More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_5541 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_5541  putative universal stress protein (Usp)  100 
 
 		 141 aa  288  1e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.201393 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1477  hypothetical protein  77.86 
 
 		 141 aa  230  4.0000000000000004e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.41182  normal  0.606344 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1327  hypothetical protein  76.43 
 
 		 141 aa  225  2e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4462  UspA domain protein  77.86 
 
 		 143 aa  225  2e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.60022  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3824  hypothetical protein  77.14 
 
 		 143 aa  216  1e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.186733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1660  hypothetical protein  75.71 
 
 		 143 aa  214  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.113526  normal  0.662915 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1232  UspA domain protein  37.32 
 
 		 143 aa  101  3e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2836  UspA domain protein  38.73 
 
 		 142 aa  100  9e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.123614  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2676  UspA domain protein  36.62 
 
 		 142 aa  99.8  1e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1834  universal stress protein F  39.04 
 
 		 144 aa  98.6  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1685  universal stress protein F  39.04 
 
 		 144 aa  98.6  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0435547 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1773  universal stress protein F  39.04 
 
 		 144 aa  98.6  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.633651  normal  0.0944552 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1771  universal stress protein F  39.04 
 
 		 144 aa  98.6  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0837729 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1502  universal stress protein F  39.04 
 
 		 144 aa  98.6  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.432099  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2532  UspA domain protein  38.73 
 
 		 142 aa  97.8  5e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4244  UspA domain-containing protein  40.28 
 
 		 144 aa  94.4  5e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1559  universal stress protein F  37.84 
 
 		 144 aa  94.4  5e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1994  universal stress protein F  37.84 
 
 		 144 aa  94  6e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.845186 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1613  universal stress protein F  37.84 
 
 		 144 aa  94  6e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.692656  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1834  UspA domain-containing protein  35.92 
 
 		 142 aa  94  6e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.52305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1777  universal stress protein F  37.84 
 
 		 144 aa  94  6e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01347  stress-induced protein, ATP-binding protein  38.36 
 
 		 144 aa  94  7e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2270  UspA domain protein  38.36 
 
 		 144 aa  94  7e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.397995  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1462  universal stress protein F  38.36 
 
 		 144 aa  94  7e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.694319  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01359  hypothetical protein  38.36 
 
 		 144 aa  94  7e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2280  UspA domain-containing protein  38.36 
 
 		 144 aa  94  7e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1937  UspA domain-containing protein  37.06 
 
 		 143 aa  91.7  3e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2566  UspA domain-containing protein  33.57 
 
 		 143 aa  90.1  9e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.31142  normal  0.160987 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0031  UspA domain protein  40.28 
 
 		 163 aa  90.1  1e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.781417  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0179  hypothetical protein  38.03 
 
 		 141 aa  89  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.019159  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0628  universal stress protein G  34.97 
 
 		 142 aa  87  7e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0659  universal stress protein G  34.97 
 
 		 142 aa  86.7  1e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0628  universal stress protein G  34.97 
 
 		 142 aa  86.7  1e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0693  universal stress protein G  34.97 
 
 		 142 aa  86.7  1e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.727878  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00576  universal stress protein UP12  34.27 
 
 		 142 aa  85.5  3e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3017  UspA domain protein  34.27 
 
 		 142 aa  85.5  3e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.1115  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00565  hypothetical protein  34.27 
 
 		 142 aa  85.5  3e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0521  universal stress protein G  34.27 
 
 		 142 aa  85.1  3e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3036  UspA domain-containing protein  34.27 
 
 		 142 aa  85.5  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2329  hypothetical protein  37.32 
 
 		 143 aa  82.8  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0727438  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001681  universal stress protein family 3  36.55 
 
 		 145 aa  80.1  0.000000000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0609  hypothetical protein  37.06 
 
 		 142 aa  79  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0479495  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1147  UspA domain-containing protein  32.17 
 
 		 142 aa  77.8  0.00000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.280901 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1265  hypothetical protein  36.43 
 
 		 136 aa  77  0.00000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2846  hypothetical protein  38.62 
 
 		 145 aa  74.7  0.0000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1445  UspA domain protein  31.21 
 
 		 144 aa  73.6  0.0000000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.228504  normal  0.253406 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2213  putative UspA domain protein  35 
 
 		 135 aa  73.2  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2040  putative universal stress protein  36.43 
 
 		 135 aa  72.8  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.190459  normal  0.175544 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3802  hypothetical protein  34.75 
 
 		 141 aa  72.4  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.356211  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0354  universal stress protein F  36.55 
 
 		 145 aa  72.4  0.000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00791  hypothetical protein  34.48 
 
 		 145 aa  72.4  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3481  UspA domain-containing protein  34.75 
 
