More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_1859 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01110  transcription-repair coupling factor  50.65 
 
 		 1148 aa  1092    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.358379  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2533  transcription-repair coupling factor  50.57 
 
 		 1164 aa  1091    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00875995  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2402  transcription-repair coupling factor  92.82 
 
 		 1189 aa  2150    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  41.55 
 
 		 1157 aa  730    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2148  transcription-repair coupling factor  52.47 
 
 		 1149 aa  1105    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0740298 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3157  transcription-repair coupling factor  63.93 
 
 		 1164 aa  1490    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1569  transcription-repair coupling factor  65.36 
 
 		 1184 aa  1512    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.878317  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  35.52 
 
 		 1169 aa  676    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1864  transcription-repair coupling factor  50.09 
 
 		 1147 aa  1057    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0555269  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1642  transcription-repair coupling factor protein  76.22 
 
 		 1157 aa  1777    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.250538 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  36.67 
 
 		 1176 aa  686    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2139  transcription-repair coupling factor  48.24 
 
 		 1207 aa  1137    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.84833  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2406  transcription-repair coupling factor  52.34 
 
 		 1162 aa  1088    Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00482386  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0579  transcription-repair coupling factor  38.48 
 
 		 1122 aa  660    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2255  transcription-repair coupling factor  50.26 
 
 		 1164 aa  1087    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2101  transcription-repair coupling factor  53.38 
 
 		 1150 aa  1142    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.325386  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  36.57 
 
 		 1176 aa  686    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  36.57 
 
 		 1178 aa  685    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  36.67 
 
 		 1176 aa  687    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1491  transcription-repair coupling factor  92.82 
 
 		 1157 aa  2150    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1016  transcription-repair coupling factor  49.16 
 
 		 1153 aa  1097    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0983  transcription-repair coupling factor  49.16 
 
 		 1153 aa  1099    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1896  transcription-repair coupling factor  53.65 
 
 		 1150 aa  1145    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.482284 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1484  transcription-repair coupling factor  44.69 
 
 		 1243 aa  1020    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.704172  normal  0.0864414 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1965  transcription-repair coupling factor  65.48 
 
 		 1147 aa  1504    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.550833  normal  0.680854 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  34.24 
 
 		 1178 aa  638    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1360  transcription-repair coupling factor  76.37 
 
 		 1150 aa  1756    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1260  transcription-repair coupling factor  92.82 
 
 		 1189 aa  2149    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.148669  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1656  transcription-repair coupling factor  62.3 
 
 		 1146 aa  1381    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.221559  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1513  transcription-repair coupling factor  38.25 
 
 		 1174 aa  733    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.696907  normal  0.0197286 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4359  transcription-repair coupling factor  63.83 
 
 		 1174 aa  1471    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.281858  normal  0.0471962 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2513  transcription-repair coupling factor  92.91 
 
 		 1189 aa  2152    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1642  transcription-repair coupling factor  51.12 
 
 		 1158 aa  1137    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3866  transcription-repair coupling factor  53.44 
 
 		 1149 aa  1164    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2850  transcription-repair coupling factor (helicase)  37.6 
 
 		 1165 aa  689    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.74664  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0929  transcription-repair coupling factor  63.54 
 
 		 1180 aa  1513    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.574552  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5255  transcription-repair coupling factor  97.32 
 
 		 1156 aa  2269    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0305001  normal  0.983896 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1443  transcription-repair coupling factor  37.43 
 
 		 1165 aa  689    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0802912 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0798  transcription-repair coupling factor  35.36 
 
 		 1163 aa  665    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.151739  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  41.74 
 
 		 1158 aa  770    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3318  transcription-repair coupling factor  92.82 
 
 		 1189 aa  2149    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.101121  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1168  transcription-repair coupling factor  48.68 
 
 		 1159 aa  1110    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.507558  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  36.57 
 
 		 1176 aa  686    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2359  transcription-repair coupling factor  92.91 
 
 		 1189 aa  2152    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.741078  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0639  transcription-repair coupling factor  63.12 
 
 		 1156 aa  1417    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1726  transcription-repair coupling factor  39 
 
 		 1177 aa  706    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  38.62 
 
 		 1183 aa  703    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2088  transcription-repair coupling factor  92.73 
 
 		 1217 aa  2152    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4332  transcription-repair coupling factor  39.61 
 
 		 1241 aa  683    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0186143  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1988  transcription-repair coupling factor  92.82 
 
 		 1157 aa  2150    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.232338  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2850  transcription-repair coupling factor  38.86 
 
