More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_2414 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_006348  BMA1972  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  90.23 
 
 
389 aa  724    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00171417  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2521  inner-membrane translocator  97.69 
 
 
389 aa  771    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.561391  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1144  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  90.23 
 
 
389 aa  724    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00400001  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0984  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  90.23 
 
 
389 aa  724    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0667832  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5828  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  95.37 
 
 
389 aa  759    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.944679  normal  0.156755 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3143  inner-membrane translocator  86.63 
 
 
389 aa  699    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00426099  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0264  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  90.23 
 
 
389 aa  723    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00136517  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0590  inner-membrane translocator  86.12 
 
 
389 aa  695    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0786  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  89.72 
 
 
389 aa  717    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0884  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  90.23 
 
 
389 aa  724    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00237971  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0990  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  90.23 
 
 
389 aa  724    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.315996  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2414  inner-membrane translocator  100 
 
 
389 aa  782    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0405273 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0823  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  86.08 
 
 
389 aa  693    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.196198  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0941  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  90.23 
 
 
389 aa  724    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0498835  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1885  inner-membrane translocator  97.69 
 
 
389 aa  771    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6113  inner-membrane translocator  95.01 
 
 
389 aa  709    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2543  inner-membrane translocator  98.71 
 
 
389 aa  777    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.548123  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2496  inner-membrane translocator  97.69 
 
 
389 aa  771    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.381259  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0798  inner-membrane translocator  95.37 
 
 
389 aa  761    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.640625 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4756  inner-membrane translocator  85.09 
 
 
389 aa  687    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6413  inner-membrane translocator  77.63 
 
 
389 aa  622  1e-177  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2439  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  68.38 
 
 
378 aa  515  1.0000000000000001e-145  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.703384  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2865  inner-membrane translocator  67.02 
 
 
384 aa  518  1.0000000000000001e-145  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.267921  normal  0.620309 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2707  inner-membrane translocator  70.11 
 
 
375 aa  509  1e-143  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.990048  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2317  inner-membrane translocator  70.11 
 
 
375 aa  509  1e-143  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.156371  hitchhiker  0.00287138 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2727  inner-membrane translocator  67.4 
 
 
385 aa  497  1e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1728  inner-membrane translocator  68.55 
 
 
363 aa  473  1e-132  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2711  inner-membrane translocator  64.86 
 
 
358 aa  442  1e-123  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3363  inner-membrane translocator  64.56 
 
 
358 aa  440  9.999999999999999e-123  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.585542 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1876  inner-membrane translocator  62.96 
 
 
358 aa  439  9.999999999999999e-123  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.255765  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2104  inner-membrane translocator  60.34 
 
 
398 aa  436  1e-121  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1289  inner-membrane translocator  60.89 
 
 
399 aa  438  1e-121  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0272  inner-membrane translocator  62.61 
 
 
353 aa  427  1e-118  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.337151  normal  0.772291 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3171  inner-membrane translocator  59.23 
 
 
363 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.471591  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2550  inner-membrane translocator  69.01 
 
 
370 aa  416  9.999999999999999e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5353  inner-membrane translocator  61.8 
 
 
359 aa  414  1e-114  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.980288 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3207  inner-membrane translocator  63.29 
 
 
370 aa  412  1e-114  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.517892  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3000  inner-membrane translocator  65.86 
 
 
358 aa  409  1e-113  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.463363  normal  0.876214 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1124  putative transport system permease protein  63.91 
 
 
368 aa  408  1.0000000000000001e-112  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.101102  normal  0.0627537 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3795  inner-membrane translocator  62.24 
 
 
361 aa  392  1e-108  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2473  inner-membrane translocator  55.61 
 
 
373 aa  376  1e-103  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0760  inner-membrane translocator  60.86 
 
 
361 aa  372  1e-102  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000323795 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0567  inner-membrane translocator  43.64 
 
 
443 aa  259  6e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.856247  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1113  inner-membrane translocator  43.51 
 
 
460 aa  258  1e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2977  inner-membrane translocator  43.01 
 
 
454 aa  257  2e-67  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1861  inner-membrane translocator  46.31 
 
 
449 aa  254  2.0000000000000002e-66  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.308242  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1750  inner-membrane translocator  42.71 
 
 
452 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.40589  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1724  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  45.03 
 
 
459 aa  253  4.0000000000000004e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1790  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  44.75 
 
