53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BURPS668_A0033 on replicon NC_009075
Organism: Burkholderia pseudomallei 668



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009075  BURPS668_A0033  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  100 
 
 
334 aa  678  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  1.19331e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2453  helix-turn-helix domain-containing protein  44.48 
 
 
409 aa  270  2e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.253954  normal  0.726571 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4195  putative transcription regulator with HTH domain protein  40.48 
 
 
401 aa  235  9e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0814  helix-turn-helix domain-containing protein  37.73 
 
 
425 aa  177  2e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.00469966  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0386  helix-turn-helix domain-containing protein  38.84 
 
 
422 aa  158  1e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.375659  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4510  hypothetical protein  38.35 
 
 
289 aa  124  3e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.216529 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1808  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  29.22 
 
 
358 aa  109  6e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1194  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  27.5 
 
 
369 aa  98.6  1e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3170  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  28.86 
 
 
376 aa  99  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.19493  unclonable  2.13391e-14 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1016  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  30.09 
 
 
385 aa  93.2  6e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1441  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  27.93 
 
 
371 aa  92.8  7e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000771176 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0483  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  26.87 
 
 
350 aa  91.3  2e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1951  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  28.62 
 
 
368 aa  90.5  3e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0006  plasmid maintenance system antidote protein  28.99 
 
 
380 aa  88.6  1e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3421  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  27.9 
 
 
383 aa  85.9  8e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1542  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  28.05 
 
 
373 aa  77.8  2e-13  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  1.35778e-06  unclonable  1.56625e-10 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1079  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  31.63 
 
 
361 aa  68.6  1e-10  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3978  transcriptional regulator, XRE family  62.5 
 
 
125 aa  67.8  2e-10  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0593774  normal  0.384294 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2492  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  26.43 
 
 
368 aa  67  4e-10  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0275  DNA-binding protein  27.68 
 
 
386 aa  67  4e-10  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1548  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  28.12 
 
 
363 aa  65.9  1e-09  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03612  Plasmid maintenance system antidote protein  30.73 
 
 
371 aa  65.1  1e-09  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3932  helix-turn-helix domain-containing protein  59.62 
 
 
125 aa  64.3  3e-09  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4709  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  24.81 
 
 
360 aa  61.2  2e-08  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.29865  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4425  transcriptional regulator, XRE family  55.1 
 
 
134 aa  60.8  3e-08  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2391  putative transcription regulator with HTH domain  65.12 
 
 
127 aa  60.1  5e-08  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0920  hypothetical protein  30.57 
 
 
345 aa  59.7  7e-08  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.409849  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5647  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  28.62 
 
 
362 aa  59.7  8e-08  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1543  hypothetical protein  29.92 
 
 
367 aa  58.9  1e-07  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3332  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  26.83 
 
 
292 aa  56.2  7e-07  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1615  putative transcription regulator with HTH domain  50 
 
 
126 aa  54.3  3e-06  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.914841  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0091  putative plasmid maintenance system antidote protein  26.7 
 
 
408 aa  53.5  5e-06  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.838316  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5485  transcription regulator  56.82 
 
 
119 aa  53.1  7e-06  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.184827 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0231  transcriptional regulator  57.14 
 
 
126 aa  52.4  1e-05  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0167624 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3905  putative transcription regulator with HTH domain  47.83 
 
 
126 aa  52.4  1e-05  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1284  hypothetical protein  48.94 
 
 
125 aa  51.2  2e-05  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.520317  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1391  hypothetical protein  54.35 
 
 
127 aa  51.2  2e-05  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0149629  normal  0.0177831 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0212  hypothetical protein  31.3 
 
 
368 aa  51.2  3e-05  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2141  hypothetical protein  50 
 
 
119 aa  50.1  5e-05  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00270384 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1409  protein of unknown function DUF955  33.33 
 
 
383 aa  48.9  0.0001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2087  putative transcription regulator with HTH domain protein  50 
 
 
124 aa  48.5  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.850866  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2482  transcription regulator  54.76 
 
 
127 aa  48.9  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0815  XRE family transcriptional regulator  59.09 
 
 
123 aa  47.8  0.0002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0785237  hitchhiker  0.00186138 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4242  XRE family transcriptional regulator  54.55 
 
 
125 aa  47.8  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.022655  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0317  hypothetical protein  21.9 
 
 
360 aa  47.4  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  5.02867e-06 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1148  hypothetical protein  44 
 
 
140 aa  46.6  0.0006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4803  hypothetical protein  50 
 
 
128 aa  45.4  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.801839  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3111  XRE family transcriptional regulator  46.94 
 
 
124 aa  44.7  0.002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04055  Helix-turn-helix motif  46.81 
 
 
123 aa  45.1  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2787  hypothetical protein  52.38 
 
 
123 aa  45.1  0.002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000457023 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1847  putative transcriptional regulator, XRE family  45.65 
 
 
118 aa  44.7  0.003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4949  helix-turn-helix domain-containing protein  54.55 
 
 
121 aa  43.5  0.004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.827096  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0775  helix-turn-helix domain protein  46.81 
 
 
120 aa  43.5  0.006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>