More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BRA0744 on replicon NC_004311
Organism: Brucella suis 1330



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004311  BRA0744  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 
305 aa  612  9.999999999999999e-175  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.33357  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0695  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 
305 aa  612  9.999999999999999e-175  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.674181  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3892  RpiR family transcriptional regulator  93.17 
 
 
293 aa  531  1e-150  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.134896  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0550  RpiR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
287 aa  196  5.000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0640  transcriptional regulator, RpiR family  42.01 
 
 
296 aa  185  9e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.360416 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4059  RpiR family transcriptional regulator  40.62 
 
 
295 aa  175  7e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.682861  normal  0.958773 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6622  transcriptional regulator, RpiR family  37.15 
 
 
287 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.360305  normal  0.736042 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4899  RpiR family transcriptional regulator  34.91 
 
 
287 aa  173  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4196  transcriptional regulator, RpiR family  39.13 
 
 
297 aa  172  5e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4306  transcriptional regulator, RpiR family  39.13 
 
 
297 aa  172  5e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.749076  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0558  RpiR family transcriptional regulator  38.01 
 
 
313 aa  172  9e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0365  RpiR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
297 aa  171  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4021  RpiR family transcriptional regulator  38.73 
 
 
306 aa  171  1e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.766323  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03130  hypothetical protein  37.79 
 
 
289 aa  171  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5679  transcriptional regulator, RpiR family  36.81 
 
 
287 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0092  RpiR family transcriptional regulator  35.84 
 
 
287 aa  165  8e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6249  transcriptional regulator RpiR family  36.77 
 
 
287 aa  165  8e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00357056  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4651  RpiR family transcriptional regulator  37.15 
 
 
287 aa  165  9e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0360971  normal  0.0554389 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2658  RpiR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
324 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2791  RpiR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
324 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2767  RpiR family transcriptional regulator  38.7 
 
 
312 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2129  RpiR family transcriptional regulator  38.7 
 
 
312 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2741  RpiR family transcriptional regulator  38.7 
 
 
312 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06356  glucokinase  32.9 
 
 
287 aa  163  4.0000000000000004e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6069  RpiR family transcriptional regulator  38.7 
 
 
312 aa  162  7e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.961945 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4771  putative RpiR family transcriptional regulator  36.84 
 
 
301 aa  161  1e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.978774  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2771  RpiR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
297 aa  160  3e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0673  RpiR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
297 aa  160  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0657  RpiR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
297 aa  160  3e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.198724  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2388  RpiR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
297 aa  160  3e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2308  RpiR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
297 aa  160  3e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5116  transcriptional regulator, RpiR family  35.42 
 
 
286 aa  159  4e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0416  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  35.76 
 
 
286 aa  159  5e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0835  transcriptional regulator  38.54 
 
 
297 aa  159  5e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0177  transcriptional regulator, putative  38.89 
 
 
297 aa  159  7e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0722  RpiR family transcriptional regulator  35.07 
 
 
286 aa  158  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.23938  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0545  transcriptional regulator, putative  38.19 
 
 
297 aa  157  2e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2083  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.29 
 
 
289 aa  154  2e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.688583  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2422  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.64 
 
 
289 aa  152  5e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0329148  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1813  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.09 
 
 
284 aa  152  5e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000867158  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2049  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.71 
 
 
284 aa  152  7e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000665792  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1082  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.14 
 
 
288 aa  152  7e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000474941  unclonable  0.00000000000467577 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4364  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.08 
 
 
289 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0969  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.95 
 
 
284 aa  152  1e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2336  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.09 
 
 
284 aa  151  1e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.760972  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01824  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.94 
 
 
289 aa  150  2e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000364184  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1787  transcriptional regulator, RpiR family  31.94 
 
 
289 aa  150  2e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000522748  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1333  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.94 
 
 
289 aa  150  2e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0116463  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1779  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.94 
 
 
289 aa  150  2e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0686365  normal  0.239123 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2589  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.94 
 
 
289 aa  150  2e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00161066  normal  0.817634 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01812  hypothetical protein  31.94 
 
 
289 aa  150  2e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000387969  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.74 
 
 
289 aa  150  2e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.94 
 
 
289 aa  150  2e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.90466  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2174  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.09 
 
 
284 aa  150  4e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.271639  normal  0.12603 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2242  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.09 
 
 
284 aa  150  4e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2137  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.08 
 
 
289 aa  149  4e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00439922  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.09 
 
 
284 aa  150  4e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00123484  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3272  RpiR family transcriptional regulator  35.38 
 
 
289 aa  149  4e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.854433  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1865  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.09 
 
 
284 aa  150  4e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4528  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.09 
 
 
284 aa  150  4e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2255  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.09 
 
 
284 aa  150  4e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000281724  hitchhiker  0.00000550313 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1119  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.76 
 
 
288 aa  149  5e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.942787  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2490  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.09 
 
 
284 aa  149  6e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2080  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.58 
 
 
286 aa  149  6e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00496237  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.6 
 
 
289 aa  149  7e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1299  Hex regulon repressor  32.76 
 
 
288 aa  149  8e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.776105  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2540  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.58 
 
 
284 aa  149  8e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0495107  normal  0.0835263 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2047  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.09 
 
 
284 aa  149  8e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.20632 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1928  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.09 
 
 
284 aa  149  8e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0915843  normal  0.285781 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2152  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.09 
 
 
284 aa  149  8e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.284863  normal  0.555524 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0423  RpiR family transcriptional regulator  37.36 
 
 
287 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1891  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.95 
 
 
284 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2747  RpiR family transcriptional regulator  38.64 
 
 
300 aa  147  3e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0592883  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2069  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.35 
 
 
284 aa  147  3e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000131353  hitchhiker  0.000414379 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2360  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.33 
 
 
286 aa  146  4.0000000000000006e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00190607 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7211  transcriptional regulator, RpiR family  36.98 
 
 
287 aa  146  5e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.84474  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1361  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.25 
 
 
289 aa  146  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.812613  hitchhiker  0.000131827 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2101  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.25 
 
 
289 aa  145  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.928102 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2413  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.21 
 
 
301 aa  145  6e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000012699  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1237  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.25 
 
 
289 aa  145  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.101978  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2023  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.62 
 
 
289 aa  145  6e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.197371  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2046  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.25 
 
 
289 aa  145  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.45003 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2135  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.21 
 
 
301 aa  145  6e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2041  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.25 
 
 
289 aa  145  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2280  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.03 
 
 
282 aa  145  7.0000000000000006e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.499915  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1831  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.72 
 
 
289 aa  144  1e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.197793  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0626  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
282 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0176  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
282 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0554  RpiR family transcriptional regulator  33.1 
 
 
282 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.335525  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  33.1 
 
 
282 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.74 
 
 
290 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0659  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
282 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.78991  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1021  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.74 
 
 
290 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1059  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.74 
 
 
290 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629947  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2245  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.58 
 
 
289 aa  143  3e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2115  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.72 
 
 
308 aa  143  4e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2742  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.55 
 
 
286 aa  143  4e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1019  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.74 
 
 
290 aa  142  5e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150266  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  32.86 
 
 
282 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23060  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.6 
 
 
285 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00612438 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>