More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_0110 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_006348  BMA2962  uroporphyrinogen decarboxylase  90.84 
 
 
405 aa  684    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4036  uroporphyrinogen decarboxylase  91.99 
 
 
364 aa  682    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.617261  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0126  uroporphyrinogen decarboxylase  97.6 
 
 
375 aa  745    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0170  uroporphyrinogen decarboxylase  91.11 
 
 
405 aa  685    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3292  uroporphyrinogen decarboxylase  97.6 
 
 
392 aa  744    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.136246  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3890  uroporphyrinogen decarboxylase  84.81 
 
 
366 aa  637    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3304  uroporphyrinogen decarboxylase  92.24 
 
 
364 aa  680    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.787747  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3963  uroporphyrinogen decarboxylase  92.27 
 
 
364 aa  682    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0044  uroporphyrinogen decarboxylase  86.74 
 
 
366 aa  650    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.629756  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0112  uroporphyrinogen decarboxylase  94.92 
 
 
392 aa  724    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.226113  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2944  uroporphyrinogen decarboxylase  98.13 
 
 
392 aa  751    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0032555  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0101  uroporphyrinogen decarboxylase  99.73 
 
 
392 aa  761    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0111  uroporphyrinogen decarboxylase  98.13 
 
 
392 aa  751    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0979299  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1580  uroporphyrinogen decarboxylase  91.99 
 
 
364 aa  680    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0110  uroporphyrinogen decarboxylase  100 
 
 
375 aa  762    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.760433  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3023  uroporphyrinogen decarboxylase  87.53 
 
 
378 aa  669    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3022  uroporphyrinogen decarboxylase  91.99 
 
 
364 aa  680    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3349  uroporphyrinogen decarboxylase  91.99 
 
 
364 aa  680    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3491  uroporphyrinogen decarboxylase  78.33 
 
 
367 aa  580  1e-164  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000153179  normal  0.770244 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3342  uroporphyrinogen decarboxylase  78.71 
 
 
363 aa  572  1.0000000000000001e-162  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3174  uroporphyrinogen decarboxylase  76.75 
 
 
367 aa  551  1e-156  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.336159  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3303  uroporphyrinogen decarboxylase  76.19 
 
 
364 aa  545  1e-154  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0163615  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3498  uroporphyrinogen decarboxylase  75.91 
 
 
367 aa  544  1e-153  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.362674 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3524  uroporphyrinogen decarboxylase  73.94 
 
 
356 aa  525  1e-148  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00974086 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0134  uroporphyrinogen decarboxylase  72.58 
 
 
372 aa  518  1e-146  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.106114  normal  0.310056 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4080  uroporphyrinogen decarboxylase  70.39 
 
 
356 aa  513  1e-144  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0821  uroporphyrinogen decarboxylase  68.98 
 
 
369 aa  508  1e-143  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00198157  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2779  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  68.16 
 
 
356 aa  498  1e-140  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.313146 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3861  uroporphyrinogen decarboxylase  68.48 
 
 
370 aa  495  1e-139  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.619697 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4264  uroporphyrinogen decarboxylase  68.31 
 
 
369 aa  494  9.999999999999999e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773676  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3134  uroporphyrinogen decarboxylase  67.93 
 
 
370 aa  490  1e-137  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0705  uroporphyrinogen decarboxylase  66.67 
 
 
365 aa  488  1e-137  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0566  uroporphyrinogen decarboxylase  69.02 
 
 
370 aa  491  1e-137  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4469  uroporphyrinogen decarboxylase  68.82 
 
 
379 aa  490  1e-137  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.450699  normal  0.0158572 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0032  uroporphyrinogen decarboxylase  67.52 
 
 
355 aa  487  1e-136  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.590696  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0727  uroporphyrinogen decarboxylase  66.58 
 
 
370 aa  476  1e-133  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2666  uroporphyrinogen decarboxylase  65.82 
 
 
354 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000212078  normal  0.51797 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0010  uroporphyrinogen decarboxylase  66.39 
 
 
370 aa  468  1.0000000000000001e-131  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.717373  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0363  uroporphyrinogen decarboxylase  65.03 
 
 
369 aa  470  1.0000000000000001e-131  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.178148  normal  0.394936 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0028  uroporphyrinogen decarboxylase  61.85 
 
 
369 aa  463  1e-129  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0392  uroporphyrinogen decarboxylase  62.39 
 
 
354 aa  455  1e-127  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5074  uroporphyrinogen decarboxylase  62.11 
 
 
354 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5124  uroporphyrinogen decarboxylase  62.11 
 
 
354 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4947  uroporphyrinogen decarboxylase  62.11 
 
 
354 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.136579  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3020  uroporphyrinogen decarboxylase  64.79 
 
 
351 aa  452  1.0000000000000001e-126  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.404032  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5118  uroporphyrinogen decarboxylase  61.25 
 
 
354 aa  451  1e-125  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03874  uroporphyrinogen decarboxylase  61.02 
 
 
354 aa  445  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3997  uroporphyrinogen decarboxylase  61.02 
 
 
354 aa  445  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0210  uroporphyrinogen decarboxylase  60.8 
 
 
354 aa  446  1.0000000000000001e-124  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0124917 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0414  uroporphyrinogen decarboxylase  60.97 
 
