More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6956 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_6955  oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  71.7 
 
 
597 aa  853    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4579  extracellular solute-binding protein  65.5 
 
 
596 aa  752    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0892  extracellular solute-binding protein  66.2 
 
 
596 aa  788    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.353929  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6956  oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  100 
 
 
571 aa  1186    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1356  extracellular solute-binding protein family 5  64.16 
 
 
596 aa  773    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2321  extracellular solute-binding protein family 5  46.9 
 
 
580 aa  521  1e-146  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.815964 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2270  extracellular solute-binding protein family 5  46.9 
 
 
580 aa  521  1e-146  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0337  extracellular solute-binding protein family 5  45.12 
 
 
581 aa  504  1e-141  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1563  extracellular solute-binding protein  45.45 
 
 
588 aa  498  1e-139  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.176735  normal  0.279007 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1410  extracellular solute-binding protein family 5  41.48 
 
 
615 aa  427  1e-118  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0383  extracellular solute-binding protein  41.73 
 
 
618 aa  425  1e-117  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.531894  normal  0.778896 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4599  extracellular solute-binding protein  41.44 
 
 
621 aa  423  1e-117  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.593059  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3875  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  40.25 
 
 
568 aa  416  9.999999999999999e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2770  extracellular solute-binding protein  39.61 
 
 
603 aa  416  9.999999999999999e-116  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.14158  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3294  extracellular solute-binding protein  40.3 
 
 
573 aa  414  1e-114  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.207016 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0608  extracellular solute-binding protein  40.56 
 
 
566 aa  414  1e-114  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3874  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  40.56 
 
 
585 aa  404  1e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0715  extracellular solute-binding protein  39.89 
 
 
565 aa  402  9.999999999999999e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.109389  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5299  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  25.8 
 
 
556 aa  164  3e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  28.48 
 
 
544 aa  143  8e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  25.32 
 
 
546 aa  138  3.0000000000000003e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  23.87 
 
 
524 aa  133  7.999999999999999e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0310  extracellular solute-binding protein family 5  28.72 
 
 
509 aa  133  9e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4877  putative ABC transporter, substrate binding protein  29.26 
 
 
560 aa  133  9e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.674427  normal  0.0830201 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  28.78 
 
 
544 aa  132  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7214  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  29.11 
 
 
532 aa  129  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  29.53 
 
 
542 aa  129  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5725  extracellular solute-binding protein family 5  27.02 
 
 
519 aa  127  8.000000000000001e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0324  extracellular solute-binding protein  25.19 
 
 
586 aa  126  1e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.000000261589  hitchhiker  0.0038707 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  24.9 
 
 
539 aa  126  1e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2657  extracellular solute-binding protein  25.31 
 
 
617 aa  125  2e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000297428  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  25 
 
 
520 aa  124  4e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  29.71 
 
 
524 aa  124  6e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  23.69 
 
 
536 aa  122  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
544 aa  122  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6559  extracellular solute-binding protein family 5  27.02 
 
 
536 aa  121  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67626  normal  0.403463 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0140  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.2 
 
 
534 aa  121  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.259377  normal  0.633025 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0106  extracellular solute-binding protein family 5  26.18 
 
 
533 aa  121  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0909337  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0247  oligopeptide ABC transporter, substrate-binding protein, putative  25.33 
 
 
567 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.460021  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  26.62 
 
 
532 aa  119  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4831  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  26.71 
 
 
527 aa  119  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.153883  normal  0.947205 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3852  extracellular solute-binding protein  26.81 
 
 
521 aa  119  1.9999999999999998e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0773863  normal  0.697886 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0265  oligopeptide-binding protein OppA  24.95 
 
 
566 aa  118  3e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7212  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  28.24 
 
 
531 aa  117  3.9999999999999997e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  24.21 
 
 
540 aa  117  5e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7558  putative dipeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  28.12 
 
 
515 aa  116  8.999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.864379 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2569  ABC transporter substrate-binding protein  26.42 
 
 
558 aa  116  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.217608 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2014  twin-arginine translocation pathway signal  26.7 
 
 
534 aa  116  1.0000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.533924  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  24.49 
 
 
533 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1565  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  24.95 
 
 
534 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0146  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.3 
 
 
539 aa  114  5e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.29775 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  25.25 
 
 
538 aa  114  7.000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4285  extracellular solute-binding protein  26.15 
 
 
530 aa  114  7.000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.261799  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1807  extracellular solute-binding protein family 5  26.2 
 
