More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_7558 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_5235  extracellular solute-binding protein family 5  63.14 
 
 
522 aa  654    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7558  putative dipeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  100 
 
 
515 aa  1057    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.864379 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3221  extracellular solute-binding protein  60.23 
 
 
517 aa  647    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102229  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1651  extracellular solute-binding protein  79.84 
 
 
516 aa  866    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0426  extracellular solute-binding protein  61.15 
 
 
522 aa  638    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.133353  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0671  extracellular solute-binding protein  69.35 
 
 
534 aa  749    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1507  extracellular solute-binding protein family 5  71.77 
 
 
516 aa  777    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.221484  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4254  extracellular solute-binding protein  52.91 
 
 
527 aa  548  1e-154  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340537  normal  0.123719 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  50.79 
 
 
529 aa  519  1e-146  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  50.29 
 
 
529 aa  520  1e-146  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3490  extracellular solute-binding protein  48.35 
 
 
529 aa  508  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0750  extracellular solute-binding protein  47.67 
 
 
535 aa  501  1e-141  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0748  extracellular solute-binding protein  48.49 
 
 
535 aa  501  1e-140  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0745  extracellular solute-binding protein  47.57 
 
 
534 aa  490  1e-137  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  39.81 
 
 
536 aa  404  1e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  39.45 
 
 
520 aa  360  3e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  38.55 
 
 
532 aa  358  9.999999999999999e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  40.35 
 
 
524 aa  358  1.9999999999999998e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  40.35 
 
 
544 aa  356  5e-97  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1807  extracellular solute-binding protein family 5  37.82 
 
 
528 aa  355  8.999999999999999e-97  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1565  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  37.52 
 
 
534 aa  351  2e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  38.81 
 
 
544 aa  350  4e-95  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  39.48 
 
 
524 aa  347  4e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0146  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  37.86 
 
 
539 aa  346  6e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.29775 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0140  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  37.25 
 
 
534 aa  343  5e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.259377  normal  0.633025 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2569  ABC transporter substrate-binding protein  38.2 
 
 
558 aa  341  2e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.217608 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5138  putative periplasmic peptide-binding protein ABC transporter  39.55 
 
 
495 aa  332  1e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0462348 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4831  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  36.15 
 
 
527 aa  327  2.0000000000000001e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.153883  normal  0.947205 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  38.63 
 
 
542 aa  317  3e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2547  extracellular solute-binding protein  36.21 
 
 
534 aa  315  9e-85  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.220611  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  37.72 
 
 
544 aa  306  6e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4285  extracellular solute-binding protein  34.22 
 
 
530 aa  301  1e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.261799  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0161  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  37.33 
 
 
529 aa  294  3e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.485134  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0786  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  36.42 
 
 
537 aa  293  4e-78  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.527095  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3968  extracellular solute-binding protein  36.52 
 
 
537 aa  290  4e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.252184  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4877  putative ABC transporter, substrate binding protein  32.95 
 
 
560 aa  288  2e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.674427  normal  0.0830201 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7214  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  34.92 
 
 
532 aa  286  5.999999999999999e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4858  putative ABC transporter, substrate-binding protein  35.8 
 
 
531 aa  278  2e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.185299  normal  0.554017 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7212  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  35.19 
 
 
531 aa  274  2.0000000000000002e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2014  twin-arginine translocation pathway signal  35.29 
 
 
534 aa  273  6e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.533924  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4764  extracellular solute-binding protein  33.91 
 
 
539 aa  270  5e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1611  extracellular solute-binding protein  53.14 
 
 
259 aa  269  8e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5671  extracellular solute-binding protein  33.6 
 
 
531 aa  267  2.9999999999999995e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.880059  normal  0.0905991 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4290  extracellular solute-binding protein  32.68 
 
 
530 aa  266  5.999999999999999e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00787986  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0106  extracellular solute-binding protein family 5  34.18 
 
 
533 aa  266  8.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0909337  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3082  twin-arginine translocation pathway signal  35.53 
 
 
535 aa  265  1e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.49552  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2913  extracellular solute-binding protein family 5  34.52 
 
 
533 aa  265  1e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.037834  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0132  extracellular solute-binding protein  34.83 
 
 
532 aa  263  4.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2546  extracellular solute-binding protein  32.87 
 
 
531 aa  263  6e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.145645  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6559  extracellular solute-binding protein family 5  32.42 
 