 
354 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4488  uroporphyrinogen decarboxylase  61.02 
 
 
354 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.830156  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4445  uroporphyrinogen decarboxylase  61.02 
 
 
354 aa  445  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000531857 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0123  uroporphyrinogen decarboxylase  61.58 
 
 
354 aa  445  1.0000000000000001e-124  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0180562  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0552  uroporphyrinogen decarboxylase  62.78 
 
 
355 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00147846 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4028  uroporphyrinogen decarboxylase  61.02 
 
 
354 aa  445  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00901601 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03827  hypothetical protein  61.02 
 
 
354 aa  445  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4540  uroporphyrinogen decarboxylase  61.02 
 
 
354 aa  445  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45190  uroporphyrinogen decarboxylase  62.5 
 
 
355 aa  446  1.0000000000000001e-124  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4231  uroporphyrinogen decarboxylase  61.02 
 
 
354 aa  445  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66550  uroporphyrinogen decarboxylase  61.9 
 
 
355 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5466  uroporphyrinogen decarboxylase  61.3 
 
 
354 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.843277 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5771  uroporphyrinogen decarboxylase  62.18 
 
 
355 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0415  uroporphyrinogen decarboxylase  61.65 
 
 
355 aa  444  1e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3849  uroporphyrinogen decarboxylase  60.45 
 
 
355 aa  442  1e-123  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0351  uroporphyrinogen decarboxylase  60.45 
 
 
355 aa  441  1e-123  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.777116  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1934  uroporphyrinogen decarboxylase  60.94 
 
 
365 aa  444  1e-123  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0459  uroporphyrinogen decarboxylase  60.45 
 
 
355 aa  441  1e-123  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000960348 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4411  uroporphyrinogen decarboxylase  61.08 
 
 
354 aa  442  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.356712  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2734  uroporphyrinogen decarboxylase  60.73 
 
 
359 aa  439  9.999999999999999e-123  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.961609  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4574  uroporphyrinogen decarboxylase  60.8 
 
 
354 aa  439  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.300698 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2851  uroporphyrinogen decarboxylase  59.32 
 
 
355 aa  441  9.999999999999999e-123  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.180798  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4500  uroporphyrinogen decarboxylase  60.8 
 
 
354 aa  441  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00407137 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4378  uroporphyrinogen decarboxylase  60.8 
 
 
354 aa  438  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.91714 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4498  uroporphyrinogen decarboxylase  60.8 
 
 
354 aa  439  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0575835 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3008  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  61.65 
 
 
357 aa  437  1e-121  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3867  uroporphyrinogen decarboxylase  60.51 
 
 
357 aa  435  1e-121  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0287  uroporphyrinogen decarboxylase  59.04 
 
 
354 aa  434  1e-121  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.104978 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3713  uroporphyrinogen decarboxylase  59.39 
 
 
360 aa  435  1e-121  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0116  uroporphyrinogen decarboxylase  61.52 
 
 
353 aa  436  1e-121  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.754255  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2765  uroporphyrinogen decarboxylase  64.67 
 
 
365 aa  435  1e-121  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3039  uroporphyrinogen decarboxylase  63.74 
 
 
360 aa  432  1e-120  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00641  uroporphyrinogen decarboxylase  58.07 
 
 
380 aa  434  1e-120  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3422  uroporphyrinogen decarboxylase  59.09 
 
 
354 aa  431  1e-120  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002177  uroporphyrinogen III decarboxylase  58.76 
 
 
355 aa  433  1e-120  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0223  uroporphyrinogen decarboxylase  59.77 
 
 
354 aa  434  1e-120  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0219  uroporphyrinogen decarboxylase  59.21 
 
 
354 aa  431  1e-120  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0440  uroporphyrinogen decarboxylase  58.81 
 
 
354 aa  433  1e-120  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00115919 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00219  uroporphyrinogen decarboxylase  59.04 
 
 
355 aa  431  1e-120  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0245  uroporphyrinogen decarboxylase  58.22 
 
 
355 aa  432  1e-120  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1540  uroporphyrinogen decarboxylase  60.4 
 
 
354 aa  434  1e-120  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0588582  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0024  uroporphyrinogen decarboxylase  62.03 
 
 
347 aa  430  1e-119  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.373394  hitchhiker  0.000193668 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0448  uroporphyrinogen decarboxylase  57.51 
 
 
355 aa  428  1e-119  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0272  uroporphyrinogen decarboxylase  61.24 
 
 
352 aa  429  1e-119  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.109144 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0435  uroporphyrinogen decarboxylase  58.47 
 
 
354 aa  428  1e-119  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0287  uroporphyrinogen decarboxylase  59.15 
 
 
354 aa  429  1e-119  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.844287  normal  0.0137069 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0439  uroporphyrinogen decarboxylase  59.04 
 
 
354 aa  429  1e-119  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3590  uroporphyrinogen decarboxylase  59.04 
 
 
354 aa  429  1e-119  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0435  uroporphyrinogen decarboxylase  59.04 
 
 
354 aa  429  1e-119  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0836  uroporphyrinogen decarboxylase  60.34 
 
 
354 aa  429  1e-119  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.41854  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0427  uroporphyrinogen decarboxylase  58.24 
 
 
354 aa  427  1e-118  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>