More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_1419 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010508  Bcenmc03_1473  RNA-binding S4 domain-containing protein  89.17 
 
 
586 aa  854  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.780813  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4638  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  88.7 
 
 
588 aa  907  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.386925  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2567  RNA pseudouridylate synthase family protein  77.76 
 
 
502 aa  721  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00446007  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1497  pseudouridine synthase, Rsu  88.93 
 
 
586 aa  854  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1510  RNA pseudouridine synthase family protein  77.32 
 
 
554 aa  731  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1419  RNA-binding S4 domain-containing protein  100 
 
 
572 aa  1119  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0617825 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1758  pseudouridine synthase  87.64 
 
 
554 aa  788  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.324653  normal  0.0138956 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1379  pseudouridine synthase, Rsu  99.3 
 
 
572 aa  1113  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1912  RNA pseudouridylate synthase family protein  78.19 
 
 
513 aa  708  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.402665  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0178  RNA pseudouridine synthase family protein  77.32 
 
 
554 aa  731  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00491144  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0988  RNA pseudouridine synthase family protein  77.32 
 
 
554 aa  731  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1737  RNA pseudouridine synthase family protein  77.49 
 
 
554 aa  733  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0207122  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1759  RNA pseudouridine synthase family protein  77.49 
 
 
554 aa  737  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.282053  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1016  pseudouridine synthase, Rsu  88.93 
 
 
586 aa  854  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.718536  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1732  pseudouridine synthase  73.62 
 
 
597 aa  633  1e-180  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2823  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  72.48 
 
 
633 aa  632  1e-180  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1629  pseudouridine synthase  72.19 
 
 
626 aa  628  1e-179  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00621954 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1064  RNA pseudouridylate synthase family protein  84.42 
 
 
380 aa  610  1e-173  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  57.71 
 
 
631 aa  448  1e-124  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.209025 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  53.23 
 
 
615 aa  447  1e-124  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1207  pseudouridine synthase  54.16 
 
 
594 aa  443  1e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.948896  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1286  hypothetical protein  50.77 
 
 
598 aa  437  1e-121  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0722025  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1114  pseudouridine synthase  49.14 
 
 
594 aa  434  1e-120  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.692137  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1096  pseudouridine synthase  62.71 
 
 
417 aa  371  1e-101  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1230  pseudouridine synthase  64.21 
 
 
587 aa  371  1e-101  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0560095  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1165  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.44 
 
 
447 aa  348  1e-94  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1085  pseudouridine synthase  46.55 
 
 
435 aa  347  3e-94  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.126004  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2312  pseudouridine synthase, Rsu  55.85 
 
 
466 aa  340  4e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.49516  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0085  pseudouridine synthase  50.14 
 
 
520 aa  339  1e-91  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.300201  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1419  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  49.42 
 
 
483 aa  332  1e-89  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.829241  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5024  pseudouridine synthase  57.82 
 
 
467 aa  330  4e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.114157  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2613  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  62.65 
 
 
544 aa  327  3e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0609714  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1867  pseudouridine synthase  62.25 
 
 
527 aa  327  4e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.919575  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2182  pseudouridine synthase  57.99 
 
 
604 aa  326  8e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2001  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  58.4 
 
 
686 aa  315  1e-84  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.850732  normal  0.19762 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1689  pseudouridine synthase  59.92 
 
 
379 aa  311  2e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0924391  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1855  pseudouridine synthase, Rsu  59.04 
 
 
315 aa  309  9e-83  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2455  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  60.08 
 
 
340 aa  306  9e-82  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.155456  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1872  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  58.24 
 
 
383 aa  306  9e-82  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1258  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  53.65 
 
 
296 aa  290  6e-77  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.919604  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1691  pseudouridine synthase  55.97 
 
 
288 aa  277  3e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.58425  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2907  pseudouridine synthase  55.97 
 
 
287 aa  277  3e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.191084  normal  0.0790045 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1041  pseudouridine synthase, Rsu  54.92 
 
 
268 aa  276  5e-73  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0593866  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3519  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  53.75 
 
 
355 aa  276  6e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1901  23S rRNA pseudouridylate synthase B  50.33 
 
 
290 aa  275  1e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  3.16134e-07 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1467  23S rRNA pseudouridylate synthase B  50.33 
 
 
290 aa  275  1e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2246  pseudouridine synthase  56.79 
 
 
293 aa  275  2e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041999 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1648  pseudouridine synthase  55.47 
 
 
290 aa  275  2e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000180778  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1493  23S rRNA pseudouridylate synthase B  50.33 
 
 
290 aa  275  2e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1470  RNA-binding S4 domain protein  55.51 
 
 
292 aa  275  2e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.177762  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  55.51 
 
 
292 aa  275  2e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1378  23S rRNA pseudouridylate synthase B  50.51 
 
 
291 aa  274  3e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1427  23S rRNA pseudouridylate synthase B  50.84 
 
