84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_5436 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_5436  carbohydrate-selective porin, OprB family  100 
 
 
446 aa  906    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.390026  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1632  putative porin B precursor outer (glucose porin) transmembrane protein  37.97 
 
 
456 aa  245  9.999999999999999e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3835  Carbohydrate-selective porin OprB  37.97 
 
 
456 aa  241  1e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.899229 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4912  Carbohydrate-selective porin OprB  37.97 
 
 
456 aa  241  1e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00363735  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23030  glucose/carbohydrate outer membrane porin OprB precursor  30.79 
 
 
454 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0211738 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4200  Carbohydrate-selective porin OprB  34.96 
 
 
482 aa  189  7e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34960  glucose-sensitive porin  31.55 
 
 
452 aa  187  4e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000209451  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4205  carbohydrate-selective porin OprB  32.17 
 
 
447 aa  186  5e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1943  outer membrane porin OprB precursor  30.57 
 
 
454 aa  186  6e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2838  carbohydrate-selective porin OprB  31.52 
 
 
455 aa  185  1.0000000000000001e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.258028  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1017  carbohydrate-selective porin OprB  31.93 
 
 
447 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.134295  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3070  carbohydrate-selective porin OprB  31.52 
 
 
455 aa  185  1.0000000000000001e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.681986  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2950  glucose-sensitive porin  31.32 
 
 
452 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.393124  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2860  carbohydrate-selective porin OprB  31.3 
 
 
454 aa  184  3e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.00385913  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1296  porin B  29.6 
 
 
453 aa  183  6e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.329329  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1019  porin B  31.7 
 
 
447 aa  182  7e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4360  carbohydrate-selective porin OprB  30.18 
 
 
444 aa  182  1e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.081551  normal  0.195321 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1117  carbohydrate-selective porin OprB  29.61 
 
 
453 aa  181  2e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00415727  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4276  carbohydrate-selective porin OprB  29.95 
 
 
444 aa  180  4e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.308576  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1057  carbohydrate-selective porin OprB  31.47 
 
 
447 aa  180  4e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177917  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4576  carbohydrate-selective porin OprB  28.6 
 
 
453 aa  180  4.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1445  porin B  29.95 
 
 
444 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.374886  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1082  carbohydrate-selective porin OprB  29.77 
 
 
448 aa  176  7e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0774059  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4366  carbohydrate-selective porin OprB  31.07 
 
 
448 aa  166  8e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00370105  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2957  carbohydrate-selective porin OprB  29.74 
 
 
422 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.107858  normal  0.40455 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2204  carbohydrate-selective porin OprB  29.21 
 
 
422 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.329498  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2351  carbohydrate-selective porin OprB  29.27 
 
 
422 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.348926  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1190  Carbohydrate-selective porin OprB  28.64 
 
 
501 aa  127  3e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4759  carbohydrate-selective porin OprB  28.87 
 
 
494 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.15964  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2711  carbohydrate-selective porin OprB  29.55 
 
 
417 aa  126  8.000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.695739  normal  0.810589 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5422  carbohydrate-selective porin OprB  28.95 
 
 
493 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.585602  normal  0.389505 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3570  carbohydrate-selective porin OprB  28.77 
 
 
396 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.481926  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00490  regulator of pathogenicity factors  28.3 
 
 
425 aa  124  3e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3503  carbohydrate-selective porin OprB  29.18 
 
 
514 aa  123  5e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.488626  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4863  carbohydrate-selective porin OprB  29.18 
 
 
514 aa  123  5e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0852  carbohydrate-selective porin OprB  28.28 
 
 
495 aa  122  9e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00942997 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0267  carbohydrate porin  29.21 
 
 
514 aa  120  6e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4236  carbohydrate-selective porin OprB  28.76 
 
 
492 aa  120  7e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.269576 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1331  carbohydrate-selective porin OprB  29.14 
 
 
510 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.901069  hitchhiker  0.00588319 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01615  regulator of pathogenicity factors  27.16 
 
 
440 aa  117  5e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00130056  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2033  Carbohydrate-selective porin OprB  28.11 
 
 
417 aa  115  1.0000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3354  carbohydrate porin  28.25 
 
 
504 aa  112  9e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3023  carbohydrate porin  28.25 
 
 
504 aa  112  9e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0489  carbohydrate porin  28.25 
 
