More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BMASAVP1_0698 on replicon NC_008784
Organism: Burkholderia mallei SAVP1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007435  BURPS1710b_A2120  LysR family regulatory protein  99.41 
 
 
339 aa  674    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.246446  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0698  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
343 aa  687    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18558  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0994  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
299 aa  598  1e-170  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0840  LysR family transcriptional regulator  99.34 
 
 
301 aa  598  1e-170  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0483  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
299 aa  598  1e-170  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1967  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
299 aa  598  1e-170  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.166127  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1856  LysR family transcriptional regulator  96.99 
 
 
299 aa  581  1.0000000000000001e-165  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144419  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0752  LysR family transcriptional regulator  99.31 
 
 
292 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3295  LysR family transcriptional regulator  71.05 
 
 
308 aa  432  1e-120  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.923456  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5010  LysR family transcriptional regulator  70.39 
 
 
306 aa  428  1e-119  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4485  LysR family transcriptional regulator  70.72 
 
 
308 aa  430  1e-119  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5212  LysR family transcriptional regulator  70.57 
 
 
301 aa  425  1e-118  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0586  LysR family transcriptional regulator  70.07 
 
 
308 aa  425  1e-118  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5073  LysR family transcriptional regulator  71.24 
 
 
301 aa  427  1e-118  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3569  LysR family transcriptional regulator  71.53 
 
 
310 aa  422  1e-117  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.898807  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3291  LysR family transcriptional regulator  72.05 
 
 
308 aa  412  1e-114  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5074  transcriptional regulator, LysR family  63.46 
 
 
304 aa  374  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00820352 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1574  LysR family transcriptional regulator  64.45 
 
 
304 aa  347  2e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1006  LysR family transcriptional regulator  48.45 
 
 
317 aa  226  4e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0097  LysR family transcriptional regulator  44.76 
 
 
299 aa  222  9e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.603539  hitchhiker  0.0000731437 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0094  LysR family transcriptional regulator  44.76 
 
 
299 aa  222  9e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.686241  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0079  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 
299 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000353876 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00400  LysR family transcriptional regulator  43.4 
 
 
304 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.119408 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0094  LysR family transcriptional regulator  44.76 
 
 
299 aa  220  3e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000160709 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0027  LysR family transcriptional regulator  43.15 
 
 
316 aa  219  5e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.302128  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7696  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
341 aa  216  5e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.349394 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3325  LysR family transcriptional regulator  42.28 
 
 
298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.642488  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0030  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.86 
 
 
316 aa  211  2e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0164  transcriptional regulator, LysR family  42.51 
 
 
316 aa  209  8e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0065  LysR family transcriptional regulator  43.55 
 
 
317 aa  207  3e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0033  putative transcriptional regulator  42.31 
 
 
299 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.195958  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.26 
 
 
308 aa  192  5e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  37.25 
 
 
305 aa  191  1e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  37.25 
 
 
305 aa  191  1e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.25 
 
 
305 aa  191  1e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.25 
 
 
305 aa  191  1e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.25 
 
 
305 aa  191  1e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.25 
 
 
305 aa  191  1e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.25 
 
 
305 aa  191  1e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  37.25 
 
 
305 aa  191  1e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.25 
 
 
305 aa  191  1e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.76 
 
 
304 aa  189  4e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.58 
 
 
308 aa  189  5.999999999999999e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.91 
 
 
305 aa  189  5.999999999999999e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.91 
 
 
305 aa  189  5.999999999999999e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.91 
 
 
305 aa  189  5.999999999999999e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.91 
 
 
305 aa  189  5.999999999999999e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.91 
 
 
305 aa  189  5.999999999999999e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.18 
 
 
303 aa  188  1e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.63 
 
 
307 aa  187  2e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.61 
 
 
305 aa  186  4e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.86 
 
 
303 aa  186  4e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.59 
 
 
303 aa  186  5e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4612  transcriptional regulator, LysR family  39.71 
 
 
298 aa  186  5e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.524159 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  41.64 
 
 
299 aa  186  6e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.95 
 
 
307 aa  185  8e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.83 
 
 
303 aa  185  9e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.11 
 
 
306 aa  185  1.0000000000000001e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.27 
 
 
305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.67 
 
 
300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.27 
 
 
305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.69 
 
 
294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.69 
 
 
294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.27 
 
 
305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.31 
 
 
303 aa  183  3e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.83 
 
 
303 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.97 
 
 
294 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 
326 aa  183  4.0000000000000006e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.97 
 
 
303 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.31 
 
 
303 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.31 
 
 
303 aa  182  6e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.31 
 
 
303 aa  182  6e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.34 
 
 
294 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.31 
 
 
303 aa  182  1e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.31 
 
 
303 aa  182  1e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4992  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
303 aa  181  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.31 
 
 
303 aa  182  1e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.31 
 
 
303 aa  182  1e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.31 
 
 
303 aa  182  1e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.62 
 
 
294 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 
311 aa  180  2e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.95 
 
 
303 aa  181  2e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3743  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 
303 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00613556 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4620  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 
303 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.64 
 
 
302 aa  179  5.999999999999999e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.28 
 
 
294 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3780  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 
303 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.116323  decreased coverage  0.000992163 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.93 
 
 
294 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0818  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 
309 aa  178  1e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0786272  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2568  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 
294 aa  178  1e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.46 
 
 
310 aa  177  2e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2352  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 
303 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1345  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 
300 aa  177  2e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0410481  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0431  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 
327 aa  177  3e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.919761 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6692  transcriptional regulator, LysR family  36.79 
 
 
300 aa  177  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.363849  normal  0.247449 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001290  transcriptional regulator LysR family protein  34.02 
 
 
308 aa  176  5e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913137  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3030  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
305 aa  176  6e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0262827 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.08 
 
 
303 aa  176  6e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 
304 aa  176  7e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5789  transcriptional regulator, LysR family  36.79 
 
 
301 aa  175  9e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.04167 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>