 
459 aa  250  3e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1837  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  42.86 
 
 
423 aa  250  3e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.53398  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0587  inner-membrane translocator  45.85 
 
 
398 aa  250  3e-65  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2494  inner-membrane translocator  45.38 
 
 
463 aa  249  7e-65  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.153579  normal  0.0791512 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3514  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  43.73 
 
 
463 aa  248  9e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1894  inner-membrane translocator  43.09 
 
 
454 aa  248  1e-64  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.735841  normal  0.0546266 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4333  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  45.19 
 
 
412 aa  246  4e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.546398  normal  0.109331 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  44.25 
 
 
418 aa  243  3e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.6169 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3327  inner-membrane translocator  45.57 
 
 
463 aa  243  6e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.630335 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  43.43 
 
 
407 aa  241  2e-62  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4110  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  43.75 
 
 
421 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.015431  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19630  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  45.4 
 
 
418 aa  240  2.9999999999999997e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000188502  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0774  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  43.7 
 
 
427 aa  240  4e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0864  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  43.7 
 
 
427 aa  240  4e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0137433  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2140  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  43.7 
 
 
423 aa  239  5e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0895739  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3847  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  43.6 
 
 
421 aa  239  6.999999999999999e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0194014  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  44.69 
 
 
415 aa  237  2e-61  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2652  inner-membrane translocator  41.98 
 
 
477 aa  238  2e-61  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000000103128  hitchhiker  0.00512558 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3071  inner-membrane translocator  45.12 
 
 
463 aa  237  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.730301  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3772  inner-membrane translocator  43.43 
 
 
372 aa  237  2e-61  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00496124  hitchhiker  0.00284039 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4278  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  41.3 
 
 
418 aa  237  3e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.264378  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1139  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  41.3 
 
 
418 aa  236  4e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.268722  normal  0.229928 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2396  inner-membrane translocator  44.71 
 
 
461 aa  236  4e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00825655 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5395  inner-membrane translocator  43.5 
 
 
463 aa  236  4e-61  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.118271 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2030  inner-membrane translocator  47.51 
 
 
385 aa  236  4e-61  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.710077  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1173  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  41.3 
 
 
418 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.556835  normal  0.907427 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6000  branched-chain amino acid transport system permease protein  42.39 
 
 
321 aa  236  6e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.108703  normal  0.0256137 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0406  inner-membrane translocator  43.99 
 
 
327 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0311713  normal  0.305027 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5270  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  43.09 
 
 
423 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3350  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  43.09 
 
 
423 aa  234  3e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5017  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  43.09 
 
 
423 aa  234  3e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3375  inner-membrane translocator  43.22 
 
 
390 aa  233  4.0000000000000004e-60  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0104917 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4430  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  42.55 
 
 
423 aa  233  6e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.460917  hitchhiker  0.00013336 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1156  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  40.76 
 
 
418 aa  232  7.000000000000001e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.652627  normal  0.0268072 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4945  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  42.55 
 
 
423 aa  232  9e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.487918  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0653  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  43.55 
 
 
423 aa  231  1e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.508329 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1746  inner-membrane translocator  44.08 
 
 
474 aa  231  2e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3324  inner-membrane translocator  47.48 
 
 
484 aa  231  2e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0986477  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1084  inner-membrane translocator  43.58 
 
 
435 aa  231  2e-59  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0450701  normal  0.660313 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5436  inner-membrane translocator  45.57 
 
 
475 aa  228  1e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.633528 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3337  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  40.94 
 
 
423 aa  228  1e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3572  inner-membrane translocator  41.87 
 
 
381 aa  227  2e-58  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0134037 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2250  inner-membrane translocator  40.91 
 
 
464 aa  228  2e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.571474  normal  0.330344 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0343  inner-membrane translocator  44.38 
 
 
470 aa  227  3e-58  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20620  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  40 
 
 
439 aa  227  3e-58  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.585319  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2317  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  44.87 
 
 
425 aa  226  4e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.433018  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3625  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  44 
 
 
423 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2843  inner-membrane translocator  41.87 
 
 
391 aa  226  6e-58  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.123701  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  42.21 
 
 
428 aa  225  1e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3972  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  42.21 
 
 
428 aa  225  1e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.640531  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2082  inner-membrane translocator  43.06 
 
 
456 aa  223  4e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4305  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  43.54 
 
 
417 aa  222  7e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>