More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BURPS668_2802 on replicon NC_009074
Organism: Burkholderia pseudomallei 668



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008060  Bcen_0631  ribonuclease  83.79 
 
 
1059 aa  1181  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0577121  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2863  ribonuclease E  99.27 
 
 
1088 aa  1670  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.829315  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1814  ribonuclease E  96.71 
 
 
1087 aa  1642  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0112079  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1593  ribonuclease  60.04 
 
 
1128 aa  676  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0247639 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0389  ribonuclease  78.98 
 
 
879 aa  983  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.57215  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1600  ribonuclease E  55.36 
 
 
1048 aa  664  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  4.27165e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1573  ribonuclease  56.62 
 
 
1128 aa  674  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1619  RNAse E  57.7 
 
 
1012 aa  713  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0118741  normal  0.382079 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1615  ribonuclease E  56.69 
 
 
688 aa  662  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.20942e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3809  ribonuclease  62.03 
 
 
1090 aa  701  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000518974  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2511  ribonuclease E  51.88 
 
 
1113 aa  677  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.00474333  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2304  ribonuclease  53.85 
 
 
1071 aa  712  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2185  ribonuclease E  59.09 
 
 
1073 aa  716  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0610467  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1707  ribonuclease  57.93 
 
 
1148 aa  673  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000116835  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1569  ribonuclease E  52.02 
 
 
1216 aa  686  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.19809e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02918  ribonuclease E  59.27 
 
 
1035 aa  672  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1207  ribonuclease E  59.4 
 
 
1061 aa  653  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  7.38621e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2802  ribonuclease E  100 
 
 
1088 aa  2144  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  3.61809e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1710  ribonuclease  64.1 
 
 
1144 aa  674  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  5.80294e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2791  ribonuclease E  96.71 
 
 
1087 aa  1642  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.000882056  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2134  ribonuclease  51.01 
 
 
1070 aa  695  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0715  ribonuclease E  58.01 
 
 
942 aa  649  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.32082  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2405  RNAse E  58.14 
 
 
1093 aa  681  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.133315  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2475  RNAse E  58.14 
 
 
1095 aa  681  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.350754  normal  0.0309861 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1430  ribonuclease E  58.78 
 
 
1073 aa  709  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.260181 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1490  ribonuclease, Rne/Rng family protein  53.46 
 
 
1124 aa  691  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.326409  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1110  ribonuclease  83.79 
 
 
1059 aa  1181  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000270139  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2567  RNAse E  58.14 
 
 
1098 aa  678  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2208  ribonuclease, Rne/Rng family protein  61.38 
 
 
1065 aa  669  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.162702 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1876  ribonuclease  62.55 
 
 
1056 aa  660  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.166122  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1173  ribonuclease E  68.12 
 
 
1040 aa  835  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1069  ribonuclease  83 
 
 
1056 aa  1199  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.17751  decreased coverage  0.00648425 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2491  ribonuclease E  96.98 
 
 
1090 aa  1615  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000172006  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4788  ribonuclease  63.38 
 
 
1038 aa  821  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.870424  normal  0.38307 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1242  ribonuclease  61.72 
 
 
928 aa  699  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0656  ribonuclease E  67.07 
 
 
998 aa  876  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.59395 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1750  ribonuclease  64.1 
 
 
1158 aa  676  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00127119  normal  0.447333 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5282  ribonuclease  63.15 
 
 
1044 aa  862  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0972122  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3507  ribonuclease E  51.88 
 
 
1216 aa  683  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0058516  normal  0.0230667 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2003  ribonuclease E  56.56 
 
 
1067 aa  672  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000122213  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2187  ribonuclease E  56.72 
 
 
1068 aa  674  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.33181  hitchhiker  7.73492e-09 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1874  ribonuclease, Rne/Rng family  62.99 
 
 
782 aa  644  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  7.17737e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2233  ribonuclease E  57.82 
 
 
1015 aa  676  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.893079  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2436  ribonuclease, Rne/Rng family  69.52 
 
 
1061 aa  836  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2657  ribonuclease, Rne/Rng family  64.1 
 
 
1154 aa  676  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00498519  hitchhiker  0.000418055 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2220  ribonuclease, Rne/Rng family  62.99 
 
 
782 aa  644  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1353  ribonuclease E  58.99 
 
 
938 aa  697  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.000765938  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14810  Ribonuclease E  62.45 
 
 
1139 aa  707  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1378  ribonuclease, Rne/Rng family  72.95 
 
 
1074 aa  824  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.282937  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0970  ribonuclease, Rne/Rng family  72.11 
 
 
1008 aa  1030  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.100697 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1579  ribonuclease, Rne/Rng family  53.97 
 