 
528 aa  113  1.0000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3082  twin-arginine translocation pathway signal  25.94 
 
 
535 aa  113  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.49552  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1507  extracellular solute-binding protein family 5  24.25 
 
 
516 aa  113  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.221484  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  25.84 
 
 
559 aa  112  1.0000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  24.09 
 
 
538 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0195  extracellular solute-binding protein  25.76 
 
 
526 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1408  extracellular solute-binding protein  28.32 
 
 
518 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00741999  normal  0.0556416 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4254  extracellular solute-binding protein  25.62 
 
 
527 aa  112  2.0000000000000002e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340537  normal  0.123719 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2798  extracellular solute-binding protein family 5  27.44 
 
 
557 aa  111  4.0000000000000004e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1450  peptide ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.48 
 
 
511 aa  111  4.0000000000000004e-23  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000000430411  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1621  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.34 
 
 
594 aa  110  7.000000000000001e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0671  extracellular solute-binding protein  25.45 
 
 
534 aa  110  8.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0585  extracellular solute-binding protein family 5  27.89 
 
 
628 aa  110  1e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.952367  normal  0.0792841 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0207  extracellular solute-binding protein  25.05 
 
 
567 aa  109  1e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0169  hypothetical protein  25.57 
 
 
518 aa  109  1e-22  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0161  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.75 
 
 
529 aa  108  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.485134  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1590  extracellular solute-binding protein family 5  24.1 
 
 
534 aa  108  3e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1651  extracellular solute-binding protein  27.51 
 
 
516 aa  108  3e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5235  extracellular solute-binding protein family 5  24.49 
 
 
522 aa  108  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0631  extracellular solute-binding protein family 5  24.51 
 
 
631 aa  107  4e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00116155  normal  0.250691 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3968  extracellular solute-binding protein  25.92 
 
 
537 aa  107  6e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.252184  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2547  extracellular solute-binding protein  26.81 
 
 
534 aa  107  6e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.220611  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5138  putative periplasmic peptide-binding protein ABC transporter  27.27 
 
 
495 aa  106  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0462348 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0910  extracellular solute-binding protein  23.77 
 
 
555 aa  106  1e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.463169  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1755  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.07 
 
 
511 aa  105  2e-21  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6144  extracellular solute-binding protein family 5  25.6 
 
 
533 aa  105  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.5133  hitchhiker  0.00348679 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4858  putative ABC transporter, substrate-binding protein  26.94 
 
 
531 aa  105  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.185299  normal  0.554017 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2972  extracellular solute-binding protein  26.61 
 
 
535 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.439804  normal  0.190808 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0520  extracellular solute-binding protein family 5  25.75 
 
 
545 aa  105  2e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1145  extracellular solute-binding protein  23.69 
 
 
565 aa  105  2e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00838015  normal  0.546746 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3320  extracellular solute-binding protein  25.26 
 
 
528 aa  105  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0123121  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0750  extracellular solute-binding protein  25.76 
 
 
535 aa  105  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3103  extracellular solute-binding protein family 5  22.08 
 
 
526 aa  105  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.529212  normal  0.177978 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1483  extracellular solute-binding protein  24.42 
 
 
551 aa  105  3e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.228319  normal  0.152124 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0208  extracellular solute-binding protein  28.61 
 
 
575 aa  105  3e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1771  extracellular solute-binding protein family 5  27.75 
 
 
547 aa  104  4e-21  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0266  extracellular solute-binding protein family 5  29.28 
 
 
575 aa  104  4e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5116  ABC transporter periplasmic binding protein  23.85 
 
 
531 aa  104  5e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4764  extracellular solute-binding protein  25.11 
 
 
539 aa  104  5e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1319  extracellular solute-binding protein family 5  26.96 
 
 
521 aa  104  5e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0396363  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1253  extracellular solute-binding protein family 5  27.15 
 
 
517 aa  103  6e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.245274  normal  0.49371 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58420  putative binding protein component of ABC dipeptid  23.85 
 
 
533 aa  104  6e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.851894  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1797  extracellular solute-binding protein family 5  25.05 
 
 
551 aa  103  7e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.645119  normal  0.0256709 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2049  extracellular solute-binding protein  24.11 
 
 
540 aa  103  8e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0093  extracellular solute-binding protein  24.74 
 
 
604 aa  103  8e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.503977 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1324  extracellular solute-binding protein  26.6 
 
 
512 aa  103  9e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.725738 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1765  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  27.47 
 
 
596 aa  103  9e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.220703  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>