46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_tRNA46 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_tRNA46  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.198158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0026  tRNA-Arg  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.198088  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0039  tRNA-Arg  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.364679  normal  0.784144 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0041  tRNA-Arg  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.335788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0028    96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.197769  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0032  tRNA-Arg  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.163942  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0032  tRNA-Arg  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.191014  normal  0.309777 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0029    96.3 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.189248  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0022  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000177446  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0022  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000850812  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0042  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.15622 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06510  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.0000338303  normal  0.349036 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19600  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0108959  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0065  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000631385  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4297  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.801361  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0022  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00187223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0016  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.448611  normal  0.584402 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0003  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0007  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.688543  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0624  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.00406719  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0033  tRNA-Arg  88 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000397698  normal  0.298215 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0955  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0134122  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0055  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183529  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0016  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000514764  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0040  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0042  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.802869 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0041  tRNA-Arg  90 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.707776  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0001  tRNA-Met  84.38 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0055  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0038  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.495611  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0001  tRNA-Met  84.38 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.764109  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0032  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.178807 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0069  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0196822  normal  0.911508 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0022  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193997 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t43  tRNA-Asn  100 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.546364  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0018  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.330043  normal  0.24905 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0042  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00104158  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0023  tRNA-Arg  82.43 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.865399 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0037  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000296875  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0084  tRNA-Asn  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000101082  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0026  tRNA-Trp  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000289673  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0012  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000664618  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0057  tRNA-Asn  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000258126  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0042  tRNA-Asn  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000213291  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0013  tRNA-Asn  100 
 
 		 72 bp  44.1  0.005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00468588  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>