More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_0950 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010551  BamMC406_0950  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 
225 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0946  16S rRNA-processing protein RimM  99.56 
 
 
237 aa  444  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.501365  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1070  16S rRNA-processing protein RimM  91.11 
 
 
225 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0584634  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1029  16S rRNA-processing protein RimM  90.67 
 
 
225 aa  413  1e-114  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0591  16S rRNA-processing protein RimM  90.67 
 
 
225 aa  412  1e-114  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4184  16S rRNA-processing protein RimM  89.78 
 
 
225 aa  409  1e-113  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.42162  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2233  16S rRNA-processing protein RimM  85.78 
 
 
223 aa  380  1e-104  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.347388  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1662  16S rRNA-processing protein RimM  75.11 
 
 
229 aa  333  9e-91  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2918  16S rRNA-processing protein RimM  73.36 
 
 
229 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2544  16S rRNA-processing protein RimM  73.36 
 
 
229 aa  305  3e-82  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0828457  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0229  16S rRNA-processing protein RimM  73.36 
 
 
229 aa  305  3e-82  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0918  16S rRNA-processing protein RimM  73.36 
 
 
230 aa  305  3e-82  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2858  16S rRNA-processing protein RimM  72.93 
 
 
229 aa  305  4.0000000000000004e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.765459  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2967  16S rRNA-processing protein RimM  72.93 
 
 
229 aa  304  6e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0770  16S rRNA-processing protein RimM  63.52 
 
 
231 aa  300  2e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.149382  normal  0.116186 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2976  16S rRNA-processing protein RimM  65.45 
 
 
248 aa  292  3e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.470421  normal  0.0518366 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1007  16S rRNA-processing protein RimM  65.91 
 
 
244 aa  290  2e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.571719 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0402  16S rRNA-processing protein RimM  72.86 
 
 
211 aa  278  6e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0749  16S rRNA-processing protein RimM  50.68 
 
 
220 aa  183  1.0000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2539  16S rRNA-processing protein RimM  46.85 
 
 
221 aa  178  7e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1691  16S rRNA-processing protein RimM  44.71 
 
 
213 aa  175  5e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0876  16S rRNA-processing protein RimM  54.05 
 
 
184 aa  172  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.298701  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1462  16S rRNA-processing protein RimM  46.56 
 
 
202 aa  171  1e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0805  16S rRNA-processing protein RimM  53.51 
 
 
184 aa  169  2e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0934  16S rRNA-processing protein RimM  53.51 
 
 
184 aa  165  4e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0565923 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1403  16S rRNA-processing protein RimM  47.4 
 
 
187 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1885  16S rRNA-processing protein RimM  48.66 
 
 
191 aa  162  4.0000000000000004e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0110154  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0682  16S rRNA-processing protein RimM  43.98 
 
 
194 aa  162  5.0000000000000005e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3354  16S rRNA-processing protein RimM  46.12 
 
 
209 aa  159  3e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.305815 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2702  16S rRNA-processing protein RimM  48.92 
 
 
190 aa  158  5e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.294971  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1474  16S rRNA-processing protein RimM  45.26 
 
 
184 aa  151  8.999999999999999e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1105  16S rRNA-processing protein RimM  43.39 
 
 
193 aa  150  2e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5344  16S rRNA-processing protein RimM  43.24 
 
 
189 aa  147  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3940  16S rRNA-processing protein RimM  42.02 
 
 
192 aa  132  5e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.519471 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  37.29 
 
 
176 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  35.03 
 
 
175 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15980  16S rRNA-processing protein RimM  35.03 
 
 
175 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00452583  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0890  16S rRNA-processing protein RimM  36.57 
 
 
176 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000503781  normal  0.334216 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0393  16S rRNA processing protein RimM  38.2 
 
 
172 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1284  16S rRNA processing protein RimM  35.83 
 
 
184 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.270543  normal  0.304592 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0570  16S rRNA-processing protein RimM  36.52 
 
 
168 aa  112  4.0000000000000004e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.115494  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0201  16S rRNA processing protein RimM  32.77 
 
 
176 aa  111  8.000000000000001e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000521632  normal  0.064349 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  37.1 
 
 
189 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3769  16S rRNA processing protein RimM  31.28 
 
 
181 aa  109  3e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.000000183564  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0518  16S rRNA processing protein RimM  35.79 
 
 
188 aa  109  4.0000000000000004e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.541026  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1255  16S rRNA-processing protein RimM  34.29 
 
 
176 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000416795  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1288  16S rRNA-processing protein RimM  34.29 
 
 
176 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000110365  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1211  16S rRNA-processing protein RimM  34.29 
 
 
176 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000458928  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3102  16S rRNA-processing protein RimM  34.29 
 
 
176 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000126118  normal  0.166795 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3065  16S rRNA processing protein RimM  37.08 
 
 
170 aa  107  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000508882  hitchhiker  0.000000546045 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1255  16S rRNA-processing protein RimM  34.46 
 
 
176 aa  107  2e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000136012  hitchhiker  0.0000512506 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2018  16S rRNA processing protein RimM  32.76 
 
