159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BLD_0054 on replicon NC_010816
Organism: Bifidobacterium longum DJO10A



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010816  BLD_0054  putative RNA-binding protein  100 
 
 		 101 aa  206  1e-52  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.000142088  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0825  RNA-binding protein, YhbY family  74.26 
 
 		 101 aa  157  4e-38  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14090  conserved hypothetical protein TIGR00253  46.15 
 
 		 96 aa  85.5  2e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000062411  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0164  hypothetical protein  42.86 
 
 		 96 aa  80.1  0.000000000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1263  hypothetical protein  42.39 
 
 		 98 aa  79.7  0.00000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.125773  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4333  protein of unknown function UPF0044  45.45 
 
 		 97 aa  77.4  0.00000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000519396  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1324  protein of unknown function UPF0044  42.86 
 
 		 96 aa  77.4  0.00000000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.404725  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1123  protein of unknown function UPF0044  43.02 
 
 		 95 aa  73.6  0.0000000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000000093514  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2381  putative RNA-binding protein  39.33 
 
 		 100 aa  73.2  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0672076  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2093  putative RNA-binding protein  39.33 
 
 		 100 aa  73.2  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.208178  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1764  hypothetical protein  38.04 
 
 		 139 aa  69.7  0.00000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000276764  normal  0.0263174 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1188  hypothetical protein  39.29 
 
 		 105 aa  69.3  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000689074  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1739  RNA-binding protein  38.78 
 
 		 103 aa  68.6  0.00000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4414  hypothetical protein  40.82 
 
 		 97 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4231  hypothetical protein  40.82 
 
 		 121 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4069  hypothetical protein  40.82 
 
 		 121 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000290604  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4079  hypothetical protein  40.82 
 
 		 121 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.289994  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4560  hypothetical protein  40.82 
 
 		 97 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0173366  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0784  hypothetical protein TIGR00253  40.82 
 
 		 97 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000244145  hitchhiker  0.00000644143 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4466  conserved hypothetical protein TIGR00253  40.82 
 
 		 97 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000735494  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4355  conserved hypothetical protein TIGR00253  40.82 
 
 		 97 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0557259 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1652  hypothetical protein  38.2 
 
 		 96 aa  68.2  0.00000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1687  hypothetical protein  38.2 
 
 		 96 aa  68.2  0.00000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.25086  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4453  conserved hypothetical protein TIGR00253  40.82 
 
 		 97 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.564028  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1236  hypothetical protein  41.3 
 
 		 103 aa  67.8  0.00000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000939316  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4184  hypothetical protein  41.84 
 
 		 97 aa  67.4  0.00000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0603657  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3059  hypothetical protein  40.45 
 
 		 96 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0746318  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1162  hypothetical protein  37.08 
 
 		 97 aa  65.1  0.0000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.892315  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1637  hypothetical protein  35.29 
 
 		 103 aa  65.1  0.0000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0014086  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0810  hypothetical protein  34.78 
 
 		 101 aa  64.3  0.0000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2232  protein of unknown function UPF0044  37.21 
 
 		 109 aa  63.9  0.0000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000120736  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3454  hypothetical protein  37.11 
 
 		 98 aa  63.5  0.0000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3069  hypothetical protein  39.77 
 
 		 99 aa  63.5  0.0000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00393169  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1850  hypothetical protein  38.37 
 
 		 96 aa  63.5  0.0000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.597502  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0994  protein of unknown function UPF0044  41.24 
 
 		 97 aa  63.5  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2836  hypothetical protein  38.64 
 
 		 102 aa  62  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00231858  normal  0.0108243 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2457  protein of unknown function UPF0044  40.45 
 
 		 97 aa  62.4  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000000030989  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3356  hypothetical protein  35 
 
 		 102 aa  62  0.000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.60842  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0979  hypothetical protein  37.63 
 
 		 96 aa  62  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.533015  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2315  protein of unknown function UPF0044  32.61 
 
 		 100 aa  60.8  0.000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1894  protein of unknown function UPF0044  32.61 
 
 		 100 aa  60.8  0.000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2547  hypothetical protein  36.78 
 
 		 96 aa  60.1  0.000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0888013  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1637  hypothetical protein  33.33 
 
 		 96 aa  59.7  0.00000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03406  hypothetical protein  35.11 
 
 		 98 aa  59.7  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3570  hypothetical protein  37.5 
 
 		 99 aa  58.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000605463  hitchhiker  0.000369263 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2844  hypothetical protein  38.75 
 
 		 88 aa  59.3  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2713  hypothetical protein  38.75 
 
 		 88 aa  59.3  0.00000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002601  RNA binding protein  35.11 
 
 		 98 aa  58.9  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00022914  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0701  protein of unknown function UPF0044  34.09 
 
 		 99 aa  58.5  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0143521  normal  0.299253 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42910  hypothetical protein  32.61 
 
 		 104 aa  58.5  0.00000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.728949  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3617  hypothetical protein  34.78 
 