 
504 aa  112  9e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2070  carbohydrate porin  28.25 
 
 
504 aa  112  9e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0296  carbohydrate porin  28.25 
 
 
504 aa  112  9e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0309  carbohydrate porin  28.38 
 
 
504 aa  113  9e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2652  carbohydrate porin  28.25 
 
 
504 aa  112  9e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.486905  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2771  carbohydrate-selective porin OprB  27.74 
 
 
534 aa  97.1  6e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.654501  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2998  Carbohydrate-selective porin OprB  27.61 
 
 
534 aa  94.7  3e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4831  Carbohydrate-selective porin OprB  26.76 
 
 
507 aa  92  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0156749  normal  0.100608 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2894  Carbohydrate-selective porin OprB  26.85 
 
 
509 aa  91.7  3e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.292984 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2528  Carbohydrate-selective porin OprB  26.33 
 
 
502 aa  91.3  3e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.310329 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1832  carbohydrate porin  26.52 
 
 
474 aa  90.9  4e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.378247 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4737  Carbohydrate-selective porin OprB  26.05 
 
 
502 aa  85.9  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0100904  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1115  Carbohydrate-selective porin OprB  26.09 
 
 
476 aa  85.5  0.000000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.967056  normal  0.588415 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3953  carbohydrate-selective porin OprB  25.57 
 
 
488 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0268403  normal  0.112791 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4004  carbohydrate-selective porin OprB  26.45 
 
 
483 aa  84.3  0.000000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.415789  normal  0.208066 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4227  carbohydrate-selective porin OprB  25.67 
 
 
498 aa  83.6  0.000000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796044  normal  0.013612 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1247  Carbohydrate-selective porin OprB  24.66 
 
 
512 aa  82  0.00000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1821  Carbohydrate-selective porin OprB  26.05 
 
 
486 aa  80.1  0.00000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2869  Carbohydrate-selective porin OprB  26.19 
 
 
490 aa  77  0.0000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.206481 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3558  carbohydrate-selective porin OprB  25.17 
 
 
534 aa  73.9  0.000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1597  carbohydrate-selective porin OprB  25.41 
 
 
480 aa  73.9  0.000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0966255  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2156  carbohydrate-selective porin OprB  24.04 
 
 
478 aa  73.6  0.000000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0904  Carbohydrate-selective porin OprB  23.33 
 
 
481 aa  69.7  0.0000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0673705 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1735  carbohydrate-selective porin OprB  23.68 
 
 
449 aa  65.1  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0819299 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1762  Carbohydrate-selective porin OprB  25.8 
 
 
446 aa  65.5  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.259805  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0854  Carbohydrate-selective porin OprB  26.4 
 
 
485 aa  63.2  0.00000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.648225 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1380  Carbohydrate-selective porin OprB  25.17 
 
 
522 aa  61.2  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.768391  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1384  carbohydrate-selective porin OprB  26.06 
 
 
490 aa  59.3  0.0000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00262831 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0870  carbohydrate-selective porin OprB  25.49 
 
 
481 aa  58.2  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.309638  hitchhiker  0.00100235 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1659  Carbohydrate-selective porin OprB  25.95 
 
 
490 aa  56.2  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.952267 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0997  hypothetical protein  21.44 
 
 
452 aa  53.1  0.000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3564  Carbohydrate-selective porin OprB  27.12 
 
 
486 aa  50.1  0.00008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1290  Carbohydrate-selective porin OprB  31.58 
 
 
492 aa  50.1  0.00009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10870  hypothetical protein  22.06 
 
 
434 aa  49.7  0.00009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00009778  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19511  hypothetical protein  23.81 
 
 
452 aa  49.7  0.0001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1274  carbohydrate-selective porin OprB  26.55 
 
 
494 aa  48.5  0.0002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3373  carbohydrate-selective porin OprB  26.55 
 
 
486 aa  48.9  0.0002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.389462  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1436  Carbohydrate-selective porin OprB  26.55 
 
 
481 aa  49.3  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624825  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3682  Carbohydrate-selective porin OprB  26.55 
 
 
486 aa  48.9  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0779  carbohydrate-selective porin OprB  28.88 
 
 
467 aa  48.5  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000860096  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2969  carbohydrate-selective porin OprB  21.26 
 
 
480 aa  46.6  0.0008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>