 		 1171 aa  741    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.334437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1982  transcription-repair coupling factor  41.8 
 
 		 1164 aa  737    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1933  transcription-repair coupling factor  50.98 
 
 		 1173 aa  1151    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.436616  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2322  transcription-repair coupling factor  36.8 
 
 		 1153 aa  647    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.831848  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1331  transcription-repair coupling factor  63.21 
 
 		 1175 aa  1478    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.54754  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1796  transcription-repair coupling protein Mfd  48.9 
 
 		 1153 aa  1095    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.46752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2610  transcription-repair coupling factor  38.46 
 
 		 1172 aa  725    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.776583  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1748  transcription-repair coupling factor  60.74 
 
 		 1134 aa  1402    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.921754  normal  0.10168 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2717  transcription-repair coupling factor  61.71 
 
 		 1201 aa  1467    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.103447 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2313  transcription-repair coupling factor  88.62 
 
 		 1160 aa  2096    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.141111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1674  transcription-repair coupling factor  47.53 
 
 		 1179 aa  1045    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000415877  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2622  transcription-repair coupling factor  38.46 
 
 		 1172 aa  744    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.153021  hitchhiker  0.000463296 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1567  transcription-repair coupling factor  51.7 
 
 		 1150 aa  1075    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2053  transcription-repair coupling factor  38.04 
 
 		 1173 aa  719    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0242332  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1664  transcription-repair coupling factor  44.78 
 
 		 1243 aa  1016    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0200808 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1955  transcription-repair coupling factor  75.41 
 
 		 1150 aa  1754    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0130326  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  37.32 
 
 		 1182 aa  694    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1349  transcription-repair coupling factor  37.85 
 
 		 1149 aa  710    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1653  transcription-repair coupling factor  39.73 
 
 		 1194 aa  726    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6135  transcription-repair coupling factor  97.32 
 
 		 1156 aa  2268    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.352842  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  37.58 
 
 		 1169 aa  717    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1725  transcription-repair coupling factor  50.43 
 
 		 1160 aa  1135    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1702  transcription-repair coupling factor  40.2 
 
 		 1167 aa  707    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2204  transcription-repair coupling factor  47.73 
 
 		 1163 aa  1077    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0607404  normal  0.440495 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  37.01 
 
 		 1162 aa  698    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  36.92 
 
 		 1162 aa  704    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1161  transcription-repair coupling factor  49.17 
 
 		 1143 aa  1064    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1730  transcription-repair coupling factor  50.79 
 
 		 1160 aa  1090    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00119053  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1810  transcription-repair coupling factor  50.79 
 
 		 1160 aa  1092    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.540051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1800  transcription-repair coupling factor  50.73 
 
 		 1166 aa  1109    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2399  transcription-repair coupling factor  48.77 
 
 		 1178 aa  1069    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00178528  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1257  transcription-repair coupling factor  51.41 
 
 		 1147 aa  1065    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.230651  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1485  transcription-repair coupling factor  38.28 
 
 		 1172 aa  717    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.432425 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1932  transcription-repair coupling factor  99.39 
 
 		 1185 aa  2337    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25230  transcription-repair coupling factor  53.06 
 
 		 1148 aa  1155    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  35.1 
 
 		 1162 aa  663    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0183  transcription-repair coupling factor  36.12 
 
 		 1188 aa  642    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  37.76 
 
 		 1165 aa  659    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0399  transcription-repair coupling factor  35.66 
 
 		 1179 aa  637    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0007  transcription-repair coupling factor  37.42 
 
 		 1168 aa  655    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2550  transcription-repair coupling factor  64.07 
 
 		 1161 aa  1479    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.277957  normal  0.0823791 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1944  transcription-repair coupling factor  97.32 
 
 		 1156 aa  2268    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  38.32 
 
 		 1189 aa  704    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1651  transcription-repair coupling factor  40.71 
 
 		 1198 aa  826    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0949353  normal  0.53283 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2289  transcription-repair coupling factor  50.22 
 
 		 1160 aa  1086    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00423432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1580  transcription-repair coupling factor  64.19 
 
 		 1163 aa  1495    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.484817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  40.32 
 
 		 1177 aa  753    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3811  transcription-repair coupling factor  38.49 
 
 		 1154 aa  687    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1630  transcription-repair coupling factor  52.48 
 
 		 1160 aa  1105    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00676636  normal  0.517783 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1330  transcription-repair coupling factor  52.42 
 
 		 1155 aa  1072    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.643209  normal  0.63963 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>