52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BURPS1710b_1648 on replicon NC_007434
Organism: Burkholderia pseudomallei 1710b



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007434  BURPS1710b_1648  PBCV-1 DNA ligase  100 
 
 
306 aa  640    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.176774  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2511  DNA ligase  31.07 
 
 
291 aa  87.8  2e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1587  DNA ligase  29.39 
 
 
270 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.382464  normal  0.257911 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1148  DNA ligase  24.52 
 
 
282 aa  75.5  0.000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.269751  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2639  DNA ligase  27.4 
 
 
281 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00943925  normal  0.0523485 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1484  DNA ligase  25.53 
 
 
282 aa  73.2  0.000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.159526  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0584  DNA ligase  28.47 
 
 
272 aa  71.2  0.00000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000000250691  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3695  DNA ligase  27.56 
 
 
295 aa  66.2  0.0000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4404  DNA ligase  25.93 
 
 
292 aa  65.5  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1990  DNA ligase  28.11 
 
 
288 aa  65.1  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00542431 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1395  DNA ligase  24.56 
 
 
272 aa  64.7  0.000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.168291  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1225  DNA ligase  27.56 
 
 
302 aa  63.2  0.000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0877468  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2043  DNA ligase  22.94 
 
 
282 aa  62.8  0.000000007  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000183031  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1665  DNA ligase  22.94 
 
 
282 aa  61.6  0.00000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003526  ATP-dependent DNA ligase  26.6 
 
 
281 aa  62  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2439  DNA ligase  26.98 
 
 
309 aa  60.8  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.488176  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2739  DNA ligase  26.28 
 
 
283 aa  61.2  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2204  DNA ligase  24.14 
 
 
311 aa  60.8  0.00000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0782  DNA ligase  27.17 
 
 
275 aa  60.1  0.00000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.200091  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2401  DNA ligase  26.45 
 
 
304 aa  59.7  0.00000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.980486 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03421  DNA ligase  25.49 
 
 
317 aa  59.7  0.00000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0465  DNA ligase  24.65 
 
 
275 aa  59.3  0.00000007  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51001  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1672  DNA ligase  24.56 
 
 
266 aa  58.9  0.00000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2268  DNA ligase  25.63 
 
 
302 aa  58.5  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.819174  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2191  DNA ligase  25.63 
 
 
302 aa  58.5  0.0000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.163072  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1852  DNA ligase  26.37 
 
 
315 aa  58.5  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0107738  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1886  DNA ligase  26.62 
 
 
315 aa  58.2  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  normal  0.840695 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1838  DNA ligase  26.62 
 
 
315 aa  57.8  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00105408  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1534  DNA ligase, ATP-dependent  22.77 
 
 
432 aa  57.8  0.0000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000120841  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1796  DNA ligase (ATP)  25.96 
 
 
271 aa  58.2  0.0000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1157  DNA ligase  23.75 
 
 
279 aa  57.4  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00148017  normal  0.132142 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0077  DNA ligase  26.09 
 
 
298 aa  57.4  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.285949  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3497  DNA ligase  26.9 
 
 
337 aa  57  0.0000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1841  DNA ligase  22.58 
 
 
282 aa  56.6  0.0000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.867286  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1366  DNA ligase  23.24 
 
 
284 aa  56.6  0.0000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.332373  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1748  DNA ligase  25.34 
 
 
309 aa  56.2  0.0000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1235  DNA ligase  24.66 
 
 
279 aa  51.2  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2019  DNA ligase  24.41 
 
 
295 aa  51.2  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2712  DNA ligase  26.74 
 
 
303 aa  51.2  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0226859 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0036  DNA ligase  23.13 
 
 
312 aa  50.4  0.00003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2251  DNA ligase  25.44 
 
 
375 aa  50.8  0.00003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1359  DNA ligase  25.95 
 
 
290 aa  50.4  0.00004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18891  ATP-dependent DNA ligase  31.33 
 
 
437 aa  49.7  0.00007  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.986725  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1436  DNA ligase  25.18 
 
 
298 aa  49.7  0.00007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0073  DNA ligase  23.62 
 
 
279 aa  49.3  0.00008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.555561  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2369  DNA ligase  24.73 
 
 
279 aa  49.3  0.00009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.815308  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18701  ATP-dependent DNA ligase  28.77 
 
 
412 aa  48.1  0.0002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0812  DNA ligase  23.34 
 
 
306 aa  47.8  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.35337  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18701  ATP-dependent DNA ligase  29.33 
 
 
437 aa  47.8  0.0002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.570895  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1995  DNA ligase  25.17 
 
 
282 aa  47.4  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0244293  normal  0.371724 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1772  ATP-dependent DNA ligase  28.29 
 
 
437 aa  47.4  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2761  DNA ligase  24.81 
 
 
326 aa  47.4  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>