243 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BURPS1710b_1954 on replicon NC_007434
Organism: Burkholderia pseudomallei 1710b



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007434  BURPS1710b_1954  Hfq protein  100 
 
 
216 aa  408  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00000000604734  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1799  putative RNA chaperone Hfq  100 
 
 
216 aa  408  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00326257  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1778  putative RNA chaperone Hfq  89.08 
 
 
238 aa  314  8e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000070554  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1038  hfq protein  98.61 
 
 
214 aa  307  9e-83  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00601589  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1768  hfq protein  98.15 
 
 
214 aa  305  3e-82  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00010879  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0127  hfq protein  92.95 
 
 
225 aa  304  8.000000000000001e-82  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116408  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2532  hfq protein  89.4 
 
 
208 aa  297  1e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.597559  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1280  hfq protein  93.52 
 
 
203 aa  280  1e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000558443  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1507  RNA chaperone Hfq  70.59 
 
 
192 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.090076  hitchhiker  0.0000424757 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1051  host factor Hfq  70.59 
 
 
192 aa  218  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1531  RNA chaperone Hfq  70.59 
 
 
192 aa  218  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1413  RNA chaperone Hfq  69.33 
 
 
196 aa  215  4e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0725427  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1453  RNA chaperone Hfq  69.33 
 
 
196 aa  214  8e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4671  host factor Hfq  70.05 
 
 
192 aa  213  9.999999999999999e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00952129 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1722  RNA chaperone Hfq  71.89 
 
 
243 aa  212  2.9999999999999995e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.057332  hitchhiker  0.00002496 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2786  nucleoprotein, Hfg, host factor I like protein  75.93 
 
 
186 aa  149  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.600231  normal  0.316813 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1711  RNA chaperone Hfq  75.45 
 
 
150 aa  149  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.957267  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1665  RNA chaperone Hfq  75.93 
 
 
172 aa  148  6e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.655904  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2222  RNA-binding protein Hfq  53.33 
 
 
79 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.388443  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1101  RNA-binding protein Hfq  53.33 
 
 
79 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.306857  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0067  RNA-binding protein Hfq  53.33 
 
 
79 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0573116  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2184  RNA-binding protein Hfq  53.33 
 
 
79 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0635  RNA-binding protein Hfq  47.62 
 
 
86 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0651031 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1340  RNA-binding protein Hfq  53.33 
 
 
79 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.256557  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2239  RNA-binding protein Hfq  53.33 
 
 
79 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.245195  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3311  RNA chaperone Hfq  48.05 
 
 
85 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.486536  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1829  RNA-binding protein Hfq  53.33 
 
 
79 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0821  RNA chaperone Hfq  49.37 
 
 
201 aa  73.6  0.000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.301843  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5108  RNA-binding protein Hfq  52 
 
 
79 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.203051  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1468  RNA-binding protein Hfq  52 
 
 
79 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.859104  normal  0.368277 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1831  RNA-binding protein Hfq  52 
 
 
79 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.781797  normal  0.415294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6272  RNA-binding protein Hfq  52 
 
 
79 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.298535  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1807  RNA-binding protein Hfq  52 
 
 
79 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04039  RNA-binding protein Hfq  57.14 
 
 
102 aa  72.8  0.000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0456989  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3821  RNA chaperone Hfq  57.14 
 
 
102 aa  72.8  0.000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000750776  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04001  hypothetical protein  57.14 
 
 
102 aa  72.8  0.000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0345418  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5688  RNA-binding protein Hfq  57.14 
 
 
102 aa  72.8  0.000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0502195  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4703  RNA-binding protein Hfq  57.14 
 
 
102 aa  72.8  0.000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.912238  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3841  RNA-binding protein Hfq  57.14 
 
 
102 aa  72.8  0.000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0120982  unclonable  0.00000000853498 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4414  RNA-binding protein Hfq  57.14 
 
 
102 aa  72.8  0.000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112271  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0355  RNA-binding protein Hfq  45.16 
 
 
103 aa  73.2  0.000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0252672  hitchhiker  0.00389143 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1718  RNA-binding protein Hfq  54.17 
 
 
80 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.607958 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4730  RNA-binding protein Hfq  57.14 
 
 
102 aa  72.8  0.000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.528458  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1745  RNA-binding protein Hfq  54.17 
 
 
80 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4779  RNA-binding protein Hfq  57.14 
 
 
102 aa  73.2  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00124447  normal  0.127412 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4643  RNA-binding protein Hfq  57.14 
 
 
102 aa  72.8  0.000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3025  host factor-I protein  49.33 
 
 
91 aa  72.8  0.000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0026686  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4639  RNA-binding protein Hfq  57.14 
 
 
102 aa  72.8  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.139289  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4942  hfq protein  46.43 
 
 
86 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0572  RNA-binding protein Hfq  46.43 
 
 
86 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.753589 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0921  RNA-binding protein Hfq  57.14 
 
 
183 aa  72.8  0.000000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1471  RNA-binding protein Hfq  58.93 
 