 
291 aa  274  3e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.535105  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1864  23S rRNA pseudouridylate synthase B  50.51 
 
 
291 aa  274  3e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  6.61811e-13 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2359  23S rRNA pseudouridylate synthase B  50.51 
 
 
291 aa  274  3e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.666226  hitchhiker  4.02657e-07 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1609  23S rRNA pseudouridylate synthase B  50.84 
 
 
291 aa  274  3e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  3.05854e-06 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1851  23S rRNA pseudouridylate synthase B  50.84 
 
 
291 aa  274  3e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.269412 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1909  23S rRNA pseudouridylate synthase B  50.84 
 
 
291 aa  274  3e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  5.21291e-13 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1846  23S rRNA pseudouridylate synthase B  50.84 
 
 
291 aa  274  3e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539759  hitchhiker  3.24002e-05 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01245  23S rRNA pseudouridylate synthase  50.51 
 
 
291 aa  274  3e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2380  pseudouridine synthase  50.51 
 
 
291 aa  274  3e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.227728  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01255  hypothetical protein  50.51 
 
 
291 aa  274  3e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1957  RNA-binding S4 domain-containing protein  51.69 
 
 
345 aa  274  4e-72  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2398  pseudouridine synthase  56.61 
 
 
291 aa  270  6e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0731299  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2124  pseudouridine synthase, Rsu  56.38 
 
 
295 aa  270  8e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.380507  normal  0.682206 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2796  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.61 
 
 
291 aa  269  8e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.479983  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2717  pseudouridine synthase  56.61 
 
 
291 aa  269  8e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.374808  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2696  pseudouridine synthase  56.61 
 
 
291 aa  269  1e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.764496  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1669  RNA-binding S4 domain protein  56.61 
 
 
291 aa  269  1e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00289659  hitchhiker  0.000456402 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2436  pseudouridine synthase, Rsu  55.06 
 
 
290 aa  268  2e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1841  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  54.96 
 
 
385 aa  268  3e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1929  23S rRNA pseudouridylate synthase B  54.02 
 
 
289 aa  267  3e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2169  23S rRNA pseudouridylate synthase B  52.79 
 
 
301 aa  267  3e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.310222  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1437  pseudouridine synthase, Rsu  55.47 
 
 
290 aa  267  4e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.204063  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1951  hypothetical protein  53.91 
 
 
386 aa  267  4e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0106658  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23110  hypothetical protein  53.5 
 
 
386 aa  267  5e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000760883 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2010  23S rRNA pseudouridylate synthase B  54.76 
 
 
294 aa  265  2e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.606088  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1815  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  53.09 
 
 
408 aa  265  2e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0743  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  53.91 
 
 
325 aa  265  2e-69  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.405122  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1525  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  56.61 
 
 
291 aa  265  2e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00489615 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2662  23S rRNA pseudouridylate synthase B  54.37 
 
 
299 aa  265  2e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.783064  hitchhiker  5.12691e-07 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1467  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  56.2 
 
 
291 aa  265  2e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.807732  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1533  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  56.2 
 
 
291 aa  265  2e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000439021  normal  0.0168974 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2824  pseudouridine synthase, Rsu  51 
 
 
289 aa  264  3e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.564406  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3581  pseudouridine synthase, Rsu  53.09 
 
 
409 aa  264  3e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0608  pseudouridine synthase, Rsu  49.63 
 
 
310 aa  264  4e-69  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.543804  normal  0.283386 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2201  23S rRNA pseudouridylate synthase B  54.37 
 
 
291 aa  263  4e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  3.12166e-05 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2311  23S rRNA pseudouridylate synthase B  54.37 
 
 
294 aa  263  5e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.909741  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3394  RNA-binding S4 domain-containing protein  53.53 
 
 
300 aa  263  7e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  4.68714e-08  normal  0.359184 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1492  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  54.13 
 
 
405 aa  263  8e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0450106  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0646  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  49.82 
 
 
315 aa  263  8e-69  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.945317  normal  0.276422 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1063  pseudouridine synthase  49.6 
 
 
293 aa  263  9e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1928  23S rRNA pseudouridylate synthase B  52.8 
 
 
318 aa  261  3e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.521525  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2039  23S rRNA pseudouridylate synthase B  52.8 
 
 
344 aa  260  4e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3785  RNA-binding S4 domain-containing protein  52.67 
 
 
354 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  4.22758e-06 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4002  RNA-binding S4 domain-containing protein  52.67 
 
 
355 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  decreased coverage  6.993e-07 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1162  RNA-binding S4 domain-containing protein  52.7 
 
 
328 aa  258  2e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1416  RNA-binding S4 domain-containing protein  52.67 
 
 
355 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.504489  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2309  23S rRNA pseudouridylate synthase B  52.4 
 
 
344 aa  258  2e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0581  pseudouridine synthase  53.82 
 
 
278 aa  257  4e-67  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.826332  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>