More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_0548 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007510  Bcep18194_A3705  L-arabinose transporter permease protein  98.52 
 
 		 338 aa  661    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.256894  normal  0.416608 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0524  L-arabinose transporter permease protein  99.7 
 
 		 338 aa  669    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.299001  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0548  L-arabinose transporter permease protein  100 
 
 		 338 aa  670    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0287231  normal  0.64831 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0591  L-arabinose transporter permease protein  98.22 
 
 		 338 aa  658    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.257552  normal  0.0412649 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2762  L-arabinose transporter permease protein  97.93 
 
 		 338 aa  631  1e-180  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.84256  normal  0.399817 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0140  L-arabinose transporter permease protein  97.93 
 
 		 338 aa  630  1e-179  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.907828  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0623  L-arabinose transporter permease protein  97.93 
 
 		 338 aa  630  1e-179  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000899793  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2613  L-arabinose transporter permease protein  90.83 
 
 		 338 aa  619  1e-176  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.727228  normal  0.716925 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3409  L-arabinose transporter permease protein  90.83 
 
 		 338 aa  594  1e-169  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0925142  normal  0.0828764 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0548  L-arabinose transporter permease protein  91.12 
 
 		 338 aa  593  1e-168  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0318738  normal  0.477108 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3446  L-arabinose transporter permease protein  89.94 
 
 		 334 aa  574  1.0000000000000001e-163  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2484  L-arabinose transporter permease protein  89.94 
 
 		 334 aa  566  1e-160  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.532923  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3482  L-arabinose transporter permease protein  89.94 
 
 		 334 aa  566  1e-160  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.456756  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0404  L-arabinose transporter permease protein  89.94 
 
 		 334 aa  566  1e-160  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.15645  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1264  L-arabinose transporter permease protein  89.94 
 
 		 334 aa  566  1e-160  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3484  L-arabinose transporter permease protein  89.94 
 
 		 334 aa  566  1e-160  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3301  L-arabinose transporter permease protein  89.94 
 
 		 334 aa  566  1e-160  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1181  L-arabinose transporter permease protein  89.05 
 
 		 334 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2995  L-arabinose transporter permease protein  73.25 
 
 		 335 aa  457  9.999999999999999e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.397713  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2585  L-arabinose transporter permease protein  73.25 
 
 		 335 aa  457  1e-127  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2756  L-arabinose transporter permease protein  72.29 
 
 		 335 aa  450  1e-125  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.394625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3775  L-arabinose transporter permease protein  72.03 
 
 		 315 aa  451  1e-125  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3763  L-arabinose transporter permease protein  64.12 
 
 		 316 aa  368  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.139254  normal  0.990186 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3602  L-arabinose transporter permease protein  64.45 
 
 		 317 aa  360  2e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3475  L-arabinose transporter permease protein  63.12 
 
 		 316 aa  356  2.9999999999999997e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2635  L-arabinose transporter permease protein  57.1 
 
 		 328 aa  337  1.9999999999999998e-91  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.348948  hitchhiker  0.00000000000485021 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1023  L-arabinose transporter permease protein  57.1 
 
 		 328 aa  335  5e-91  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2130  L-arabinose transporter permease protein  57.1 
 
 		 328 aa  335  5e-91  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000455443  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1287  L-arabinose transporter permease protein  57.1 
 
 		 328 aa  335  5e-91  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00785622  hitchhiker  0.000000602764 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01867  fused L-arabinose transporter subunits of ABC superfamily: membrane components  57.1 
 
 		 329 aa  334  1e-90  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1744  Monosaccharide-transporting ATPase  57.1 
 
 		 328 aa  334  1e-90  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.629454  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2373  L-arabinose transporter permease protein  58.62 
 
 		 329 aa  334  1e-90  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00546665  normal  0.130195 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01856  hypothetical protein  57.1 
 
 		 329 aa  334  1e-90  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2247  L-arabinose transporter permease protein  56.58 
 
 		 327 aa  334  1e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000358536 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1736  L-arabinose transporter permease protein  57.1 
 
 		 328 aa  334  1e-90  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.612736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1995  L-arabinose transporter permease protein  57.1 
 
 		 328 aa  334  1e-90  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00340389  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1997  L-arabinose transporter permease protein  56.77 
 
 		 349 aa  333  4e-90  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.254059  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1883  L-arabinose transporter permease protein  56.77 
 
 		 349 aa  333  4e-90  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2263  L-arabinose transporter permease protein  56.44 
 
 		 349 aa  332  5e-90  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2640  L-arabinose ABC transporter, permease protein  57.59 
 
 		 329 aa  330  2e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0418311  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2031  L-arabinose transporter permease protein  55.63 
 
 		 328 aa  329  3e-89  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.192716  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2474  L-arabinose transporter permease protein  57.1 
 
 		 326 aa  330  3e-89  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.552924  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1910  L-arabinose transporter permease protein  54.01 
 
 		 328 aa  328  9e-89  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2331  L-arabinose transporter permease protein  56.58 
 
 		 328 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.266483  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3208  L-arabinose transporter permease protein  52.62 
 
 		 339 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0500809 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4139  L-arabinose transporter permease protein  53.44 
 
 		 322 aa  324  1e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.494868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4919  L-arabinose transporter permease protein  51.38 
 
 		 339 aa  322  5e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.259607  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5474  L-arabinose transporter permease protein  51.38 
 
