More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BCE_0051 on replicon NC_003909
Organism: Bacillus cereus ATCC 10987



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011729  PCC7424_3738  transcription-repair coupling factor  38.87 
 
 
1168 aa  744  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0766  transcription-repair coupling factor  35.91 
 
 
1120 aa  653  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2938  transcription-repair coupling factor  36.73 
 
 
1172 aa  663  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0272  hypothetical protein  34.83 
 
 
1123 aa  668  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.580517 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0777  transcription-repair coupling factor (superfamily II helicase)  37.87 
 
 
1194 aa  704  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0700  transcription-repair coupling factor  39.25 
 
 
1165 aa  788  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00154056  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0770  transcription-repair coupling factor  37.45 
 
 
1116 aa  655  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0067  transcription-repair coupling factor  45.36 
 
 
1196 aa  1014  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04745  transcription-repair coupling factor  37.43 
 
 
1154 aa  684  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.982613  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1904  transcription-repair coupling factor  35.73 
 
 
1143 aa  673  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.288854 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1874  transcription-repair coupling factor  36.11 
 
 
1160 aa  679  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.157118  normal  0.0187303 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2209  transcription-repair coupling factor  35.37 
 
 
1148 aa  684  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.872306  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0997  transcription-repair coupling factor  36.55 
 
 
1164 aa  698  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0894  transcription-repair coupling factor  35.65 
 
 
1173 aa  639  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.180496  normal  0.440454 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1859  transcription-repair coupling factor  36.67 
 
 
1156 aa  682  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0201793  hitchhiker  0.000194707 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0912  transcription-repair coupling factor  36.3 
 
 
1181 aa  657  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1201  transcription-repair coupling factor  38.03 
 
 
1154 aa  710  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.656597  normal  0.0999319 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1315  transcription-repair coupling factor  37.26 
 
 
1148 aa  679  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  1.47681e-05 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1330  transcription-repair coupling factor  37.26 
 
 
1148 aa  679  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00266348 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4312  transcription-repair coupling factor  39.23 
 
 
1158 aa  737  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0058  transcription-repair coupling factor  98.3 
 
 
1176 aa  2361  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1952  transcription-repair coupling factor  37.99 
 
 
1162 aa  671  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00516748  normal  0.328047 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2220  transcription-repair coupling factor  36.71 
 
 
1157 aa  702  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1511  transcription-repair coupling factor  49.19 
 
 
1059 aa  661  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0062  transcription-repair coupling factor  100 
 
 
1176 aa  2399  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0109  transcription-repair coupling factor  34.41 
 
 
1156 aa  659  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.174112 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1494  transcription-repair coupling factor  35.55 
 
 
1148 aa  687  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.44461  normal  0.168665 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0696  transcription-repair coupling factor  35.11 
 
 
1151 aa  663  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.221423  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0539  transcription-repair coupling factor  37.2 
 
 
1116 aa  653  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0291296  hitchhiker  3.46725e-09 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2153  transcription-repair coupling factor  37.26 
 
 
1148 aa  680  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.164525  hitchhiker  4.32293e-05 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1969  transcription-repair coupling factor  37.26 
 
 
1148 aa  679  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.201191  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0214  transcription-repair coupling factor  38.61 
 
 
1157 aa  766  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0683043  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02437  transcription-repair coupling factor  37.27 
 
 
1165 aa  709  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.272439  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1292  transcription-repair coupling factor  37.26 
 
 
1148 aa  679  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.208562  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2006  transcription-repair coupling factor  35.92 
 
 
1155 aa  670  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000316908 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6308  transcription-repair coupling factor  35.9 
 
 
1203 aa  638  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0152711 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0803  transcription-repair coupling factor  39.24 
 
 
1188 aa  738  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0214899 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1543  transcription-repair coupling factor  37.85 
 
 
1157 aa  704  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00144396  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1998  transcription-repair coupling factor  37.39 
 
 
1176 aa  685  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0120843 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2833  transcription-repair coupling factor  38.13 
 
 
1157 aa  711  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000601821  hitchhiker  0.00381117 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1236  transcription-repair coupling factor  35.37 
 
 
1148 aa  684  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00316475  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1237  transcription-repair coupling factor  35.37 
 
 
1148 aa  684  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.792337  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1478  transcription-repair coupling factor  46.44 
 
 
1246 aa  715  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.313815 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1246  transcription-repair coupling factor  36.46 
 
 
1157 aa  700  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.545868  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4262  transcription-repair coupling factor  34.51 
 
 
1168 aa  682  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.336252  normal  0.0120636 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3081  transcription-repair coupling factor  35.73 
 
 
1171 aa  660  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.195799  normal  0.080304 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1598  transcription-repair coupling factor  37.16 
 
 
1148 aa  654  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.29728e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  93.71 
 
 
1176 aa  2279  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3640  transcription-repair coupling factor  35.08 
 
 
1170 aa  644  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2395  transcription-repair coupling factor  37.99 
 
