More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BLD_0777 on replicon NC_010816
Organism: Bifidobacterium longum DJO10A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01110  transcription-repair coupling factor  37.27 
 
 		 1148 aa  658    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.358379  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2533  transcription-repair coupling factor  37.08 
 
 		 1164 aa  656    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00875995  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  40.35 
 
 		 1148 aa  676    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  39.52 
 
 		 1157 aa  678    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1246  transcription-repair coupling factor  37.28 
 
 		 1157 aa  670    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.545868  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1287  transcription-repair coupling factor  37.11 
 
 		 1155 aa  649    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0502901  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  39.44 
 
 		 1169 aa  705    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  42.08 
 
 		 1169 aa  776    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1642  transcription-repair coupling factor protein  37.77 
 
 		 1157 aa  649    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.250538 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  37.87 
 
 		 1176 aa  719    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  38.12 
 
 		 1159 aa  709    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0829  transcription-repair coupling factor  52.46 
 
 		 1218 aa  1154    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.46683  normal  0.375475 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11038  transcription-repair coupling factor mfd  50.82 
 
 		 1234 aa  1092    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.970521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1067  transcription-repair coupling factor  55.32 
 
 		 1193 aa  1226    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2101  transcription-repair coupling factor  37.11 
 
 		 1150 aa  639    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.325386  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  37.87 
 
 		 1176 aa  719    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  37.87 
 
 		 1178 aa  718    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  37.78 
 
 		 1176 aa  716    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0048  transcription-repair coupling factor  39.83 
 
 		 1176 aa  712    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1016  transcription-repair coupling factor  35.56 
 
 		 1153 aa  651    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0983  transcription-repair coupling factor  35.74 
 
 		 1153 aa  654    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1896  transcription-repair coupling factor  37.11 
 
 		 1150 aa  637    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.482284 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4312  transcription-repair coupling factor  36.26 
 
 		 1158 aa  636    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1904  transcription-repair coupling factor  38.29 
 
 		 1143 aa  652    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.288854 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0424  transcription-repair coupling factor  51.35 
 
 		 1210 aa  1155    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  38.63 
 
 		 1176 aa  728    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0894  transcription-repair coupling factor  37.87 
 
 		 1173 aa  642    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.180496  normal  0.440454 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2012  transcription-repair coupling factor  37.27 
 
 		 1148 aa  657    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00267728 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1494  transcription-repair coupling factor  37.18 
 
 		 1148 aa  656    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.44461  normal  0.168665 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2767  transcription-repair coupling factor  39.29 
 
 		 1188 aa  660    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0696  transcription-repair coupling factor  37.22 
 
 		 1151 aa  639    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.221423  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1642  transcription-repair coupling factor  36.54 
 
 		 1158 aa  645    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3866  transcription-repair coupling factor  37.82 
 
 		 1149 aa  640    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0538  transcription-repair coupling factor  39.8 
 
 		 1168 aa  700    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  36.61 
 
 		 1161 aa  665    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0062  transcription-repair coupling factor  37.87 
 
 		 1176 aa  719    Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1315  transcription-repair coupling factor  37.29 
 
 		 1148 aa  655    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000147681 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4624  transcription-repair coupling factor  50.76 
 
 		 1211 aa  1122    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1237  transcription-repair coupling factor  37.17 
 
 		 1148 aa  656    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.792337  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  39.03 
 
 		 1158 aa  716    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2153  transcription-repair coupling factor  36.82 
 
 		 1148 aa  654    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.164525  hitchhiker  0.0000432293 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  37.87 
 
 		 1176 aa  719    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1478  transcription-repair coupling factor  40.53 
 
 		 1246 aa  750    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.313815 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1326  transcription-repair coupling factor  38.35 
 
 		 1153 aa  663    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  36.44 
 
 		 1178 aa  714    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4262  transcription-repair coupling factor  36.49 
 
 		 1168 aa  640    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.336252  normal  0.0120636 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  39.86 
 
 		 1183 aa  762    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1292  transcription-repair coupling factor  37.2 
 
 		 1148 aa  653    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.208562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1948  transcription-repair coupling factor  52.66 
 
 		 1198 aa  1075    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3926  transcription-repair coupling factor  51.51 
 
 		 1208 aa  1096    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.892466 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3738  transcription-repair coupling factor  37.58 
 
 		 1168 aa  659    Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4157  transcription repair coupling factor  36.89 
 
