221 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_0623 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008060  Bcen_0224  putative RNA methylase  96.06 
 
 
434 aa  815  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.219183  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0623  putative RNA methylase  100 
 
 
432 aa  873  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.244531  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2374  THUMP domain-containing protein  86.31 
 
 
430 aa  741  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1265  THUMP domain-containing protein  86.54 
 
 
430 aa  737  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0696  putative RNA methylase  77.93 
 
 
433 aa  658  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.273634  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3387  N6-adenine-specific DNA methylase  86.31 
 
 
430 aa  741  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3795  putative RNA methylase  96.07 
 
 
433 aa  818  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.405369  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2557  THUMP domain-containing protein  86.31 
 
 
430 aa  741  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3378  THUMP domain-containing protein  86.31 
 
 
430 aa  741  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.270297  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3344  THUMP domain-containing protein  86.31 
 
 
430 aa  740  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.615958  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2537  putative RNA methylase  79.62 
 
 
425 aa  667  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0598  putative RNA methylase  99.31 
 
 
432 aa  868  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.116947  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0708  putative RNA methylase  96.06 
 
 
434 aa  815  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2677  putative RNA methylase  94.91 
 
 
432 aa  814  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0675  putative RNA methylase  96.06 
 
 
434 aa  816  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.936037  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4003  hypothetical protein  79.33 
 
 
430 aa  664  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.656935  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0288  THUMP domain-containing protein  86.31 
 
 
430 aa  741  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1150  THUMP domain-containing protein  86.31 
 
 
430 aa  741  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2967  putative RNA methylase  57.18 
 
 
419 aa  454  1e-126  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2828  putative RNA methylase:THUMP  55.4 
 
 
417 aa  445  1e-124  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.712566  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2739  hypothetical protein  53.42 
 
 
471 aa  431  1e-119  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.895962  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2568  putative RNA methylase  51.65 
 
 
472 aa  426  1e-118  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.509771 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2978  putative RNA methylase  51.87 
 
 
472 aa  422  1e-117  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0237  putative RNA methylase  46.95 
 
 
485 aa  379  1e-104  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.601089  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1032  putative RNA methylase  44.86 
 
 
399 aa  369  1e-101  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.370932  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0259  putative RNA methylase  46.25 
 
 
480 aa  370  1e-101  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0350  putative RNA methylase  47.06 
 
 
440 aa  365  1e-99  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0339  putative RNA methylase  46.82 
 
 
437 aa  363  3e-99  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.179905  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3705  putative RNA methylase  47.16 
 
 
387 aa  362  7e-99  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0683  putative RNA methylase  46.92 
 
 
426 aa  359  5e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0422  putative RNA methylase  46.79 
 
 
441 aa  358  1e-97  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.472219  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4484  putative RNA methylase  44.21 
 
 
468 aa  357  3e-97  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.322135 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0579  putative RNA methylase  46.06 
 
 
430 aa  353  3e-96  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1236  putative RNA methylase  48.09 
 
 
385 aa  352  8e-96  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.286379 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0473  putative RNA methylase  47.28 
 
 
413 aa  350  2e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3711  putative RNA methylase  43.49 
 
 
471 aa  349  4e-95  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.770893  normal  0.0760034 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0779  putative RNA methylase  44.47 
 
 
428 aa  346  5e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0282  putative RNA methylase:THUMP  46.39 
 
 
380 aa  334  2e-90  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.377639  normal  0.859939 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2424  N6-adenine-specific DNA methylase  45.43 
 
 
398 aa  317  2e-85  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4180  putative RNA methylase  42.12 
 
 
440 aa  295  9e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3994  putative RNA methylase  38.78 
 
 
375 aa  251  1e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  2.18402e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3086  hypothetical protein  40.1 
 
 
391 aa  250  3e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2283  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  36.36 
 
 
749 aa  246  6e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.402285  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2822  putative RNA methylase  36.41 
 
 
393 aa  242  7e-63  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0147  N6-adenine-specific DNA methylase-like protein  44.28 
 
 
779 aa  241  2e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0398  putative RNA methylase:THUMP  37.56 
 
 
389 aa  239  5e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0174402  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0477  putative RNA methylase  36.59 
 
