More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_1173 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_1173  DNA polymerase III subunit epsilon  100 
 
 		 244 aa  496  1e-139  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0119092  normal  0.138843 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1161  DNA polymerase III subunit epsilon  98.77 
 
 		 244 aa  490  9.999999999999999e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.383588  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4426  DNA polymerase III subunit epsilon  92.62 
 
 		 244 aa  440  1e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000436585  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1255  DNA polymerase III subunit epsilon  92.62 
 
 		 244 aa  442  1e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0108719  normal  0.264434 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0803  DNA polymerase III subunit epsilon  92.62 
 
 		 244 aa  436  1e-121  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1284  DNA polymerase III subunit epsilon  92.62 
 
 		 244 aa  436  1e-121  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000499827  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2036  DNA polymerase III subunit epsilon  88.89 
 
 		 244 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2791  DNA polymerase III subunit epsilon  80.91 
 
 		 241 aa  401  1e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0063034  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1272  DNA polymerase III subunit epsilon  82.63 
 
 		 253 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.337432  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1495  DNA polymerase III subunit epsilon  82.63 
 
 		 253 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0762  DNA polymerase III subunit epsilon  82.63 
 
 		 240 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.869408  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1599  DNA polymerase III subunit epsilon  82.63 
 
 		 253 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0555  DNA polymerase III subunit epsilon  82.63 
 
 		 240 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0597  DNA polymerase III subunit epsilon  82.63 
 
 		 253 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.126045  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1465  DNA polymerase III subunit epsilon  82.63 
 
 		 253 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0867  DNA polymerase III subunit epsilon  78.19 
 
 		 249 aa  387  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20144  normal  0.642442 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2874  DNA polymerase III subunit epsilon  78.54 
 
 		 244 aa  380  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0167654  normal  0.331291 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1250  DNA polymerase III subunit epsilon  78.54 
 
 		 244 aa  380  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687426  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2190  DNA polymerase III subunit epsilon  71.13 
 
 		 240 aa  344  8.999999999999999e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2209  DNA polymerase III subunit epsilon  68.88 
 
 		 241 aa  343  1e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000456486  normal  0.23975 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1751  DNA polymerase III subunit epsilon  70.26 
 
 		 242 aa  329  2e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2073  DNA polymerase III subunit epsilon  67.21 
 
 		 242 aa  327  2.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.466344  normal  0.632153 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1872  DNA polymerase III subunit epsilon  69.49 
 
 		 242 aa  325  4.0000000000000003e-88  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000816139  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2138  DNA polymerase III, epsilon subunit  61.44 
 
 		 237 aa  301  6.000000000000001e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00985286 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1644  DNA polymerase III, epsilon subunit  61.44 
 
 		 237 aa  300  2e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.264964  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0839  DNA polymerase III, epsilon subunit  60.76 
 
 		 236 aa  291  6e-78  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1027  DNA polymerase III, epsilon subunit  63.09 
 
 		 236 aa  290  2e-77  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.134047  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2449  DNA polymerase III, epsilon subunit  60.34 
 
 		 243 aa  290  2e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.365574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2183  DNA polymerase III, epsilon subunit  59.49 
 
 		 233 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.536096  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3993  DNA polymerase III, epsilon subunit  59.91 
 
 		 238 aa  282  3.0000000000000004e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0718563  normal  0.0295208 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1592  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  56.33 
 
 		 238 aa  282  4.0000000000000003e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2256  DNA polymerase III, epsilon subunit  59.15 
 
 		 234 aa  278  5e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.313606 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2148  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.6 
 
 		 235 aa  277  1e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.356082  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2184  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.46 
 
 		 234 aa  272  4.0000000000000004e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0859486  normal  0.351489 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2288  DNA polymerase III, epsilon subunit  59.48 
 
 		 239 aa  270  2e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.521561  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1618  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.47 
 
 		 234 aa  267  1e-70  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.910547  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2284  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.36 
 
 		 240 aa  265  5.999999999999999e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1478  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.26 
 
 		 231 aa  261  6e-69  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0948171  normal  0.333081 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00208  DNA polymerase III subunit epsilon  54.62 
 
 		 243 aa  261  8.999999999999999e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00213  hypothetical protein  54.62 
 
 		 243 aa  261  8.999999999999999e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3450  DNA polymerase III subunit epsilon  54.62 
 
 		 246 aa  261  8.999999999999999e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.258177  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0211  DNA polymerase III subunit epsilon  54.2 
 
 		 243 aa  260  1e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0221  DNA polymerase III subunit epsilon  54.2 
 
 		 243 aa  260  1e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.777271  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0218  DNA polymerase III subunit epsilon  54.2 
 
 		 243 aa  260  1e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00177967  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0229  DNA polymerase III subunit epsilon  54.2 
 
 		 246 aa  259  2e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0164844  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3393  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.78 
 
 		 246 aa  259  3e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.882986  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0227  DNA polymerase III subunit epsilon  54.2 
 
