241 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_tRNA33 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_R0044  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.796168  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0022    100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.293323 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0019  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.572409  normal  0.702119 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0058  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.647177  normal  0.919787 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0025  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0021  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.126385  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA33  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0047  tRNA-His  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0011  tRNA-His  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4558  tRNA-His  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0006  tRNA-His  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.104917  hitchhiker  0.000204838 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0006  tRNA-His  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00645821 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0006  tRNA-His  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.828778  normal  0.262269 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6018  tRNA-His  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0522895  normal  0.0385855 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0007  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0044  tRNA-His  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0004  tRNA-His  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0477942  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0023  tRNA-His  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.794961  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0044  tRNA-His  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000342103  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0041  tRNA-His  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0113138  normal  0.890079 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0011  tRNA-His  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000136335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0028  tRNA-His  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.252923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0021  tRNA-His  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000077385  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0041  tRNA-His  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0038  tRNA-His  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0023  tRNA-His  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000017569  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0045  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000161818  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t38  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100556  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0023  tRNA-His  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000859824  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0038  tRNA-His  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0037  tRNA-His  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.740745  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0026  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0364321  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0042  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0048  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.622626  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0047  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.188533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA17  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0021  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA9  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0014    100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0027  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0556629  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0043  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.956354  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0062  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.648574  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0060  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.285107  normal  0.0443211 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0024  tRNA-His  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.62576e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0032  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0054  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0666927 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0019  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.848767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0064  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.17499  normal  0.116646 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0011  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0219307 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0069  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0025  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0357766  normal  0.112448 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0006  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0038  tRNA-His  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00502124 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0014  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0052  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.461525 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0039  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.430844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0015  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0027  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.221595  normal  0.0673851 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0039  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00299876 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0055  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0259  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1085  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t48  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4845  tRNA-Ile  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0555625  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t09  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0116209  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t42  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158841  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t63  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.07883  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA14  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0900551  normal  0.0100999 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA5  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0174877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0092  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000368423  hitchhiker  0.00436649 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0032  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000276963  normal  0.450139 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0036    100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.132649  normal  0.79109 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0006  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0011  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00277001  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R13  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000158888  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R2  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00567165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R42  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000533032  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R59  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000380652  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t07  tRNA-Asp  86.44 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.802625  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0052  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000626175  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0812  tRNA-Ile  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460941  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0056  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0034  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0659672  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0096  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0060738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0031  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0703177 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0046  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.165738 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0002  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000811561  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0012  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000226616  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0010  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000315774  hitchhiker  0.000925503 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0007  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000589313  hitchhiker  0.000462971 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0057  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0200182  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0063  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000331537  normal  0.777832 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0041  tRNA-Asp  86.44 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0134468  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0047  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.026073  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0052  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0029428  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0012  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00686442  normal  0.0133226 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0002  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.961834  normal  0.0827717 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0014  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0031  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0009  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0460221  hitchhiker  0.00205125 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>