 		 335 aa  322  5e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0452809 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5220  L-arabinose transporter permease protein  51.99 
 
 		 341 aa  322  6e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5639  L-arabinose transporter permease protein  51.99 
 
 		 341 aa  322  6e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.356357  normal  0.0453459 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2147  L-arabinose transporter permease protein  56.86 
 
 		 328 aa  322  7e-87  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4590  L-arabinose transporter permease protein  51.99 
 
 		 337 aa  322  8e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00280966 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3962  L-arabinose transporter permease protein  48.16 
 
 		 334 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4219  L-arabinose transporter permease protein  50.33 
 
 		 338 aa  310  2e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.645331 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0047  L-arabinose transporter permease protein  52.31 
 
 		 339 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.149615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1626  L-arabinose transporter permease protein  49.54 
 
 		 339 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1021  L-arabinose transporter permease protein  51.88 
 
 		 333 aa  297  1e-79  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2600  L-arabinose transporter permease protein  47.15 
 
 		 336 aa  288  1e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.860073  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3010  L-arabinose transporter permease protein  47.15 
 
 		 336 aa  280  3e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3539  inner-membrane translocator  42.14 
 
 		 315 aa  213  2.9999999999999995e-54  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00149019  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2278  inner-membrane translocator  39.15 
 
 		 309 aa  211  1e-53  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.568654  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1759  ribose ABC transporter permease  36.1 
 
 		 330 aa  210  3e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.32812  hitchhiker  0.000062023 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1509  ribose ABC transporter, permease protein  36.1 
 
 		 330 aa  210  3e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.424015  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1613  monosaccharide-transporting ATPase  36.1 
 
 		 330 aa  210  3e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22690  Monosaccharide-transporting ATPase  40.85 
 
 		 322 aa  210  3e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00548912  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1793  monosaccharide-transporting ATPase  37.25 
 
 		 306 aa  209  6e-53  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.115366  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1881  ribose ABC transporter, permease protein  37.22 
 
 		 311 aa  204  2e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0277317  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3329  inner-membrane translocator  38.78 
 
 		 314 aa  203  3e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1370  ribose ABC transporter permease protein  33.95 
 
 		 323 aa  201  9.999999999999999e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.512196  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1987  monosaccharide-transporting ATPase  35.5 
 
 		 312 aa  201  1.9999999999999998e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.589517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0342  ribose ABC transporter permease protein  33.97 
 
 		 324 aa  200  3e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3417  inner-membrane translocator  40.56 
 
 		 316 aa  199  5e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3165  Monosaccharide-transporting ATPase  39.41 
 
 		 310 aa  198  1.0000000000000001e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4607  Monosaccharide-transporting ATPase  36.45 
 
 		 348 aa  197  2.0000000000000003e-49  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0922  monosaccharide-transporting ATPase  38.41 
 
 		 309 aa  194  2e-48  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000340  ribose ABC transport system permease protein RbsC  35.51 
 
 		 327 aa  194  2e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0009  ribose ABC transporter permease protein  36.88 
 
 		 322 aa  193  4e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06144  ribose ABC transporter permease protein  35.2 
 
 		 327 aa  192  6e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3449  inner-membrane translocator  35.31 
 
 		 314 aa  192  6e-48  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0563  monosaccharide-transporting ATPase  39.64 
 
 		 311 aa  192  7e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000352632  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0582  monosaccharide-transporting ATPase  39.64 
 
 		 311 aa  191  2e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5198  Monosaccharide-transporting ATPase  36.1 
 
 		 333 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3108  monosaccharide-transporting ATPase  38.54 
 
 		 313 aa  190  4e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0985733  hitchhiker  0.000124889 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0579  ribose ABC transporter, permease  39.64 
 
 		 311 aa  189  5e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0797  ribose ABC transporter, permease protein  39.29 
 
 		 311 aa  189  5e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000530424  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0516  ribose ABC transporter permease protein  36.42 
 
 		 324 aa  189  5e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1397  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  35.58 
 
 		 333 aa  189  5e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163625  normal  0.0606309 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2121  Monosaccharide-transporting ATPase  33.53 
 
 		 350 aa  189  5.999999999999999e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.83989 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0700  ribose ABC transporter, permease protein  39.29 
 
 		 311 aa  189  7e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0973921  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0736  ribose ABC transporter, permease protein  39.29 
 
 		 311 aa  189  7e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0578  ribose ABC transporter, permease  39.29 
 
 		 311 aa  189  7e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0535816  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1579  sugar ABC transporter permease  34.43 
 
 		 318 aa  189  7e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.827046  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4638  ribose ABC transporter, permease protein  39.29 
 
 		 311 aa  189  7e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0801722  unclonable  4.6789e-26 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01060  monosaccharide ABC transporter membrane protein  37.63 
 
 		 336 aa  189  8e-47  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0614  inner-membrane translocator  34.71 
 
 		 331 aa  188  9e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2804  inner-membrane translocator  35.09 
 
 		 324 aa  188  1e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.500539  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0725  ribose ABC transporter, permease protein  38.93 
 
 		 311 aa  187  2e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.35469e-35 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0635  ribose ABC transporter permease  38.57 
 
 		 311 aa  186  5e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0668  ribose ABC transporter permease  38.57 
 
 		 311 aa  186  5e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0290  monosaccharide-transporting ATPase  34.78 
 
 		 331 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>