80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6423 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_6423  light harvesting pigment major facilitator family (MFS) transporter, Bch2-like protein  100 
 
 
444 aa  860    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3991  light harvesting pigment MFS transporter Bch2  66.44 
 
 
447 aa  553  1e-156  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.772479  normal  0.25213 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3746  PUCC protein  64.87 
 
 
447 aa  538  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00047851 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1720  PUCC protein  66.75 
 
 
438 aa  537  1e-151  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1303  PUCC protein  65.73 
 
 
452 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0628  PUCC protein  53.57 
 
 
449 aa  404  1e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.319243  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5366  PUCC protein  53.1 
 
 
455 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.238327  normal  0.20788 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1601  PUCC protein  54.3 
 
 
447 aa  392  1e-108  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3529  PUCC protein  51.05 
 
 
433 aa  383  1e-105  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.513682 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3713  PUCC protein  54.91 
 
 
448 aa  380  1e-104  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.368833  hitchhiker  0.000507532 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2062  PUCC protein  55.58 
 
 
455 aa  379  1e-104  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.035842 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4821  PUCC protein  54.46 
 
 
459 aa  375  1e-103  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.052711 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5288  PUCC protein  54 
 
 
458 aa  366  1e-100  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.212977  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1853  PUCC protein  54.7 
 
 
512 aa  364  2e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0108975 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1017  PUCC protein  51.79 
 
 
427 aa  358  9.999999999999999e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1921  PUCC protein  47.73 
 
 
427 aa  354  2e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.824161 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0278  putative light-harvesting 1 (B870) complex assembly protein PucC  48.82 
 
 
427 aa  353  5e-96  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0166  PUCC protein  39.26 
 
 
417 aa  217  4e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1903  PUCC protein  32.13 
 
 
433 aa  176  9e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00453505 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1543  PUCC protein  31.34 
 
 
433 aa  159  7e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000848404 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2893  PUCC protein  30.17 
 
 
474 aa  157  2e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00562586  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1022  PUCC protein  30.2 
 
 
434 aa  154  2.9999999999999998e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3432  PUCC protein  28.87 
 
 
434 aa  152  2e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0654139 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3165  PUCC protein  29.37 
 
 
474 aa  151  3e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0360392  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1668  PUCC protein  26.59 
 
 
448 aa  137  4e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3332  PUCC protein  27.71 
 
 
481 aa  136  8e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0614362 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1461  PucC protein  27.64 
 
 
449 aa  134  3.9999999999999996e-30  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.833113  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0518  PUCC protein  29.54 
 
 
449 aa  133  6.999999999999999e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3539  PUCC protein  27.97 
 
 
481 aa  133  7.999999999999999e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1287  PUCC protein  29.34 
 
 
432 aa  129  8.000000000000001e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0355  PUCC protein  27.13 
 
 
488 aa  128  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.446739 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0028  PUCC protein  28.42 
 
 
477 aa  125  2e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.30591  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0658  PUCC protein  26.32 
 
 
472 aa  124  3e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.573961 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1560  PUCC protein  25.79 
 
 
450 aa  124  4e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.507042  hitchhiker  0.000951091 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1849  PUCC protein  25.39 
 
 
448 aa  123  7e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0979  PUCC protein  26.9 
 
 
459 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0689  PucC protein  27.38 
 
 
448 aa  122  1.9999999999999998e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.85813  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2807  PUCC protein  28.04 
 
 
472 aa  120  3e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.724042 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0459  PUCC protein  25.56 
 
 
478 aa  120  3.9999999999999996e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.222585  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1534  PUCC protein  28.87 
 
 
457 aa  120  7e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00123663  hitchhiker  0.002835 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0990  PUCC protein  26.14 
 
 
452 aa  119  9.999999999999999e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1680  PUCC protein  26.99 
 
 
478 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3787  PUCC protein  27.03 
 
 
483 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2398  PUCC protein  28.92 
 
 
475 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.6432  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1240  PUCC protein  28.81 
 
 
484 aa  117  6e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000359132  unclonable  0.0000000283623 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0618  PUCC protein  27.93 
 
 
480 aa  116  7.999999999999999e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.328427  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3785  PUCC protein  28.68 
 
 
475 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0284698 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1762  hypothetical protein  29.41 
 
 
483 aa  115  2.0000000000000002e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1912  PUCC protein  29.11 
 
 
457 aa  115  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.199112  unclonable  0.0000123013 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4446  PucC chlorophyll MFS exporter  30.12 
 
 
473 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.742071 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6412  photosynthetic complex (LH1) assembly protein LhaA  28.57 
 
 
477 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4031  PucC protein, chlorophyll MFS exporter  30.12 
 
 
473 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.344544  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0911  PUCC protein  26.32 
 
 
449 aa  114  4.0000000000000004e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.592939  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0315  light-harvesting 1 (B870) complex assembly  26.39 
 
 
459 aa  113  8.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1960  PUCC protein  26.39 
 
 
459 aa  113  8.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.77527  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1933  PUCC protein  30.14 
 
 
479 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0290  light-harvesting 1 (B870) complex assembly  30.14 
 
 
479 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3131  PUCC protein  27.38 
 
 
452 aa  109  1e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.400987  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0156  PUCC protein  28.69 
 
 
478 aa  108  1e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1707  PUCC protein  24.03 
 
 
487 aa  105  2e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.711762  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1689  PUCC protein  24.03 
 
 
487 aa  105  2e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3083  chlorophyll major facilitator superfamily (MFS) exporter PucC  25.6 
 
 
475 aa  105  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4811  PUCC protein  30.39 
 
 
481 aa  104  3e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.200059 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5356  PUCC protein  30.39 
 
 
481 aa  103  6e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1632  PUCC protein  27.19 
 
 
475 aa  103  9e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.369944  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1318  PUCC protein  27.91 
 
 
477 aa  100  4e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.153345  normal  0.172961 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1735  PUCC protein  29.12 
 
 
477 aa  97.8  3e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1005  PUCC protein  28.07 
 
 
479 aa  98.2  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.516888 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5278  PUCC protein  30.08 
 
 
481 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2898  pucC  26.79 
 
 
467 aa  94.7  3e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2037  PUCC protein  26.69 
 
 
476 aa  91.3  3e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3976  LhaA protein  26.99 
 
 
477 aa  90.1  7e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.27032  normal  0.197279 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3723  PUCC protein  26.26 
 
 
476 aa  90.1  7e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0690908 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3731  PUCC protein  27.49 
 
 
477 aa  89.7  8e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.532821  hitchhiker  0.00503136 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1583  PUCC protein  26.18 
 
 
465 aa  87.4  5e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.652092  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1652  light-harvesting 1 (B870) complex assembly protein PucC-like  27.33 
 
 
459 aa  86.3  0.000000000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03411  Na+/melibiose symporter  24.69 
 
 
472 aa  82  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1843  PUCC protein  26.62 
 
 
475 aa  70.9  0.00000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.085296 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0326  major facilitator transporter  24.47 
 
 
462 aa  45.1  0.002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000804058  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0707  hypothetical protein  26.97 
 
 
463 aa  44.7  0.004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>