More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6118 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_6118  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  100 
 
 
379 aa  764    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.147292 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3686  extracellular ligand-binding receptor  56.42 
 
 
383 aa  417  9.999999999999999e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1650  extracellular ligand-binding receptor  55.97 
 
 
393 aa  411  1e-114  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1848  extracellular ligand-binding receptor  54.14 
 
 
389 aa  410  1e-113  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0671771  normal  0.122571 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3679  extracellular ligand-binding receptor  53.98 
 
 
407 aa  398  1e-109  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1027  extracellular ligand-binding receptor  51.51 
 
 
384 aa  394  1e-108  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000000299575  normal  0.161964 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1214  extracellular ligand-binding receptor  51.14 
 
 
380 aa  374  1e-102  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5317  extracellular ligand-binding receptor  29.91 
 
 
397 aa  142  8e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.862776  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2535  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.91 
 
 
397 aa  142  9e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3937  extracellular ligand-binding receptor  29.06 
 
 
397 aa  139  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108497  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3583  extracellular ligand-binding receptor  29.06 
 
 
397 aa  139  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.160701  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  30.68 
 
 
374 aa  137  3.0000000000000003e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0090  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.14 
 
 
395 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0960253  normal  0.350813 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0095  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.76 
 
 
399 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.237273 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  29.01 
 
 
397 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5102  extracellular ligand-binding receptor  28.98 
 
 
397 aa  134  3e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.294794 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.66 
 
 
396 aa  133  5e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  30.97 
 
 
376 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  29.32 
 
 
382 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  28.41 
 
 
395 aa  129  8.000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1866  extracellular ligand-binding receptor  30.85 
 
 
373 aa  127  3e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  32.75 
 
 
402 aa  125  1e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  28.9 
 
 
376 aa  124  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2361  extracellular ligand-binding receptor  28.14 
 
 
383 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00517611  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0050  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.97 
 
 
382 aa  123  6e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.143388  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3886  Extracellular ligand-binding receptor  29.72 
 
 
382 aa  122  9e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3017  extracellular ligand-binding receptor  30.15 
 
 
382 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.87 
 
 
376 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1741  Extracellular ligand-binding receptor  30.03 
 
 
375 aa  121  3e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.734186  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  28.29 
 
 
384 aa  119  7e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1695  extracellular ligand-binding receptor  29.89 
 
 
381 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5391  Extracellular ligand-binding receptor  28.94 
 
 
417 aa  118  1.9999999999999998e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.59544  normal  0.2602 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1131  extracellular ligand-binding receptor  26.27 
 
 
389 aa  118  1.9999999999999998e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 
404 aa  117  3e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1582  branched-chain amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  28.69 
 
 
388 aa  117  3.9999999999999997e-25  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000809144  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  27.01 
 
 
404 aa  117  5e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5431  extracellular ligand-binding receptor  31.82 
 
 
372 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.601412 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1429  Extracellular ligand-binding receptor  28.19 
 
 
386 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0505624  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6587  Extracellular ligand-binding receptor  27.12 
 
 
388 aa  114  3e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
394 aa  114  3e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  26.83 
 
 
379 aa  113  5e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  26.72 
 
 
404 aa  113  6e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  26.52 
 
 
379 aa  112  7.000000000000001e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  27.47 
 
 
399 aa  112  1.0000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2086  Extracellular ligand-binding receptor  28.17 
 
 
372 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3300  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.99 
 
 
379 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2271  extracellular ligand-binding receptor  28.08 
 
 
378 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.731283  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6489  extracellular ligand-binding receptor  28.82 
 
 
387 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.225285  normal  0.518138 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1720  extracellular ligand-binding receptor  26.04 
 
 
396 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.565956  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  29.1 
 
 
379 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  28.12 
 
 
376 aa  110  5e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4031  putative periplasmic substrate-binding protein  28.99 
 
 
379 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0165  outative extracellular ligand binding protein  28.99 
 
 
379 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3957  putative periplasmic substrate-binding protein  28.99 
 
 
379 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.877185  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3536  extracellular ligand-binding receptor  27.7 
 
 
388 aa  109  9.000000000000001e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000357876  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.77 
 
 
380 aa  108  1e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3027  putative periplasmic substrate-binding protein  28.99 
 
 
379 aa  108  1e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2966  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.99 
 
 
375 aa  108  1e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3344  putative periplasmic substrate-binding protein  28.99 
 
 
379 aa  108  1e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1575  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.99 
 
 
379 aa  108  1e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3114  Extracellular ligand-binding receptor  27.44 
 
 
364 aa  108  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  29.13 
 
 
381 aa  108  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2254  extracellular ligand-binding receptor  29.92 
 
 
373 aa  107  3e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.412845 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  28.33 
 
 
398 aa  107  3e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  26.11 
 
 
390 aa  107  4e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1592  leucine-specific binding precursor transmembrane protein  25.95 
 
 
380 aa  106  5e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  28.46 
 
 
394 aa  106  6e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3295  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.68 
 
 
379 aa  106  6e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114756  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30.28 
 
 
378 aa  106  7e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  28.74 
 
 
384 aa  106  9e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4108  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.38 
 
 
374 aa  104  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0910585  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  29.36 
 
 
390 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0129  extracellular ligand-binding receptor  29.4 
 
 
379 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.212558  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2941  extracellular ligand-binding receptor  29.4 
 
 
379 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.70065  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6014  extracellular ligand-binding receptor  26.24 
 
 
387 aa  104  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00769519 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2113  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.57 
 
 
399 aa  104  2e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0114  extracellular ligand-binding receptor  29.4 
 
 
379 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  26.97 
 
 
385 aa  105  2e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3845  extracellular ligand-binding receptor  27.55 
 
 
374 aa  104  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.390057  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1730  extracellular ligand-binding receptor  27.39 
 
 
393 aa  104  3e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.145058  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1137  Extracellular ligand-binding receptor  27.5 
 
 
393 aa  103  3e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0165472  normal  0.816566 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1774  extracellular ligand-binding receptor  27.86 
 
 
377 aa  103  4e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.110922  normal  0.433234 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  29.37 
 
 
379 aa  103  5e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5327  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  28.14 
 
 
372 aa  103  5e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.25236 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3488  extracellular ligand-binding receptor  30.28 
 
 
383 aa  103  5e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.761675 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
379 aa  103  5e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2114  Extracellular ligand-binding receptor  26.21 
 
 
405 aa  103  6e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.447818  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  27.58 
 
 
377 aa  103  6e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4698  extracellular ligand-binding receptor  25.85 
 
 
366 aa  103  6e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.026016  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0115  extracellular ligand-binding receptor  28.84 
 
 
379 aa  103  6e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4331  extracellular ligand-binding receptor  28.29 
 
 
373 aa  103  7e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3339  extracellular ligand-binding receptor  29.66 
 
 
383 aa  102  8e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0137407  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0398  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  30.58 
 
 
391 aa  102  8e-21  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000849541  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.41 
 
 
402 aa  102  9e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2254  extracellular ligand-binding receptor  25.87 
 
 
376 aa  102  1e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1248  extracellular ligand-binding receptor  26.8 
 
 
375 aa  102  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3495  Extracellular ligand-binding receptor  31.15 
 
 
381 aa  102  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0393  Extracellular ligand-binding receptor  29.13 
 
 
381 aa  102  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  25.68 
 
 
383 aa  101  2e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50520  branched-chain amino acid transport protein BraC  27.62 
 
 
373 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00592692 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>