More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_7528 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0096  FAD dependent oxidoreductase  63.78 
 
 		 722 aa  818    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.490674 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7528  putative phytoene dehydrogenase and related proteins  100 
 
 		 708 aa  1424    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0706  FAD dependent oxidoreductase  64.7 
 
 		 717 aa  895    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0405  amine oxidase  63.95 
 
 		 711 aa  843    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0201487  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2330  carotene isomerase  29.98 
 
 		 508 aa  179  2e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2151  amine oxidase  29.39 
 
 		 508 aa  167  6.9999999999999995e-40  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0626  carotenoid isomerase, putative  32.77 
 
 		 507 aa  162  2e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2254  carotene isomerase  26.28 
 
 		 506 aa  161  4e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000347702 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1336  carotene isomerase  26.54 
 
 		 512 aa  159  2e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0735245  hitchhiker  0.00100943 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1308  carotene isomerase  26.54 
 
 		 512 aa  158  3e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1701  amine oxidase  29.08 
 
 		 503 aa  158  3e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00066646 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0766  amine oxidase  29.18 
 
 		 522 aa  158  4e-37  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3632  FAD dependent oxidoreductase  27.57 
 
 		 506 aa  155  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_10011  putative carotenoid isomerase  28.79 
 
 		 520 aa  154  4e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.243247 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3112  FAD dependent oxidoreductase  26.09 
 
 		 506 aa  153  8e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.270711  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1246  carotene isomerase  27.99 
 
 		 504 aa  153  8.999999999999999e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176287  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0874  amine oxidase  29.29 
 
 		 503 aa  151  3e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0636  putative carotenoid isomerase  25.57 
 
 		 520 aa  151  5e-35  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_03731  hypothetical protein  27.27 
 
 		 938 aa  150  8e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.968761 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1888  carotenoid isomerase, putative  28.96 
 
 		 505 aa  149  2.0000000000000003e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0760  FAD dependent oxidoreductase  29.25 
 
 		 503 aa  149  3e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.522072 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3278  FAD dependent oxidoreductase  27.97 
 
 		 502 aa  145  2e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.312837 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4976  FAD dependent oxidoreductase  28.38 
 
 		 515 aa  145  3e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1423  carotenoid isomerase  27.86 
 
 		 518 aa  144  4e-33  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14681  putative carotenoid isomerase  25.82 
 
 		 520 aa  144  6e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.314761  normal  0.880307 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4146  All-trans-retinol 13,14-reductase  27.42 
 
 		 562 aa  143  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.559453  decreased coverage  0.00452261 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1053  all-trans-retinol 13,14-reductase  26.81 
 
 		 501 aa  141  3e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0671242 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2672  amine oxidase  27.01 
 
 		 513 aa  142  3e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2512  FAD dependent oxidoreductase  27.01 
 
 		 497 aa  140  7.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.224928  normal  0.507466 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03701  phytoene dehydrogenase  26.1 
 
 		 509 aa  139  2e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0640229  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3602  FAD dependent oxidoreductase  27.03 
 
 		 497 aa  139  2e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03711  phytoene dehydrogenase  26.01 
 
 		 509 aa  139  2e-31  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1681  carotenoid isomerase  27.31 
 
 		 518 aa  137  5e-31  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.157771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_39472  predicted protein  30.2 
 
 		 645 aa  136  9.999999999999999e-31  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000845209  normal  0.555705 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_12111  hypothetical protein  26.45 
 
 		 509 aa  135  1.9999999999999998e-30  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0871  amine oxidase  28.87 
 
 		 512 aa  134  6.999999999999999e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.598168  normal  0.0715769 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0345  phytoene dehydrogenase  25.91 
 
 		 509 aa  133  1.0000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05841  putative carotenoid isomerase  25.52 
 
 		 516 aa  132  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.515676  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3011  All-trans-retinol 13,14-reductase  27.29 
 
 		 544 aa  132  3e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0318  FAD dependent oxidoreductase  26.97 
 
 		 547 aa  132  3e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2192  FAD dependent oxidoreductase  23.74 
 
 		 532 aa  131  4.0000000000000003e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.285502 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03741  phytoene dehydrogenase  25.85 
 
 		 509 aa  130  1.0000000000000001e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1898  hypothetical protein  29.66 
 
 		 511 aa  127  6e-28  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.405447  normal  0.754346 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0489  hypothetical protein  25.52 
 
 		 509 aa  126  1e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1841  FAD dependent oxidoreductase  27.61 
 
 		 512 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09643  hypothetical protein  23.35 
 
 		 535 aa  125  3e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0783431  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12061  putative carotenoid isomerase  24.76 
 
 		 514 aa  122  1.9999999999999998e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.809432  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1209  conserved hypothetical protein, FAD-binding domain protein  26.47 
 
 		 502 aa  119  1.9999999999999998e-25  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_12211  putative carotenoid isomerase  24.33 
 
 		 514 aa  119  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_12221  putative carotenoid isomerase  24.01 
 
 		 514 aa  117  6.9999999999999995e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0845  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  24.21 
 
 		 740 aa  115  3e-24  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0319  amine oxidase  28 
 
