212 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BMA10247_A2107 on replicon NC_009079
Organism: Burkholderia mallei NCTC 10247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_006349  BMAA1840  squalene/phytoene synthase family protein  100 
 
 
356 aa  707    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.156378  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1762  squalene/phytoene synthase family protein  98.88 
 
 
513 aa  700    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.265717  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2156  squalene/phytoene synthase family protein  94.1 
 
 
564 aa  667    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0843  squalene/phytoene synthase family protein  100 
 
 
516 aa  706    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.336434  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1133  squalene/phytoene synthase family protein  100 
 
 
349 aa  693    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0418  squalene/phytoene synthase family protein  99.43 
 
 
349 aa  689    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0327  squalene/phytoene synthase family protein  99.16 
 
 
402 aa  698    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.479613  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2107  squalene/phytoene synthase family protein  100 
 
 
356 aa  707    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.666736  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0485  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  72.99 
 
 
348 aa  482  1e-135  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.501561  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5450  squalene/phytoene synthase  71.55 
 
 
351 aa  473  1e-132  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.035034 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4026  Squalene/phytoene synthase  73.16 
 
 
388 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.600735  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5617  Squalene/phytoene synthase  67.24 
 
 
353 aa  453  1.0000000000000001e-126  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3084  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  65.22 
 
 
350 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4159  squalene/phytoene synthase  59.77 
 
 
354 aa  382  1e-105  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.283896  normal  0.280623 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3686  squalene/phytoene synthase  59.48 
 
 
354 aa  379  1e-104  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.481699 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1749  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  59.06 
 
 
354 aa  373  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0364934  normal  0.191421 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4104  squalene/phytoene synthase  58.65 
 
 
355 aa  362  4e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.132439  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4262  squalene/phytoene synthase  58.65 
 
 
355 aa  362  4e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0172457  normal  0.1857 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4328  squalene/phytoene synthase  57.22 
 
 
367 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0106814  normal  0.0939133 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3255  squalene/phytoene synthase  58.65 
 
 
355 aa  361  1e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0957  squalene/phytoene synthase  46.04 
 
 
380 aa  275  8e-73  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0169  squalene/phytoene synthase  29.86 
 
 
340 aa  155  1e-36  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000509815  normal  0.0348824 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0365  Squalene/phytoene synthase  35.69 
 
 
299 aa  147  4.0000000000000006e-34  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2280  squalene/phytoene synthase  32.73 
 
 
359 aa  132  1.0000000000000001e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20770  Squalene/phytoene synthase  29.79 
 
 
377 aa  129  9.000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00645323  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0813  squalene synthase  29.51 
 
 
362 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.493188  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1321  squalene/phytoene synthase  29.29 
 
 
366 aa  122  9.999999999999999e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1784  Squalene synthase  31.72 
 
 
401 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2125  phytoene/squalene synthetase family protein  31.38 
 
 
347 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2690  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  32.36 
 
 
373 aa  110  3e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.286545  normal  0.217848 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4822  Squalene/phytoene synthase  27.69 
 
 
360 aa  105  1e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  unclonable  0.00000193666  normal  0.636776 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0189  squalene/phytoene synthase  26.46 
 
 
329 aa  95.5  1e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.433494  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0892  Squalene/phytoene synthase  24.65 
 
 
330 aa  94.7  2e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000100627  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0934  Squalene/phytoene synthase  30.26 
 
 
348 aa  79.3  0.0000000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1206  Squalene/phytoene synthase  26.35 
 
 
355 aa  77  0.0000000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  unclonable  0.0000000204086  hitchhiker  0.00000600855 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2244  Phytoene synthase  27.16 
 
 
303 aa  75.5  0.000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4808  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  30.53 
 
 
276 aa  72.4  0.00000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.000000000000603288  normal  0.956727 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  32.14 
 
 
298 aa  72.4  0.00000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2309  Squalene/phytoene synthase  27.88 
 
 
350 aa  71.6  0.00000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4263  squalene synthase HpnD  31.18 
 
 
279 aa  70.9  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1173  Squalene/phytoene synthase  27.95 
 
 
348 aa  71.2  0.00000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_83429  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  24.27 
 
 
448 aa  70.1  0.00000000006  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.274803  normal  0.0738823 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_13160  predicted protein  30.26 
 
 
314 aa  69.3  0.00000000009  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0017  squalene/phytoene synthase  29.26 
 
 
282 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_31144  predicted protein  22.19 
 
 
456 aa  68.6  0.0000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1894  Squalene/phytoene synthase  27.62 
 
 
270 aa  68.6  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    unclonable  2.73181e-25 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  24.81 
 
