More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6875 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_6875  tRNA(Ile)-lysidine synthase  100 
 
 		 358 aa  681    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.487527  normal  0.0484276 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3507  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  63.53 
 
 		 345 aa  400  9.999999999999999e-111  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.381977  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4744  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  60.11 
 
 		 346 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2711  tRNA(Ile)-lysidine synthase  59.3 
 
 		 371 aa  365  1e-100  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.658001  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1316  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  62.46 
 
 		 346 aa  344  1e-93  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4142  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  60.11 
 
 		 347 aa  322  8e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1817  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  60.74 
 
 		 346 aa  308  8e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19753  normal  0.581265 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3082  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  54.87 
 
 		 368 aa  302  5.000000000000001e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5490  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  49.41 
 
 		 339 aa  207  3e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4334  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  48.79 
 
 		 345 aa  190  4e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.114566 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3637  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.73 
 
 		 400 aa  182  1e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.845838  normal  0.200954 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0282  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  48.16 
 
 		 344 aa  170  3e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.271533  normal  0.0151148 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0779  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  49.76 
 
 		 377 aa  161  1e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0526339 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0978  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  40.72 
 
 		 422 aa  160  3e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0172584  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2362  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  43.3 
 
 		 430 aa  159  9e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.54755  normal  0.628106 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0666  cell cycle protein  41.92 
 
 		 412 aa  156  4e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1097  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.84 
 
 		 434 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1114  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.21 
 
 		 417 aa  155  8e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0822323  normal  0.384948 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2125  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.96 
 
 		 443 aa  154  2e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.378443  normal  0.301003 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2319  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.92 
 
 		 412 aa  154  2e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.074868  normal  0.706957 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0878  cell cycle protein MesJ  34.96 
 
 		 433 aa  153  5e-36  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5309  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.45 
 
 		 347 aa  149  7e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1222  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.83 
 
 		 456 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.633545  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5387  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.47 
 
 		 342 aa  145  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0565  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.5 
 
 		 412 aa  144  3e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1097  PP-loop protein  46.99 
 
 		 462 aa  143  4e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.873661  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4841  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.41 
 
 		 342 aa  143  4e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0339142  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1467  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.72 
 
 		 338 aa  140  4.999999999999999e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0235653 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0689  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.57 
 
 		 409 aa  136  5e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.544883  normal  0.119595 
 
 
-
 
NC_004310  BR1692  hypothetical protein  43.46 
 
 		 448 aa  136  7.000000000000001e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1636  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.46 
 
 		 448 aa  135  8e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1254  cell cycle protein MesJ, putative  32.62 
 
 		 431 aa  134  1.9999999999999998e-30  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0077  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  40.36 
 
 		 326 aa  133  3.9999999999999996e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3168  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.84 
 
 		 446 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2413  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.89 
 
 		 450 aa  129  5.0000000000000004e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.2 
 
 		 454 aa  127  2.0000000000000002e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3626  hypothetical protein  40.84 
 
 		 454 aa  120  3e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0712602  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2624  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.85 
 
 		 453 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0441  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.73 
 
 		 321 aa  118  1.9999999999999998e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.226465  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0104  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  36.64 
 
 		 455 aa  115  1.0000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.192858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2735  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.42 
 
 		 459 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000920326  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3492  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.53 
 
 		 491 aa  113  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0309662  normal  0.10805 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1360  PP-loop  38.33 
 
 		 445 aa  112  9e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.12 
 
 		 471 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0862311  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0207  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.8 
 
 		 423 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.716943  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1618  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.25 
 
 		 524 aa  110  3e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0950801 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0079  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.28 
 
 		 509 aa  109  6e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0144  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.59 
 
 		 472 aa  109  6e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000175887  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1846  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.22 
 
 		 388 aa  109  6e-23  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0086  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.74 
 
 		 470 aa  109  8.000000000000001e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2187  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  40.99 
 
 		 444 aa  109  9.000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.150034  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0831  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.91 
 
 		 344 aa  108  1e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.209005  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0061  hypothetical protein  32.08 
 
 		 476 aa  107  3e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.625972  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0074  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.08 
 
 		 476 aa  107  3e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0125987  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3762  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34 
 
 		 445 aa  107  3e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0801202  hitchhiker  0.00083153 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5246  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.15 
 
 		 476 aa  107  4e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.320432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_31371  predicted protein  32.49 
 
 		 484 aa  107  4e-22  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00560  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.44 
 
 		 468 aa  107  4e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0427403  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2255  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.04 
 
 		 470 aa  106  8e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000164425  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0071  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.92 
 
 		 476 aa  105  1e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0062  hypothetical protein  32.92 
 
 		 476 aa  105  1e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0058  cell cycle protein  32.92 
 
 		 476 aa  105  1e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0058  cell cycle protein  31.56 
 
 		 476 aa  105  1e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0062  hypothetical protein  32.92 
 
 		 476 aa  105  1e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223025  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0068  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.38 
 
 		 480 aa  105  1e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.552857  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0083  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.53 
 
 		 481 aa  105  1e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.24629  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3027  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.9 
 
 		 486 aa  104  2e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00722625  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.93 
 
 		 476 aa  104  2e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.48 
 
 		 476 aa  104  2e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0070  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.15 
 
 		 476 aa  105  2e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.278443  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.44 
 
 		 464 aa  104  2e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8428  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.96 
 
 		 358 aa  105  2e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1891  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  35.25 
 
 		 468 aa  104  3e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000460009  hitchhiker  0.0000000000638883 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  31.83 
 
 		 464 aa  103  4e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17280  hypothetical protein  39.47 
 
 		 442 aa  103  4e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0294  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.15 
 
 		 433 aa  103  5e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.212762 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3547  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.81 
 
 		 427 aa  103  5e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.397659  normal  0.0756988 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1134  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.42 
 
 		 372 aa  103  6e-21  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1594  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.05 
 
 		 457 aa  102  7e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2662  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.12 
 
 		 474 aa  102  9e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0298541 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3197  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.01 
 
 		 492 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.508884  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0622  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.31 
 
 		 456 aa  102  1e-20  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.336141  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1464  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.69 
 
 		 464 aa  101  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.727377  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1179  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.69 
 
 		 464 aa  101  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0266  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.86 
 
 		 464 aa  100  4e-20  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  35.83 
 
 		 326 aa  100  5e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1004  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.86 
 
 		 521 aa  99.8  6e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.925519  normal  0.368038 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0996  cell cycle protein  34.57 
 
 		 458 aa  99.8  7e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000144135  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0357  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.84 
 
 		 414 aa  99.8  7e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173835  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0158  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.36 
 
 		 457 aa  99.4  9e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0865096  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1341  hypothetical protein  32.32 
 
 		 460 aa  99  1e-19  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.181704  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.67 
 
 		 457 aa  99  1e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2788  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.38 
 
 		 469 aa  98.6  1e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0437  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.28 
 
 		 349 aa  99  1e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000203685  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0228  MesJ/Ycf62 family protein  33 
 
 		 321 aa  98.2  2e-19  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.131932  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2027  ketose-bisphosphate aldolase, class-II  33.94 
 
 		 357 aa  98.2  2e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.481135  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1229  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.14 
 
 		 476 aa  97.4  3e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0014  hypothetical protein  22.15 
 
 		 401 aa  97.4  3e-19  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.709368  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1598  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  41.76 
 
 		 284 aa  97.4  3e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.331107 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2474  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.35 
 
 		 469 aa  97.1  4e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>