 		 103 aa  58.2  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3398  hypothetical protein  37.5 
 
 		 99 aa  58.2  0.00000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00127683  decreased coverage  0.0000205489 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0164  hypothetical protein  34.04 
 
 		 98 aa  57.8  0.00000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000162983  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3083  hypothetical protein  34.44 
 
 		 108 aa  57.4  0.00000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1569  hypothetical protein  34.04 
 
 		 119 aa  57  0.00000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000968018  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1772  hypothetical protein  34.88 
 
 		 118 aa  57  0.00000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.590818  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0481  hypothetical protein  33.72 
 
 		 95 aa  56.2  0.0000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0235201  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0998  hypothetical protein  38.2 
 
 		 99 aa  56.6  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000139607  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1001  hypothetical protein  30.85 
 
 		 98 aa  56.2  0.0000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.330419  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0981  hypothetical protein  35.23 
 
 		 99 aa  56.2  0.0000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000254887  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1018  hypothetical protein  31.73 
 
 		 100 aa  56.6  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000228436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3604  hypothetical protein  34.83 
 
 		 97 aa  56.2  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000221446  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3983  hypothetical protein  34.83 
 
 		 97 aa  56.2  0.0000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000013551  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3738  hypothetical protein  34.83 
 
 		 97 aa  56.2  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0371297  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3473  protein of unknown function UPF0044  33.71 
 
 		 97 aa  55.8  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000144439  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0590  putative RNA-binding protein  34.04 
 
 		 98 aa  55.1  0.0000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00320322  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0952  RNA-binding protein  35.23 
 
 		 99 aa  55.1  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000959457  normal  0.423674 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0481  hypothetical protein  33.71 
 
 		 97 aa  55.1  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000159675  normal  0.788742 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2495  hypothetical protein  41.3 
 
 		 104 aa  54.7  0.0000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00057031  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6001  protein of unknown function UPF0044  36.26 
 
 		 101 aa  54.3  0.0000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.611546  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03045  predicted RNA-binding protein  31.18 
 
 		 97 aa  54.3  0.0000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000412792  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0527  protein of unknown function UPF0044  31.18 
 
 		 97 aa  54.3  0.0000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112279  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02996  hypothetical protein  31.18 
 
 		 97 aa  54.3  0.0000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000287646  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3590  RNA-binding protein YhbY  31.18 
 
 		 97 aa  54.3  0.0000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  6.48683e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4502  RNA-binding protein YhbY  31.18 
 
 		 97 aa  54.3  0.0000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000031754  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0712  hypothetical protein  30.43 
 
 		 102 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0375434 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62880  hypothetical protein  31.52 
 
 		 104 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4586  hypothetical protein  30.43 
 
 		 102 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5473  hypothetical protein  31.52 
 
 		 104 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3372  RNA-binding protein YhbY  31.18 
 
 		 97 aa  54.3  0.0000006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.8642399999999997e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3665  RNA-binding protein YhbY  31.18 
 
 		 97 aa  54.3  0.0000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000138412  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3354  protein of unknown function UPF0044  34.09 
 
 		 97 aa  54.3  0.0000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000296508  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4721  hypothetical protein  30.43 
 
 		 102 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0520  RNA-binding protein YhbY  31.18 
 
 		 97 aa  54.3  0.0000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000013717  hitchhiker  0.00377232 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3476  RNA-binding protein YhbY  31.18 
 
 		 97 aa  54.3  0.0000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000313113  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4720  hypothetical protein  30.43 
 
 		 127 aa  53.9  0.0000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00276318 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0809  hypothetical protein  32.98 
 
 		 110 aa  53.9  0.0000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.425401  normal  0.0131963 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0799  protein of unknown function UPF0044  32.58 
 
 		 97 aa  53.9  0.0000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000186202  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3656  RNA-binding protein YhbY  32.58 
 
 		 110 aa  53.5  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0001228  normal  0.404761 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3594  RNA-binding protein YhbY  32.58 
 
 		 110 aa  53.5  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0222253  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3488  RNA-binding protein YhbY  32.58 
 
 		 110 aa  53.5  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00203462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3487  RNA-binding protein YhbY  32.58 
 
 		 110 aa  53.5  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000291277  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3557  RNA-binding protein YhbY  32.58 
 
 		 110 aa  53.5  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0252085  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0564  hypothetical protein  32.58 
 
 		 97 aa  53.1  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00222762  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4499  conserved hypothetical protein TIGR00253  32.22 
 
 		 103 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4189  hypothetical protein  32.22 
 
 		 103 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.384209  normal  0.811113 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1740  hypothetical protein  31.82 
 
 		 102 aa  52.4  0.000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.224936 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2022  hypothetical protein  31.82 
 
 		 102 aa  52.4  0.000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.301242  normal  0.458518 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1974  protein of unknown function UPF0044  33.72 
 
 		 106 aa  52  0.000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00343693  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01665  RNA binding protein; ancient RNA-binding IF3-C fold  32.95 
 
 		 97 aa  52  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00348819  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>