More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6935 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_6935  AcrB/AcrD/AcrF family mulitdrug efflux protein  100 
 
 		 377 aa  744    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.532768  normal  0.737034 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3539  secretion protein HlyD  68.75 
 
 		 402 aa  493  9.999999999999999e-139  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2742  secretion protein HlyD  67.66 
 
 		 401 aa  462  1e-129  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.285178 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4027  secretion protein HlyD  64.17 
 
 		 399 aa  458  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.278871  normal  0.718772 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3781  secretion protein HlyD  62.96 
 
 		 398 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.012367 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1684  efflux transporter, RND family, MFP subunit  66.11 
 
 		 399 aa  430  1e-119  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2680  secretion protein HlyD  53.48 
 
 		 393 aa  363  2e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.957988  normal  0.305533 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4503  RND family efflux transporter MFP subunit  52.59 
 
 		 384 aa  350  2e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.148496 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5151  efflux transporter, RND family, MFP subunit  52.66 
 
 		 385 aa  350  3e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.206378  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6004  AcrB/AcrD/AcrF family mulitdrug efflux protein  53.31 
 
 		 378 aa  347  2e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00823963 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3527  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.57 
 
 		 446 aa  339  4e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3651  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.57 
 
 		 441 aa  339  5e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3327  RND family efflux transporter MFP subunit  49.57 
 
 		 441 aa  338  7e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3399  RND family efflux transporter MFP subunit  50.71 
 
 		 406 aa  333  2e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.852955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4472  RND family efflux transporter MFP subunit  51.76 
 
 		 447 aa  331  1e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0821721 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3685  efflux transporter, RND family, MFP subunit  51.1 
 
 		 398 aa  324  2e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.186863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1117  secretion protein HlyD  49.42 
 
 		 367 aa  319  5e-86  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2893  secretion protein HlyD  48.74 
 
 		 385 aa  312  5.999999999999999e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.127871  normal  0.371656 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4427  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.59 
 
 		 394 aa  312  6.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2941  RND family efflux transporter MFP subunit  50.15 
 
 		 397 aa  303  2.0000000000000002e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.224778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2482  RND family efflux transporter MFP subunit  48.17 
 
 		 391 aa  303  5.000000000000001e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3455  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.17 
 
 		 391 aa  298  1e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.297905 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3015  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.11 
 
 		 384 aa  298  1e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.78 
 
 		 390 aa  296  3e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.122287 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2937  RND family efflux transporter MFP subunit  48.74 
 
 		 391 aa  295  1e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0383787 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2314  RND family efflux transporter MFP subunit  47.61 
 
 		 391 aa  295  1e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2035  secretion protein HlyD  46.28 
 
 		 430 aa  293  3e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.789986  hitchhiker  0.00327746 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1990  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.41 
 
 		 392 aa  292  5e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.759025  normal  0.937313 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0501  RND family efflux transporter MFP subunit  46.96 
 
 		 430 aa  286  4e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0285  RND family efflux transporter MFP subunit  45.03 
 
 		 386 aa  286  4e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.884794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2758  secretion protein HlyD  43.8 
 
 		 385 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215327  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2066  secretion protein HlyD  42.47 
 
 		 428 aa  280  2e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.567226  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2283  secretion protein HlyD  43.63 
 
 		 386 aa  279  5e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00947214 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.64 
 
 		 395 aa  279  5e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.279031  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3329  secretion protein HlyD  45.45 
 
 		 386 aa  278  9e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60850  multidrug efflux RND membrane fusion protein  45.28 
 
 		 387 aa  276  3e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4831  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.62 
 
 		 424 aa  276  5e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.630346  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3440  secretion protein HlyD  45.81 
 
 		 415 aa  272  9e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5495  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.14 
 
 		 384 aa  269  5e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.318515  normal  0.60957 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5599  secretion protein HlyD  44.04 
 
 		 418 aa  268  8.999999999999999e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5963  RND family efflux transporter MFP subunit  44.04 
 
 		 418 aa  268  8.999999999999999e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0363452 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2593  multidrug resistance protein, AcrA/AcrE family  43.58 
 
 		 386 aa  268  1e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.800698  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0389  RND family efflux transporter MFP subunit  44.96 
 
 		 434 aa  268  1e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6463  RND family efflux transporter MFP subunit  43.77 
 
 		 418 aa  266  5.999999999999999e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.984064  normal  0.35165 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0318  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.87 
 
 		 436 aa  265  1e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.199682  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3714  RND family efflux transporter MFP subunit  44.61 
 
 		 408 aa  263  4e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.132208 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.46 
 
 		 422 aa  263  4.999999999999999e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00425578 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0011  acriflavin resistance lipoprotein A precursor  44.66 
 
 		 398 aa  262  6.999999999999999e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.511373  normal  0.0259122 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5240  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexC precursor  44.41 
 