 		 243 aa  258  4e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.302916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0302  DNA polymerase III subunit epsilon  54.2 
 
 		 246 aa  258  4e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2682  DNA polymerase III subunit epsilon  51 
 
 		 254 aa  259  4e-68  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0295591 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1055  DNA polymerase III subunit epsilon  51 
 
 		 254 aa  259  4e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.328501  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1109  DNA polymerase III subunit epsilon  51 
 
 		 254 aa  259  4e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0289  DNA polymerase III subunit epsilon  54.2 
 
 		 246 aa  258  4e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0228111  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0308  DNA polymerase III subunit epsilon  54.2 
 
 		 246 aa  258  4e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00921374  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0287  DNA polymerase III subunit epsilon  54.2 
 
 		 246 aa  258  4e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.998111 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2379  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.03 
 
 		 237 aa  258  5.0000000000000005e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0294  DNA polymerase III subunit epsilon  54.2 
 
 		 246 aa  258  7e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0831172  normal  0.605393 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02388  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.1 
 
 		 239 aa  258  9e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0184363  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1041  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.17 
 
 		 241 aa  255  4e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1705  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.91 
 
 		 237 aa  255  5e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193811  normal  0.445635 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0495  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.25 
 
 		 239 aa  251  6e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000290412  normal  0.693329 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2364  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.14 
 
 		 235 aa  248  5e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109784  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1941  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.82 
 
 		 253 aa  248  8e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1825  DNA polymerase III subunit epsilon  52.72 
 
 		 247 aa  247  1e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1010  DNA polymerase III subunit epsilon  52.72 
 
 		 244 aa  247  1e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.296834  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3135  DNA polymerase III subunit epsilon  52.72 
 
 		 245 aa  247  1e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.530396  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2021  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.3 
 
 		 238 aa  246  3e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0912  DNA polymerase III subunit epsilon  49.38 
 
 		 246 aa  245  4.9999999999999997e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1533  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.49 
 
 		 236 aa  243  9.999999999999999e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.159798  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3480  DNA polymerase III subunit epsilon  51.85 
 
 		 246 aa  243  9.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2814  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.36 
 
 		 243 aa  243  1.9999999999999999e-63  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0930  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.9 
 
 		 231 aa  243  1.9999999999999999e-63  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1144  DNA polymerase III subunit epsilon  52.3 
 
 		 245 aa  242  3e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41050  DNA polymerase III subunit epsilon  51.03 
 
 		 246 aa  241  5e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0749  DNA polymerase III subunit epsilon  51.25 
 
 		 245 aa  241  5e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.153552  normal  0.249034 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1662  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.03 
 
 		 232 aa  241  6e-63  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.862026 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2838  DNA polymerase III subunit epsilon  50.21 
 
 		 244 aa  241  7e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3711  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.39 
 
 		 257 aa  238  5e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.295506  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0501  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.88 
 
 		 238 aa  238  6.999999999999999e-62  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.872409  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0262  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.01 
 
 		 243 aa  238  8e-62  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2187  DNA polymerase III subunit epsilon  49.39 
 
 		 252 aa  238  9e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.800091 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1339  hypothetical protein  48.51 
 
 		 233 aa  235  4e-61  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1335  hypothetical protein  48.51 
 
 		 233 aa  236  4e-61  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1991  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.85 
 
 		 243 aa  235  6e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.886511  normal  0.0774886 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2402  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.26 
 
 		 242 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000797972  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002773  DNA polymerase III epsilon subunit  50.42 
 
 		 240 aa  233  2.0000000000000002e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2067  DNA polymerase III subunit epsilon  51.24 
 
 		 252 aa  231  1e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0186052  normal  0.0845595 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1764  DNA polymerase III subunit epsilon  48.16 
 
 		 259 aa  231  1e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.743789  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0720  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.22 
 
 		 267 aa  230  2e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.387284  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03210  DNA polymerase III subunit epsilon  50.86 
 
 		 238 aa  230  2e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0473  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.61 
 
 		 240 aa  230  2e-59  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.191106  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29590  DNA polymerase III subunit epsilon  47.92 
 
 		 244 aa  228  1e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.340517  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0603  DNA polymerase III subunit epsilon  48.56 
 
 		 252 aa  227  1e-58  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2398  DNA polymerase III subunit epsilon  49.37 
 
 		 243 aa  226  2e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2018  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.32 
 
 		 242 aa  226  2e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.250351  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2365  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.16 
 
 		 242 aa  225  5.0000000000000005e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000172168  hitchhiker  0.00918938 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3713  DNA polymerase III subunit epsilon  48.56 
 
 		 252 aa  224  8e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.687255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0956  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.08 
 
 		 235 aa  224  9e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2607  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.74 
 
 		 242 aa  224  1e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000048711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1724  DNA polymerase III subunit epsilon  49.38 
 
 		 252 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4141  DNA polymerase III subunit epsilon  48.97 
 
 		 252 aa  222  4e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.962875  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>