 
1060 aa  661  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00521114  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01088  hypothetical protein  59.4 
 
 
1061 aa  654  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00236445  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1615  ribonuclease, Rne/Rng family  56.07 
 
 
1058 aa  660  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000319313  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2816  ribonuclease E  53.81 
 
 
1121 aa  672  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00267025  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002988  ribonuclease E  63.04 
 
 
1024 aa  663  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02342  RNase E  50.28 
 
 
1131 aa  694  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.596666  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1253  ribonuclease E  56.72 
 
 
1067 aa  674  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.16743 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1297  ribonuclease E  56.72 
 
 
1067 aa  674  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  1.48033e-05 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1677  ribonuclease E  52.02 
 
 
1216 aa  686  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000377607  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2516  ribonuclease E  59.4 
 
 
1061 aa  654  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  1.96842e-05  hitchhiker  0.0002174 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2042  ribonuclease E  59.4 
 
 
1057 aa  654  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000184616  hitchhiker  0.00765925 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1516  ribonuclease  59.21 
 
 
1072 aa  732  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00855049  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2032  ribonuclease  40.82 
 
 
1142 aa  693  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.390229  normal  0.144876 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2176  ribonuclease E  55.38 
 
 
1132 aa  698  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0592  ribonuclease  61.92 
 
 
1058 aa  881  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0452769 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0396  ribonuclease, Rne/Rng family  76.3 
 
 
865 aa  978  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2088  ribonuclease  55.54 
 
 
1132 aa  700  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0818  ribonuclease  85.09 
 
 
1092 aa  1179  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00158382  normal  0.513461 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2241  ribonuclease E  59.4 
 
 
1061 aa  654  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  1.15068e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2922  ribonuclease, Rne/Rng family  83.31 
 
 
1097 aa  1172  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000705961  normal  0.54344 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0905  ribonuclease, Rne/Rng family  71.88 
 
 
1011 aa  1033  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0755598  normal  0.0613595 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01517  ribonuclease E  55.84 
 
 
1238 aa  716  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2678  ribonuclease, Rne/Rng family  58.62 
 
 
1091 aa  679  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.438529  normal  0.174133 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1282  ribonuclease E  56.72 
 
 
1068 aa  674  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.783205  hitchhiker  4.8225e-06 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1190  ribonuclease, Rne/Rng family  58.35 
 
 
938 aa  670  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.048961  normal  0.116022 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3841  ribonuclease, Rne/Rng family protein  47.95 
 
 
1128 aa  736  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.87898  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1619  RNAse E  62.5 
 
 
968 aa  677  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000868095  normal  0.696665 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2785  ribonuclease E  57.93 
 
 
1088 aa  675  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1592  ribonuclease E  62.39 
 
 
1175 aa  724  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.690225  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2918  ribonuclease E  99.26 
 
 
1085 aa  1662  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  1.00731e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0520  ribonuclease E  96.98 
 
 
1090 aa  1615  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000787566  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1564  RNAse E  68.34 
 
 
873 aa  793  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.270508  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2302  ribonuclease  53.38 
 
 
1102 aa  691  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.275092  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1062  ribonuclease E  82.43 
 
 
1096 aa  1162  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  5.80995e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2005  ribonuclease E  64.88 
 
 
870 aa  856  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2562  ribonuclease, Rne/Rng family  59.4 
 
 
1061 aa  654  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  8.07422e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2843  ribonuclease E and G  59.43 
 
 
764 aa  661  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.298666  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1720  ribonuclease  65.13 
 
 
1007 aa  832  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0703  ribonuclease  56.48 
 
 
752 aa  668  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1905  ribonuclease, Rne/Rng family  63.3 
 
 
1091 aa  701  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.879394  unclonable  9.47805e-07 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1064  ribonuclease  70.7 
 
 
977 aa  828  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.973146  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1707  ribonuclease E  90.16 
 
 
1068 aa  1382  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000337375  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1481  ribonuclease E  53.36 
 
 
885 aa  653  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00665357  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2440  RNAse E  83.7 
 
 
1037 aa  997  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.19566  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2289  ribonuclease E  56.48 
 
 
1004 aa  683  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.705464  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3660  ribonuclease E  66.29 
 
 
1041 aa  817  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4166  RNAse E  56.27 
 
 
1082 aa  736  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  3.06864e-06  normal  0.124166 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01080  fused ribonucleaseE: endoribonuclease/RNA-binding protein/RNA degradosome binding protein  59.4 
 
 
1061 aa  654  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00444981  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1638  ribonuclease E and G  54.95 
 
 
1120 aa  720  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.664118 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0440  ribonuclease E  61.59 
 
 
589 aa  612  1e-174  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>