 		 141 aa  72.4  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0866  UspA domain protein  32.86 
 
 		 139 aa  71.6  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0647651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2734  universal stress protein  34.46 
 
 		 141 aa  70.9  0.000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1165  UspA domain protein  33.56 
 
 		 152 aa  70.1  0.000000000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000867886  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0994  UspA domain protein  33.57 
 
 		 139 aa  70.1  0.000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3686  hypothetical protein  34.51 
 
 		 141 aa  68.6  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.460591 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0866  UspA domain protein  32.19 
 
 		 153 aa  67  0.00000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.682094  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1338  universal stress protein  33.33 
 
 		 145 aa  65.9  0.0000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.431225  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0603  UspA domain-containing protein  31.94 
 
 		 164 aa  65.1  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.784504  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2355  UspA domain protein  34 
 
 		 159 aa  63.9  0.0000000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0873  UspA domain protein  34.97 
 
 		 150 aa  63.9  0.0000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00734386  normal  0.0430196 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1250  hypothetical protein  32.41 
 
 		 143 aa  63.5  0.0000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.284687  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2060  UspA domain protein  31.91 
 
 		 145 aa  63.2  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000482374  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1118  universal stress protein  31.03 
 
 		 149 aa  61.2  0.000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3459  hypothetical protein  37.5 
 
 		 145 aa  61.2  0.000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.450632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0713  UspA domain-containing protein  30.5 
 
 		 145 aa  61.2  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00140239  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6366  UspA domain protein  30.71 
 
 		 155 aa  60.1  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0890005  normal  0.312841 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2686  universal stress protein  30.82 
 
 		 138 aa  60.1  0.00000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0810478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2171  UspA domain-containing protein  33.33 
 
 		 139 aa  59.7  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.981815  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1272  UspA domain-containing protein  35.57 
 
 		 145 aa  59.7  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1294  universal stress protein  32.64 
 
 		 152 aa  58.9  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.967689 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2059  UspA domain protein  34.23 
 
 		 156 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.3944  hitchhiker  0.00218931 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1162  UspA domain-containing protein  32.88 
 
 		 153 aa  58.9  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0534961  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3533  UspA domain protein  33.57 
 
 		 305 aa  57.8  0.00000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1603  UspA domain protein  32.41 
 
 		 208 aa  57.8  0.00000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2111  UspA domain-containing protein  31.03 
 
 		 146 aa  57  0.00000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000930123 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1950  universal stress protein UspE  33.11 
 
 		 310 aa  56.6  0.0000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2019  universal stress protein UspE  33.86 
 
 		 309 aa  56.6  0.0000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.865134  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2355  universal stress protein UspE  32.21 
 
 		 310 aa  55.8  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2678  hypothetical protein  32.21 
 
 		 149 aa  55.5  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.348095 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2014  UspA domain protein  35.57 
 
 		 307 aa  55.8  0.0000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.494901 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1352  hypothetical protein  34.03 
 
 		 137 aa  55.1  0.0000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.486756  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5818  UspA domain-containing protein  29.73 
 
 		 153 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0832063 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3813  UspA domain protein  35.46 
 
 		 283 aa  55.1  0.0000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1800  universal stress protein UspE  30.87 
 
 		 310 aa  55.5  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.846071  normal  0.320472 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2306  UspA domain-containing protein  32.21 
 
 		 155 aa  55.5  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1986  universal stress protein UspE  32.31 
 
 		 316 aa  54.7  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.652994  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1083  universal stress protein family  31.25 
 
 		 145 aa  54.7  0.0000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2211  universal stress protein UspE  32.21 
 
 		 310 aa  54.7  0.0000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00209938  normal  0.266977 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2223  universal stress protein UspE  32.21 
 
 		 310 aa  54.7  0.0000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000145957  normal  0.12873 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2015  universal stress protein UspE  32.21 
 
 		 310 aa  54.7  0.0000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000455059 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1960  universal stress protein UspE  32.21 
 
 		 310 aa  54.7  0.0000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00778314 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0180  UspA domain-containing protein  31.29 
 
 		 160 aa  55.1  0.0000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.149543  normal  0.974446 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2116  universal stress protein UspE  32.21 
 
 		 310 aa  54.7  0.0000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.673331  normal  0.0394292 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2223  universal stress protein UspE  31.16 
 
 		 310 aa  54.7  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0502569  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4496  universal stress protein UspE  32.21 
 
 		 310 aa  54.7  0.0000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2210  universal stress protein UspE  32.21 
 
 		 310 aa  54.7  0.0000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000689351  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6187  UspA domain protein  30 
 
 		 155 aa  54.7  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.751089  normal  0.351957 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0538  UspA domain protein  29.53 
 
 		 159 aa  54.7  0.0000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>