 
376 aa  237  4e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0494  putative RNA methylase  36.65 
 
 
376 aa  236  5e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00380676 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2355  putative RNA methylase  37.96 
 
 
393 aa  235  1e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00636349  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2470  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.95 
 
 
711 aa  228  1e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000238626  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2610  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  34.03 
 
 
709 aa  224  3e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  5.68014e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1540  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  34.19 
 
 
713 aa  223  4e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1632  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  34.42 
 
 
709 aa  223  4e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0586736  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1607  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  34.19 
 
 
713 aa  223  6e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00710463  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2685  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  34.19 
 
 
709 aa  222  9e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.379022  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1292  putative RNA methylase  32.93 
 
 
375 aa  222  1e-56  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.963614  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1774  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  34.03 
 
 
709 aa  222  1e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.828749  hitchhiker  0.000200873 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1261  putative RNA methylase  32.93 
 
 
375 aa  222  1e-56  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2661  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  34.34 
 
 
712 aa  221  1e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1601  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.95 
 
 
713 aa  220  3e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0419159  normal  0.867514 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1600  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.73 
 
 
708 aa  221  3e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1851  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.33 
 
 
711 aa  219  8e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2570  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.72 
 
 
709 aa  219  8e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0113028  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0249  putative RNA methylase  32.93 
 
 
374 aa  217  3e-55  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0789594  normal  0.0276638 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08561  putative N6-adenine-specific DNA methylase  33.25 
 
 
381 aa  216  8e-55  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1812  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.33 
 
 
711 aa  215  2e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0884579  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1020  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.52 
 
 
718 aa  212  1e-53  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.164858  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1946  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  34.55 
 
 
711 aa  212  1e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.478167  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2473  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  35.7 
 
 
711 aa  210  4e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00287682 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1739  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.87 
 
 
721 aa  209  7e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.876202  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3279  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.78 
 
 
715 aa  209  1e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0889  putative RNA methylase  33.09 
 
 
375 aa  208  2e-52  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2005  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.45 
 
 
701 aa  207  2e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.391349  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0712  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.97 
 
 
738 aa  207  3e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2090  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  35.15 
 
 
725 aa  207  3e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1743  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  36.12 
 
 
706 aa  207  4e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.171189  hitchhiker  0.000865534 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1263  N6-adenine-specific DNA methylase-like  33.73 
 
 
374 aa  206  9e-52  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0245346  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4012  putative RNA methylase  35.59 
 
 
387 aa  206  9e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.206929  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1680  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  36.73 
 
 
707 aa  205  1e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.719337  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2369  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.84 
 
 
702 aa  205  1e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0183103  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1102  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.84 
 
 
702 aa  205  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.907291  normal  0.597986 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2552  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  35.17 
 
 
706 aa  204  2e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1649  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  37.57 
 
 
705 aa  204  2e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1057  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  34.1 
 
 
702 aa  204  2e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  5.81203e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1063  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  34.1 
 
 
702 aa  204  2e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  3.72198e-11  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00952  predicted methyltransferase  34.1 
 
 
702 aa  204  2e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000729792  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00959  hypothetical protein  34.1 
 
 
702 aa  204  2e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000774517  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2695  putative RNA methylase  34.1 
 
 
702 aa  204  2e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0489936  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1019  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.84 
 
 
702 aa  205  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  1.63679e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2648  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  34.1 
 
 
702 aa  204  2e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0833868  hitchhiker  0.000556962 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2072  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.88 
 
 
713 aa  204  2e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1170  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.84 
 
 
702 aa  205  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.988002  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1136  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.84 
 
 
702 aa  205  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.237115  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02010  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.28 
 
 
699 aa  204  3e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.347097  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1362  hypothetical protein  32.86 
 
 
484 aa  204  3e-51  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2641  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  35.06 
 
 
706 aa  204  3e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1987  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  35.06 
 
 
706 aa  204  3e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2171  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.84 
 
 
702 aa  203  4e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  7.66949e-05  normal  0.466381 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0429  putative RNA methylase  33.01 
 
 
380 aa  203  4e-51  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  decreased coverage  0.000469504  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1123  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.59 
 
 
702 aa  202  7e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.482785  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>