 
177 aa  106  3e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0112237  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2333  16S rRNA processing protein RimM  33.9 
 
 
164 aa  105  5e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000377156  normal  0.0588442 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1169  16S rRNA-processing protein RimM  33.14 
 
 
176 aa  105  5e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000549178  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2321  16S rRNA processing protein RimM  32.18 
 
 
177 aa  105  6e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3016  16S rRNA-processing protein RimM  31.82 
 
 
176 aa  105  6e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000828768  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1160  16S rRNA-processing protein RimM  33.9 
 
 
176 aa  104  9e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000339506  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2837  16S rRNA-processing protein RimM  32 
 
 
176 aa  104  1e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000499984  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2919  16S rRNA-processing protein RimM  32 
 
 
176 aa  104  1e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000363709  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  32.43 
 
 
178 aa  103  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.80773 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4068  16S rRNA-processing protein RimM  35.06 
 
 
176 aa  103  3e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.199941  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1358  16S rRNA-processing protein RimM  31.43 
 
 
177 aa  102  4e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1064  16S rRNA-processing protein RimM  32.77 
 
 
176 aa  102  4e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000154206  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3227  16S rRNA-processing protein RimM  31.28 
 
 
182 aa  102  5e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.155768  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2782  16S rRNA processing protein RimM  37.43 
 
 
172 aa  100  1e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1578  16S rRNA-processing protein RimM  30.51 
 
 
176 aa  101  1e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.637772  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  32.2 
 
 
178 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39550  16S rRNA-processing protein RimM  34.59 
 
 
178 aa  99.8  3e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.383367  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0096  16S rRNA-processing protein RimM  32.02 
 
 
184 aa  99.4  4e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000752452  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2854  16S rRNA processing protein RimM  38.51 
 
 
171 aa  99.4  4e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.77473  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
182 aa  99.4  4e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1068  16S rRNA-processing protein RimM  31.64 
 
 
178 aa  99  5e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.185683  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2475  16S rRNA processing protein RimM  38.37 
 
 
160 aa  99  5e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  31.64 
 
 
178 aa  99  6e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4156  16S rRNA-processing protein RimM  32.2 
 
 
178 aa  99  6e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12723  normal  0.417935 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3363  16S rRNA-processing protein RimM  30.17 
 
 
182 aa  97.8  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312668  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2279  16S rRNA-processing protein RimM  32.37 
 
 
175 aa  97.4  1e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0459452  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002537  16S rRNA processing protein RimM  29.95 
 
 
182 aa  97.8  1e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00116484  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0881  16S rRNA-processing protein RimM  30.17 
 
 
182 aa  97.8  1e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.239463  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03479  16S rRNA-processing protein RimM  30.85 
 
 
182 aa  97.1  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0853  16S rRNA-processing protein RimM  31.28 
 
 
182 aa  97.4  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000199239  hitchhiker  0.0000659128 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02497  16S rRNA-processing protein  28.49 
 
 
182 aa  95.9  5e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0146885  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1066  16S rRNA processing protein RimM  28.49 
 
 
182 aa  95.9  5e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000147404  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2760  16S rRNA-processing protein RimM  28.49 
 
 
183 aa  95.9  5e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0552999  normal  0.0361654 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2997  16S rRNA-processing protein RimM  28.49 
 
 
182 aa  95.9  5e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00151494  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02461  hypothetical protein  28.49 
 
 
182 aa  95.9  5e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00779193  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1075  16S rRNA-processing protein RimM  28.49 
 
 
182 aa  95.9  5e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.024634  normal  0.0162863 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2892  16S rRNA-processing protein RimM  28.49 
 
 
182 aa  95.9  5e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000259397  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3847  16S rRNA-processing protein RimM  28.49 
 
 
183 aa  95.9  5e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00015023  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2767  16S rRNA-processing protein RimM  28.49 
 
 
182 aa  95.9  5e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000144425  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0885  16S rRNA processing protein RimM  34.64 
 
 
170 aa  94.7  9e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.230501  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2870  16S rRNA-processing protein RimM  30.17 
 
 
183 aa  94.4  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.71493  normal  0.0226168 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3003  16S rRNA-processing protein RimM  30.17 
 
 
183 aa  94.4  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.24752  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2889  16S rRNA-processing protein RimM  30.17 
 
 
183 aa  94.4  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0200188  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0551  16S rRNA-processing protein RimM  29.78 
 
 
168 aa  94.4  1e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  2.44188e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2820  16S rRNA-processing protein RimM  30.17 
 
 
183 aa  94.4  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0156642  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2891  16S rRNA-processing protein RimM  30.17 
 
 
183 aa  94.4  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.217231  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1283  16S rRNA-processing protein RimM  32.98 
 
 
179 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.896512  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1020  16S rRNA-processing protein RimM  31.07 
 
 
178 aa  94  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.104306  normal  0.553883 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2753  16S rRNA-processing protein RimM  32 
 
 
176 aa  93.2  3e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000227208  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>