 		 489 aa  114  8.000000000000001e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.354274 
 
 
-
 
NC_011684  PHATRDRAFT_54842  carotenoid isomerase  25.91 
 
 		 595 aa  113  1.0000000000000001e-23  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3281  FAD dependent oxidoreductase  26.97 
 
 		 479 aa  112  3e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.463065  normal  0.0612809 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0761  hypothetical protein  28.97 
 
 		 510 aa  110  6e-23  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2032  FAD dependent oxidoreductase  22.84 
 
 		 520 aa  110  9.000000000000001e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.756687 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1126  putative carotenoid isomerase  23.28 
 
 		 514 aa  110  1e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.777729  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1174  All-trans-retinol 13,14-reductase  23.35 
 
 		 522 aa  110  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_43564  predicted protein  28.44 
 
 		 554 aa  108  2e-22  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.079373  normal  0.0235879 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9210  CRTISO5 carotenoid isomerase 5,phytoene dehydrogenase-related protein  25.8 
 
 		 530 aa  109  2e-22  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5970  FAD dependent oxidoreductase  26.79 
 
 		 534 aa  108  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.633554  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0577  All-trans-retinol 13,14-reductase  24.43 
 
 		 542 aa  108  3e-22  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1711  FAD dependent oxidoreductase  28.6 
 
 		 501 aa  107  1e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000831031  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45243  carotenoid isomerase  26.13 
 
 		 598 aa  105  2e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0755538  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1723  carotene isomerase  29.7 
 
 		 516 aa  99  2e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4578  FAD dependent oxidoreductase  27.98 
 
 		 512 aa  98.2  5e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1708  hypothetical protein  22.12 
 
 		 509 aa  97.8  6e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.718334  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1069  FAD dependent oxidoreductase  25.32 
 
 		 496 aa  97.8  7e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.302171  hitchhiker  0.00376489 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0436  All-trans-retinol 13,14-reductase  22.33 
 
 		 511 aa  96.7  1e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.601478 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0425  All-trans-retinol 13,14-reductase  22.33 
 
 		 511 aa  96.7  1e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2059  hypothetical protein  21.2 
 
 		 509 aa  97.1  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0409241  normal  0.0351139 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_32217  predicted protein  27.47 
 
 		 504 aa  95.9  2e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.340213  normal  0.0518556 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2342  amine oxidase  25.46 
 
 		 505 aa  95.9  3e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2065  FAD dependent oxidoreductase  25.27 
 
 		 484 aa  95.5  3e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0811  phytoene dehydrogenase  24.15 
 
 		 523 aa  93.6  1e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0324739  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0939  amine oxidase  22.87 
 
 		 496 aa  92.8  2e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3766  amine oxidase  24.81 
 
 		 511 aa  92.8  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.918224  hitchhiker  0.0064797 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6289  FAD dependent oxidoreductase  24.84 
 
 		 510 aa  90.9  8e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00968377  normal  0.473682 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4011  amine oxidase  24.43 
 
 		 511 aa  89.7  2e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.984835  normal  0.0140967 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1261  amine oxidase  24.34 
 
 		 511 aa  89.4  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0418037 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5031  phytoene desaturase  27.34 
 
 		 509 aa  88.6  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3530  oxidoreductase  28.91 
 
 		 531 aa  88.6  4e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4081  amine oxidase  24.44 
 
 		 571 aa  86.3  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.39239 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3286  FAD dependent oxidoreductase  25.66 
 
 		 488 aa  85.9  0.000000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.370539 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1699  phytoene desaturase  24.47 
 
 		 511 aa  86.7  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258971  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0245  amine oxidase  26.16 
 
 		 491 aa  85.5  0.000000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3174  FAD dependent oxidoreductase  28.12 
 
 		 531 aa  85.5  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.919135 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0143  amine oxidase  24.31 
 
 		 519 aa  84.3  0.000000000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1077  all-trans-retinol 13,14-reductase  20.54 
 
 		 505 aa  84.3  0.000000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2211  phytoene desaturase  25.67 
 
 		 531 aa  83.6  0.00000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.931782  normal  0.130578 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3436  phytoene desaturase  26.69 
 
 		 512 aa  83.2  0.00000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.240701 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_715  FAD dependent oxidoreductase  23.56 
 
 		 500 aa  83.6  0.00000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3745  phytoene desaturase  26.69 
 
 		 512 aa  83.2  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2838  FAD dependent oxidoreductase  28.12 
 
 		 531 aa  82.4  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.320797  normal  0.430895 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0346  amine oxidase  25.15 
 
 		 494 aa  82.8  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0381  amine oxidase  23.72 
 
 		 510 aa  82.4  0.00000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3577  zeta-phytoene desaturase  25.43 
 
 		 504 aa  82.8  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0557125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1024  phytoene dehydrogenase-related protein  24.68 
 
 		 518 aa  82.4  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1046  phytoene dehydrogenase  21.42 
 
 		 494 aa  82  0.00000000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.586405  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4888  FAD dependent oxidoreductase  26.21 
 
 		 520 aa  81.6  0.00000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.162383 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>