 		 1171 aa  651    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0067  transcription-repair coupling factor  38.29 
 
 		 1196 aa  682    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1796  transcription-repair coupling protein Mfd  36.91 
 
 		 1153 aa  666    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.46752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2833  transcription-repair coupling factor  37.51 
 
 		 1157 aa  643    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000601821  hitchhiker  0.00381117 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1748  transcription-repair coupling factor  36.56 
 
 		 1134 aa  650    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.921754  normal  0.10168 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0700  transcription-repair coupling factor  36.29 
 
 		 1165 aa  671    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00154056  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2313  transcription-repair coupling factor  37.74 
 
 		 1160 aa  641    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.141111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1202  transcription-repair coupling factor  36.1 
 
 		 1121 aa  637    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.851406  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0058  transcription-repair coupling factor  37.99 
 
 		 1176 aa  722    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4404  transcription-repair coupling factor  36.61 
 
 		 1166 aa  655    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0777  transcription-repair coupling factor (superfamily II helicase)  100 
 
 		 1194 aa  2432    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1709  transcription-repair coupling factor  37.42 
 
 		 1137 aa  649    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.517079  normal  0.0571023 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0593  transcription-repair coupling factor  39.53 
 
 		 1165 aa  745    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  38.86 
 
 		 1182 aa  718    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2656  transcription-repair coupling factor  38.72 
 
 		 1207 aa  703    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0357057  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0112  transcription-repair coupling factor  46.8 
 
 		 1179 aa  637    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1874  transcription-repair coupling factor  37.67 
 
 		 1160 aa  640    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.157118  normal  0.0187303 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4245  transcription-repair coupling factor  50.67 
 
 		 1211 aa  1118    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0214  transcription-repair coupling factor  37.34 
 
 		 1157 aa  688    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0683043  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1725  transcription-repair coupling factor  35.42 
 
 		 1160 aa  640    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1092  transcription-repair coupling factor  36.99 
 
 		 1148 aa  681    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2209  transcription-repair coupling factor  37.26 
 
 		 1148 aa  658    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.872306  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  38.54 
 
 		 1162 aa  731    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  38.75 
 
 		 1162 aa  735    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0262  transcription-repair coupling factor  37.42 
 
 		 1179 aa  661    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0884  transcription-repair coupling factor  52 
 
 		 1216 aa  1149    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0072  transcription-repair coupling factor  37.89 
 
 		 1176 aa  679    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0902915  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2487  transcription-repair coupling factor  37.17 
 
 		 1164 aa  656    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0203456  hitchhiker  0.00300257 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1330  transcription-repair coupling factor  37.29 
 
 		 1148 aa  655    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00266348 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1511  transcription-repair coupling factor  35.34 
 
 		 1059 aa  647    Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0803  transcription-repair coupling factor  51.62 
 
 		 1188 aa  1090    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0214899 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1299  transcription-repair coupling factor  36.85 
 
 		 1157 aa  669    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1969  transcription-repair coupling factor  37.29 
 
 		 1148 aa  655    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.201191  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1236  transcription-repair coupling factor  37.17 
 
 		 1148 aa  656    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00316475  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  36.56 
 
 		 1162 aa  661    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0183  transcription-repair coupling factor  36.26 
 
 		 1188 aa  657    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  40.49 
 
 		 1165 aa  717    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1476  transcription-repair coupling factor  36.89 
 
 		 1155 aa  645    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0179996  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0007  transcription-repair coupling factor  39.17 
 
 		 1168 aa  641    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1245  transcription-repair coupling factor  51.59 
 
 		 1222 aa  1163    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.877482  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1665  transcription-repair coupling factor  37.13 
 
 		 1149 aa  638    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.808978 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  37.22 
 
 		 1189 aa  671    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1651  transcription-repair coupling factor  36.69 
 
 		 1198 aa  681    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0949353  normal  0.53283 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0525  transcription-repair coupling factor  39.8 
 
 		 1168 aa  700    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1913  transcription-repair coupling factor  49.96 
 
 		 1192 aa  1073    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  38.22 
 
 		 1177 aa  712    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3660  transcription-repair coupling factor  39.35 
 
 		 1265 aa  726    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593932 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0924  transcription-repair coupling factor  52.8 
 
 		 1224 aa  1158    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.410165  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4331  transcription-repair coupling factor  50.67 
 
 		 1211 aa  1118    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.376638 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>