 		 387 aa  261  1e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0331  RND family efflux transporter MFP subunit  43.77 
 
 		 394 aa  260  3e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.109026  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2427  RND family efflux transporter MFP subunit  44.35 
 
 		 380 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.412114  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5940  HlyD family secretion protein  42.77 
 
 		 425 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.591185  normal  0.295801 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3560  acriflavine resistance protein E  39.73 
 
 		 385 aa  259  6e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0550362  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0497  RND family efflux transporter MFP subunit  43.42 
 
 		 423 aa  259  8e-68  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.479969  normal  0.274836 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4007  secretion protein HlyD  39.5 
 
 		 386 aa  258  9e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.430649  normal  0.0665893 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3601  secretion protein HlyD  39.73 
 
 		 386 aa  258  9e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.804898  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3047  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.6 
 
 		 396 aa  258  1e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.376069  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3648  acriflavine resistance protein E  39.73 
 
 		 385 aa  258  1e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.444601  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3492  RND family efflux transporter MFP subunit  43.49 
 
 		 405 aa  257  2e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.474299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3745  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.32 
 
 		 423 aa  257  2e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51550  multidrug efflux pump membrane fusion protein  41.5 
 
 		 383 aa  257  2e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2369  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.46 
 
 		 433 aa  257  2e-67  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.137399  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0441  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.46 
 
 		 385 aa  256  3e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0287  acridine efflux pump  40.78 
 
 		 394 aa  256  3e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  39.5 
 
 		 392 aa  257  3e-67  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0441  RND family efflux transporter MFP subunit  39.46 
 
 		 385 aa  256  3e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.693626 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3750  acriflavine resistance protein E  39.46 
 
 		 385 aa  256  3e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00329123  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3458  acriflavine resistance protein E  39.46 
 
 		 385 aa  256  3e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000310651  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3241  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.62 
 
 		 398 aa  256  4e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3680  secretion protein HlyD family protein  40.73 
 
 		 405 aa  256  6e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3422  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.32 
 
 		 469 aa  256  7e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0323  RND family efflux transporter MFP subunit  42.37 
 
 		 433 aa  254  1.0000000000000001e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.827014 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0518  secretion protein HlyD  41.18 
 
 		 412 aa  255  1.0000000000000001e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4582  acriflavine resistance protein E  39.19 
 
 		 385 aa  255  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.153462  normal  0.314671 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03123  cytoplasmic membrane lipoprotein  39.19 
 
 		 385 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1127  RND family efflux transporter MFP subunit  39.73 
 
 		 395 aa  254  2.0000000000000002e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295973  unclonable  0.0000000230672 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03074  hypothetical protein  39.19 
 
 		 385 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0551  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.01 
 
 		 411 aa  253  3e-66  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3689  acriflavine resistance protein E  41.3 
 
 		 385 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.10776 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1070  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.94 
 
 		 397 aa  253  3e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00558937  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3655  acriflavine resistance protein E  41.3 
 
 		 385 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.369196 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3582  acriflavine resistance protein E  41.3 
 
 		 385 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.372723  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3067  acriflavine resistance protein A  39.62 
 
 		 395 aa  253  4.0000000000000004e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.018659  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3207  RND family efflux transporter MFP subunit  39.62 
 
 		 395 aa  253  4.0000000000000004e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.474787  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01888  drug efflux lipoprotein  43.1 
 
 		 409 aa  253  5.000000000000001e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.524066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2880  multidrug efflux protein  39.62 
 
 		 388 aa  253  5.000000000000001e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.876487 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0547  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.01 
 
 		 410 aa  252  7e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1418  secretion protein HlyD  44.25 
 
 		 400 aa  252  9.000000000000001e-66  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3588  secretion protein HlyD  45.37 
 
 		 415 aa  252  9.000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3583  acriflavine resistance protein E  41.03 
 
 		 385 aa  251  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.1 
 
 		 386 aa  250  2e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2697  multidrug resistance protein  41.74 
 
 		 400 aa  250  3e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0569  RND family efflux transporter MFP subunit  40.95 
 
 		 381 aa  250  3e-65  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4046  RND family efflux transporter MFP subunit  40.92 
 
 		 382 aa  250  3e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003895  membrane fusion protein of RND family multidrug efflux pump  36.94 
 
 		 379 aa  249  4e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00341624  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2656  RND family efflux transporter MFP subunit  44.25 
 
 		 432 aa  249  4e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.444245  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0395  acriflavine resistance protein A  41.8 
 
 		 409 aa  249  4e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0525  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  38.38 
 
 		 442 aa  249  6e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106985  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00414  multidrug efflux system  41.53 
 
 		 397 aa  249  7e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3147  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.53 
 
 		 397 aa  249  7e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.035839  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>