 
536 aa  262  1e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67626  normal  0.403463 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3320  extracellular solute-binding protein  35.81 
 
 
528 aa  259  1e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0123121  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6144  extracellular solute-binding protein family 5  33.88 
 
 
533 aa  253  5.000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.5133  hitchhiker  0.00348679 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2972  extracellular solute-binding protein  32.76 
 
 
535 aa  251  2e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.439804  normal  0.190808 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4327  putative ABC transporter, extracellular substrate binding protein  32.06 
 
 
538 aa  247  3e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2918  extracellular solute-binding protein family 5  32.44 
 
 
538 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258086  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1041  extracellular solute-binding protein  31.68 
 
 
538 aa  239  9e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1152  extracellular solute-binding protein  31.49 
 
 
538 aa  236  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.296162 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1614  putative solute-binding transport protein (periplasmic)  39.36 
 
 
289 aa  229  7e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.147333  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  30.87 
 
 
538 aa  216  9.999999999999999e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  31.55 
 
 
538 aa  213  7.999999999999999e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  31.3 
 
 
502 aa  212  1e-53  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1483  extracellular solute-binding protein  29.71 
 
 
551 aa  208  2e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.228319  normal  0.152124 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  30.38 
 
 
546 aa  203  5e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1590  extracellular solute-binding protein family 5  29.41 
 
 
534 aa  198  2.0000000000000003e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  29.23 
 
 
533 aa  197  5.000000000000001e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3852  extracellular solute-binding protein  29.32 
 
 
521 aa  194  3e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0773863  normal  0.697886 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  28.11 
 
 
539 aa  193  7e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  30.25 
 
 
541 aa  192  9e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2049  extracellular solute-binding protein  30.07 
 
 
540 aa  190  4e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  28.8 
 
 
505 aa  187  3e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  31.83 
 
 
535 aa  186  8e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  31.1 
 
 
534 aa  185  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  31.17 
 
 
520 aa  183  6e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  27.8 
 
 
540 aa  183  7e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1135  4-phytase  30.53 
 
 
520 aa  182  2e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00134056  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0008  extracellular solute-binding protein family 5  28.89 
 
 
544 aa  182  2e-44  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00260142  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0009  extracellular solute-binding protein family 5  29.24 
 
 
544 aa  181  2.9999999999999997e-44  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327799  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1652  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  29.57 
 
 
511 aa  181  2.9999999999999997e-44  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.2387  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  30.28 
 
 
531 aa  181  4e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0195  extracellular solute-binding protein  29.17 
 
 
526 aa  178  2e-43  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  30.44 
 
 
524 aa  178  2e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5641  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  32.47 
 
 
508 aa  179  2e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18790  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  28.21 
 
 
540 aa  175  1.9999999999999998e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00232176  normal  0.206883 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  27.64 
 
 
559 aa  175  1.9999999999999998e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3971  extracellular solute-binding protein family 5  31.1 
 
 
518 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1313  extracellular solute-binding protein  31.7 
 
 
493 aa  174  2.9999999999999996e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0146  extracellular solute-binding protein family 5  31.03 
 
 
513 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.377896  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3243  extracellular solute-binding protein  30.79 
 
 
509 aa  173  5.999999999999999e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.649697  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4611  extracellular solute-binding protein family 5  28.42 
 
 
553 aa  171  3e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.596915 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3131  extracellular solute-binding protein  29.21 
 
 
508 aa  171  3e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.792469  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  30.92 
 
 
528 aa  170  6e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3103  extracellular solute-binding protein  32.21 
 
 
519 aa  170  7e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.376049  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4109  extracellular solute-binding protein family 5  30.22 
 
 
513 aa  169  1e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.344383  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2424  twin-arginine translocation pathway signal  28.51 
 
 
565 aa  169  1e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0912792  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0910  extracellular solute-binding protein  28.6 
 
 
555 aa  167  2.9999999999999998e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.463169  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0139  extracellular solute-binding protein  32.21 
 
 
520 aa  167  4e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.382397 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0453  4-phytase  31.14 
 
 
526 aa  167  4e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000132073  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0782  extracellular solute-binding protein  28.65 
 
 
494 aa  167  5e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.319175  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4398  extracellular solute-binding protein family 5  29.12 
 
 
513 aa  167  5.9999999999999996e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0482953  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3566  dipeptide/oligopeptide-binding protein  30.57 
 
 
562 aa  166  8e-40  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.672958  normal  0.0864129 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>