 
293 aa  68.2  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3173  squalene synthase HpnD  29.48 
 
 
282 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.170379  normal  0.798484 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4554  squalene synthase HpnD  29.1 
 
 
282 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.124742  normal  0.209496 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15920  Squalene synthase  25.43 
 
 
321 aa  67  0.0000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.13397  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0124  hypothetical protein  24 
 
 
345 aa  66.2  0.0000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10396  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G01220)  24.13 
 
 
470 aa  65.1  0.000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  28.45 
 
 
337 aa  64.7  0.000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1549  squalene/phytoene synthase  32 
 
 
279 aa  65.1  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4953  squalene/phytoene synthase  28.36 
 
 
282 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.202978  normal  0.0913001 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5506  squalene synthase HpnD  27.99 
 
 
282 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0194601 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0110  hypothetical protein  25.34 
 
 
345 aa  64.7  0.000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7027  squalene synthase HpnD  28.57 
 
 
282 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.597423  hitchhiker  0.000000555779 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  25.11 
 
 
279 aa  63.5  0.000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6444  phytoene synthase  28.51 
 
 
346 aa  63.5  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.974636 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7144  squalene synthase HpnD  29.86 
 
 
283 aa  63.5  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  25.11 
 
 
279 aa  63.5  0.000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0145  squalene and phytoene synthase  25.81 
 
 
302 aa  63.5  0.000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2043  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  26.64 
 
 
274 aa  63.2  0.000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.259973  normal  0.118858 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5681  squalene/phytoene synthase  28.64 
 
 
344 aa  62.8  0.000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450879  hitchhiker  0.0020025 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5178  squalene/phytoene synthase  28.36 
 
 
286 aa  62.8  0.000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4139  squalene synthase HpnD  28.03 
 
 
290 aa  62.8  0.000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  25.94 
 
 
280 aa  62  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0010  putative squalene/phytoene synthase  28.77 
 
 
306 aa  62  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6349  squalene synthase HpnD  30.11 
 
 
284 aa  62.4  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00743094  normal  0.0909411 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0902  Squalene/phytoene synthase  26.61 
 
 
351 aa  62  0.00000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.883554  normal  0.674566 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0306  squalene/phytoene synthase  27.07 
 
 
288 aa  61.2  0.00000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1486  Phytoene synthase  42.31 
 
 
280 aa  61.2  0.00000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000477032 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  26.52 
 
 
280 aa  61.2  0.00000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1004  Phytoene synthase  24.8 
 
 
318 aa  60.8  0.00000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.372404  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  26.5 
 
 
278 aa  60.8  0.00000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01621  squalene and phytoene synthase  25.09 
 
 
302 aa  61.2  0.00000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0270  phytoene synthase  28.24 
 
 
355 aa  60.5  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3241  squalene synthase HpnD  28.57 
 
 
294 aa  60.5  0.00000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.154532 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0494  phytoene synthase  27.96 
 
 
342 aa  60.5  0.00000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  27.57 
 
 
337 aa  60.5  0.00000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01601  squalene and phytoene synthase  24.73 
 
 
302 aa  60.5  0.00000005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.37181  n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC05660  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase, putative  23.55 
 
 
542 aa  60.1  0.00000006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.148096  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01581  squalene and phytoene synthase  26.3 
 
 
313 aa  60.1  0.00000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1746  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  26.52 
 
 
316 aa  59.7  0.00000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1718  squalene/phytoene synthase  28.68 
 
 
279 aa  59.3  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.150887  normal  0.105129 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2102  putative phytoene synthase  29.48 
 
 
282 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2819  Phytoene synthase  28.63 
 
 
335 aa  58.9  0.0000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  30.99 
 
 
310 aa  58.9  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1456  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  37.76 
 
 
286 aa  59.3  0.0000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1131  putative phytoene synthase  29.48 
 
 
282 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0886071  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1411  putative phytoene synthase  29.48 
 
 
282 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.590662  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3277  squalene/phytoene synthase family protein  29.48 
 
 
282 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.173331  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3163  squalene/phytoene synthase family protein  29.48 
 
 
282 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.395921  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1025  squalene/phytoene synthase  27.91 
 
 
354 aa  58.2  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1491  squalene/phytoene synthase  29.48 
 
 
275 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116412  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0502  Squalene/phytoene synthase  28 
 
 
270 aa  58.5  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2069  Squalene/phytoene synthase  29.2 
 
 
355 aa  58.5  0.0000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.910011 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  25.21 
 
 
279 aa  58.2  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0519  Squalene/phytoene synthase  28 
 
 
270 aa  58.5  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000172077  unclonable  0.00000000442805 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>