 
91 aa  72.8  0.000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2590  host factor Hfq  60.71 
 
 
90 aa  72.8  0.000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.104665  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4758  RNA-binding protein Hfq  57.14 
 
 
102 aa  72.8  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0431  RNA-binding protein Hfq  57.14 
 
 
102 aa  72.8  0.000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000376356  unclonable  0.0000000212811 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4722  RNA-binding protein Hfq  57.14 
 
 
102 aa  72.8  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4629  RNA-binding protein Hfq  57.14 
 
 
102 aa  72.8  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3919  RNA-binding protein Hfq  57.14 
 
 
99 aa  72.4  0.000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0446304  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2536  RNA-binding protein Hfq  62.5 
 
 
78 aa  72.4  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.011646  hitchhiker  0.0000364006 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1599  RNA-binding protein Hfq  62.5 
 
 
78 aa  72.4  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00956933  normal  0.102127 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1415  RNA-binding protein Hfq  62.5 
 
 
78 aa  72.4  0.000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000152957 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1493  host factor Hfq  57.14 
 
 
183 aa  72.4  0.000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3721  RNA-binding protein Hfq  57.14 
 
 
99 aa  72.4  0.000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000253579  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3653  RNA-binding protein Hfq  55.36 
 
 
101 aa  72  0.000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.588771  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3799  RNA-binding protein Hfq  55.36 
 
 
101 aa  72  0.000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00202048  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0699  RNA-binding protein Hfq  55.36 
 
 
101 aa  72  0.000000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2081  RNA-binding protein Hfq  62.5 
 
 
79 aa  71.6  0.000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0916086  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0058  RNA-binding protein Hfq  58.93 
 
 
92 aa  72  0.000000000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1286  RNA chaperone Hfq  58.46 
 
 
80 aa  72  0.000000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.519898  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0070  RNA-binding protein Hfq  58.93 
 
 
92 aa  72  0.000000000007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2101  RNA-binding protein Hfq  62.5 
 
 
79 aa  72  0.000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0726249  normal  0.0347469 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3978  RNA chaperone Hfq  57.14 
 
 
83 aa  71.6  0.000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2777  RNA-binding protein Hfq  46.43 
 
 
88 aa  71.6  0.000000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.909441  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1220  RNA-binding protein Hfq  62.5 
 
 
79 aa  71.6  0.000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00041911  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1064  RNA-binding protein Hfq  62.5 
 
 
79 aa  71.6  0.000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1156  RNA-binding protein Hfq  62.5 
 
 
79 aa  71.6  0.000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.802043 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00094  RNA-binding protein Hfq  45.24 
 
 
87 aa  71.6  0.000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2758  RNA-binding protein Hfq  44.05 
 
 
87 aa  71.6  0.000000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.269118  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4685  RNA-binding protein Hfq  45.24 
 
 
86 aa  71.6  0.000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5014  RNA chaperone Hfq  62.5 
 
 
83 aa  71.6  0.000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0484733  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00649  RNA-binding protein Hfq  57.14 
 
 
82 aa  71.6  0.000000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0803651  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4894  RNA-binding protein Hfq  45.24 
 
 
86 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.249233  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0566  RNA chaperone Hfq  55.36 
 
 
92 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0286817  normal  0.207792 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4170  RNA chaperone Hfq  55.36 
 
 
94 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0476291  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2863  RNA chaperone Hfq  60.71 
 
 
80 aa  70.9  0.00000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0669  RNA chaperone Hfq  56.92 
 
 
80 aa  70.9  0.00000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0523  RNA-binding protein Hfq  45.24 
 
 
86 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0178415  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4770  RNA-binding protein Hfq  45.24 
 
 
86 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2302  host factor Hfq  62.5 
 
 
82 aa  71.2  0.00000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.232756  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1095  RNA chaperone Hfq  62.5 
 
 
83 aa  71.2  0.00000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0535  RNA-binding protein Hfq  57.14 
 
 
99 aa  70.9  0.00000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0000282638  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0492  RNA-binding protein Hfq  57.14 
 
 
99 aa  71.2  0.00000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00316881  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0573  RNA chaperone Hfq  58.93 
 
 
89 aa  70.9  0.00000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.174076  hitchhiker  0.000000000517763 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002259  RNA-binding protein Hfq  45.24 
 
 
87 aa  71.2  0.00000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.912109  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1429  RNA chaperone Hfq  62.5 
 
 
83 aa  71.2  0.00000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.180806  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1175  RNA chaperone Hfq  62.5 
 
 
83 aa  71.2  0.00000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.843427  normal  0.622907 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3205  host factor Hfq  55.36 
 
 
89 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.148283  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3540  RNA chaperone Hfq  55.36 
 
 
92 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.132549  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0666  RNA chaperone Hfq  60.71 
 
 
90 aa  70.5  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0371951  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1991  RNA-binding protein Hfq  60.71 
 
 
96 aa  70.5  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.423806  normal  0.0165954 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>