23 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6006 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_6006  hypothetical protein  100 
 
 
286 aa  556  1e-157  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00787853 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2863  rubrerythrin  48.2 
 
 
272 aa  192  5e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2349  hypothetical protein  32.55 
 
 
299 aa  95.9  6e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0426  hypothetical protein  34.38 
 
 
295 aa  95.9  7e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.490973  normal  0.403275 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2379  rubrerythrin  46.84 
 
 
337 aa  94.4  2e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3140  hypothetical protein  33.33 
 
 
296 aa  94.4  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.525721 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1530  rubrerythrin  39.19 
 
 
178 aa  81.6  1e-14  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.88672  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2957  Rubrerythrin  34.03 
 
 
179 aa  76.3  5e-13  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.179708  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1840  ferredoxin  29.45 
 
 
302 aa  55.5  1e-06  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0478  hypothetical protein  29.86 
 
 
151 aa  53.9  3e-06  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2138  hypothetical protein  29.25 
 
 
162 aa  53.5  4e-06  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.942475  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0286  rubrerythrin  29.73 
 
 
174 aa  52.8  6e-06  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0660179 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3445  hypothetical protein  28.57 
 
 
162 aa  52.8  7e-06  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.35818  normal  0.0368438 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2010  ferredoxin  31.97 
 
 
301 aa  51.6  1e-05  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1839  hypothetical protein  27.89 
 
 
162 aa  50.8  2e-05  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3444  ferredoxin  30.46 
 
 
301 aa  50.4  3e-05  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.442671  normal  0.0403567 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2723  rubrerythrin  27.78 
 
 
167 aa  50.4  3e-05  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0811811  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0695  rubrerythrin  28.93 
 
 
170 aa  49.7  6e-05  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.289242  normal  0.0810169 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2009  hypothetical protein  27.21 
 
 
162 aa  48.9  9e-05  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2139  ferredoxin  30.82 
 
 
302 aa  46.6  0.0004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2337  hypothetical protein  26.03 
 
 
159 aa  45.8  0.0009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10560  ferritin-like protein  32.28 
 
 
152 aa  45.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.639396  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1750  rubrerythrin  27.97 
 
 
175 aa  44.3  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.386737 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>