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.75 
 
 		 790 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0244946 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0770  diguanylate phosphodiesterase  31.01 
 
 		 414 aa  195  1e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.294803  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.48 
 
 		 777 aa  192  8e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.36212 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3887  diguanylate phosphodiesterase  32.91 
 
 		 421 aa  189  8e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0192627  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1766  EAL domain-containing protein  39.91 
 
 		 474 aa  162  1e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.561967  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0677  EAL domain-containing protein  39.91 
 
 		 482 aa  162  1e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0823154  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1192  EAL domain-containing protein  39.91 
 
 		 474 aa  162  1e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.252573  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1033  diguanylate phosphodiesterase  26.41 
 
 		 413 aa  152  1e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0109  hypothetical protein  50.33 
 
 		 171 aa  144  4e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00195405  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2261  hypothetical protein  50.33 
 
 		 171 aa  144  4e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2024  hypothetical protein  50.33 
 
 		 171 aa  144  4e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3070  hypothetical protein  50.33 
 
 		 171 aa  144  4e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1754  diguanylate phosphodiesterase  28.61 
 
 		 431 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2479  diguanylate phosphodiesterase  27.63 
 
 		 416 aa  110  6e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2032  EAL domain protein  31.08 
 
 		 396 aa  108  1e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3003  diguanylate phosphodiesterase  27.3 
 
 		 387 aa  106  7e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000176635 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0612  diguanylate phosphodiesterase  28.11 
 
 		 197 aa  101  2e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.996724 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3972  diguanylate phosphodiesterase  27.14 
 
 		 387 aa  97.4  5e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0662  putative signaling protein  28.46 
 
 		 266 aa  95.1  2e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.260634  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0470  hypothetical protein  31.69 
 
 		 288 aa  94.7  3e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000129901  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05954  hypothetical protein  31.93 
 
 		 272 aa  94  4e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000218  diguanylate phosphodiesterase  29.6 
 
 		 272 aa  89.7  8e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1154  hypothetical protein  29.78 
 
 		 603 aa  88.6  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.57 
 
 		 581 aa  87.8  3e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0220  hypothetical protein  23.85 
 
 		 362 aa  86.3  0.000000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0220  hypothetical protein  23.85 
 
 		 360 aa  85.1  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.02 
 
 		 572 aa  80.9  0.00000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0731  diguanylate phosphodiesterase  20.8 
 
 		 263 aa  80.9  0.00000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.53 
 
 		 605 aa  80.5  0.00000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0541  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.09 
 
 		 567 aa  80.1  0.00000000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.46 
 
 		 599 aa  78.2  0.0000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.29 
 
 		 584 aa  79  0.0000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.74 
 
 		 590 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2658  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.77 
 
 		 641 aa  78.2  0.0000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2106  diguanylate phosphodiesterase  26.72 
 
 		 290 aa  77.8  0.0000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  25.74 
 
 		 584 aa  77  0.0000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.43 
 
 		 580 aa  76.3  0.0000000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.29 
 
 		 585 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.29 
 
 		 585 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4673  sensory box/GGDEF family protein  29.65 
 
 		 567 aa  76.3  0.000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  5.6834899999999996e-21 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  27.19 
 
 		 351 aa  75.9  0.000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.29 
 
 		 585 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.53 
 
 		 583 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30 
 
 		 584 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  30.04 
 
 		 592 aa  75.1  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0506  diguanylate phosphodiesterase  24.61 
 
 		 297 aa  75.5  0.000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.53 
 
 		 583 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>