 
1162 aa  669  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  8.29473e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1067  transcription-repair coupling factor  38.08 
 
 
1193 aa  712  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1705  transcription-repair coupling factor  34.9 
 
 
1174 aa  692  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1561  transcription repair coupling factor  35.31 
 
 
1160 aa  643  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.224407  normal  0.305942 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0829  transcription-repair coupling factor  39.15 
 
 
1218 aa  711  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.46683  normal  0.375475 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1968  transcription-repair coupling factor  36.61 
 
 
1156 aa  691  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.095546 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1811  transcription-repair coupling factor  37.73 
 
 
1157 aa  703  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000258386  normal  0.0877788 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2012  transcription-repair coupling factor  35.46 
 
 
1148 aa  687  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00267728 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2487  transcription-repair coupling factor  35.37 
 
 
1164 aa  684  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0203456  hitchhiker  0.00300257 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1706  transcription-repair coupling factor  37.16 
 
 
1148 aa  654  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.43136  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0072  transcription-repair coupling factor  42.61 
 
 
1176 aa  913  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0902915  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2619  transcription-repair coupling factor  35.57 
 
 
1155 aa  674  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.205951  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0593  transcription-repair coupling factor  47.67 
 
 
1165 aa  1048  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0048  transcription-repair coupling factor  97.62 
 
 
1176 aa  2351  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2864  transcription-repair coupling factor  37.26 
 
 
1148 aa  656  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0829666  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1299  transcription-repair coupling factor  36.64 
 
 
1157 aa  707  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1327  transcription-repair coupling factor  36.54 
 
 
1156 aa  684  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.241535  hitchhiker  0.000253034 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0112  transcription-repair coupling factor  44.89 
 
 
1179 aa  952  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09271  transcriptional-repair coupling factor  36.06 
 
 
1169 aa  701  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.254503  hitchhiker  2.30767e-05 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2656  transcription-repair coupling factor  39.28 
 
 
1207 aa  785  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0357057  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1709  transcription-repair coupling factor  35.98 
 
 
1137 aa  687  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.517079  normal  0.0571023 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4404  transcription-repair coupling factor  37.75 
 
 
1166 aa  758  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1023  transcription-repair coupling factor  38.55 
 
 
1168 aa  729  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2754  transcription-repair coupling factor  40.24 
 
 
1112 aa  758  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.502691  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003994  transcription-repair coupling factor  36.9 
 
 
1153 aa  687  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.239612  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4876  transcription-repair coupling factor  43.23 
 
 
1257 aa  644  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.968673  normal  0.26689 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1978  transcription-repair coupling factor  35.22 
 
 
1159 aa  650  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2786  transcription-repair coupling factor  37.39 
 
 
1150 aa  684  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.974454  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0048  transcription-repair coupling factor  65.53 
 
 
1177 aa  1597  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2072  transcription-repair coupling factor  41.12 
 
 
1123 aa  843  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4525  transcription-repair coupling factor  38.66 
 
 
1192 aa  687  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1691  transcription-repair coupling factor  36.23 
 
 
1153 aa  655  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.427142  normal  0.0220248 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0214  transcription-repair coupling factor  45.39 
 
 
1197 aa  1032  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0330142  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0182  transcription-repair coupling factor  52.52 
 
 
1183 aa  1204  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1292  transcription-repair coupling factor  36.41 
 
 
1161 aa  704  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0124  transcription-repair coupling factor  37.57 
 
 
1147 aa  730  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00760781  normal  0.18165 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1935  transcription-repair coupling factor  37.21 
 
 
1216 aa  719  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.671489  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07780  transcription-repair coupling factor Mfd  37.22 
 
 
1212 aa  704  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.784778  normal  0.111573 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1355  transcription-repair coupling factor  39.36 
 
 
1150 aa  785  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2685  transcription-repair coupling factor  39.35 
 
 
1218 aa  723  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02560  transcription-repair coupling factor  42.48 
 
 
1126 aa  636  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0064  transcription-repair coupling factor  38.28 
 
 
1201 aa  741  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.862894  normal  0.0454923 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3135  transcription-repair coupling factor  39.26 
 
 
1164 aa  744  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.223116  normal  0.109749 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3189  transcription-repair coupling factor  38.84 
 
 
1218 aa  716  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.905154  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0898  transcription-repair coupling factor  37.61 
 
 
1214 aa  692  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.165774  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0620  transcription-repair coupling factor  50.29 
 
 
1244 aa  684  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3728  transcription-repair coupling factor  47.21 
 
 
1103 aa  675  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5808  transcription-repair coupling factor  50.08 
 
 
1351 aa  643  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.294236  normal  0.50078 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1195  transcription-repair coupling factor  37.76 
 
 
1157 aa  686  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.865219  normal  0.466133 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0915  transcription-repair coupling factor  37.56 
 
 
1179 aa  685  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0521422  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5241  transcription-repair coupling factor  39.14 
 
 
1112 aa  741  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>