More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_5069 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_5069  50S ribosomal protein L4  100 
 
 		 206 aa  416  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.312873  normal  0.444752 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3447  50S ribosomal protein L4  91.26 
 
 		 206 aa  386  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.628566 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3183  50S ribosomal protein L4  87.86 
 
 		 206 aa  371  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.611189 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3666  50S ribosomal protein L4  87.38 
 
 		 206 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2296  50S ribosomal protein L4  86.89 
 
 		 206 aa  367  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1546  50S ribosomal protein L4  85.44 
 
 		 206 aa  362  2e-99  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1365  50S ribosomal protein L4  83.5 
 
 		 206 aa  354  5e-97  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.65413  normal  0.580974 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1909  50S ribosomal protein L4  72.33 
 
 		 206 aa  308  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00049189  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1680  50S ribosomal protein L4  71.84 
 
 		 206 aa  307  8e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.097299  hitchhiker  0.0000499421 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0579  50S ribosomal protein L4  73.3 
 
 		 206 aa  305  4.0000000000000004e-82  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0352  50S ribosomal protein L4  70.87 
 
 		 206 aa  302  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0987  50S ribosomal protein L4  72.82 
 
 		 206 aa  301  6.000000000000001e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.114211  normal  0.0168487 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1355  50S ribosomal protein L4  69.9 
 
 		 206 aa  300  9e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.700981  normal  0.0533022 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1677  50S ribosomal protein L4  70.87 
 
 		 206 aa  296  2e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.375579  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1431  50S ribosomal protein L4  71.84 
 
 		 206 aa  295  4e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.112454  normal  0.0117604 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1333  50S ribosomal protein L4  71.36 
 
 		 206 aa  291  5e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.177589 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1841  50S ribosomal protein L4  70.39 
 
 		 206 aa  288  3e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00656496  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1957  50S ribosomal protein L4  67.48 
 
 		 206 aa  287  8e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0135033  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1232  50S ribosomal protein L4  66.99 
 
 		 206 aa  285  2e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.24642  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1195  50S ribosomal protein L4  66.99 
 
 		 206 aa  285  2e-76  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.280242  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2441  50S ribosomal protein L4  66.02 
 
 		 206 aa  282  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.527594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2124  50S ribosomal protein L4  65.53 
 
 		 206 aa  282  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.478639 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2163  50S ribosomal protein L4  66.02 
 
 		 206 aa  282  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.591953 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2219  50S ribosomal protein L4  65.53 
 
 		 206 aa  277  7e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.372251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2737  ribosomal protein L4/L1e  69.9 
 
 		 206 aa  265  2e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.508185  normal  0.224795 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0699  50S ribosomal protein L4  63.11 
 
 		 206 aa  263  8.999999999999999e-70  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000231924  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0667  50S ribosomal protein L4  63.11 
 
 		 206 aa  263  8.999999999999999e-70  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000764856  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1615  50S ribosomal protein L4  61.65 
 
 		 212 aa  252  3e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.140901 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1794  50S ribosomal protein L4  58.74 
 
 		 211 aa  244  9e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.130776  normal  0.0731355 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2687  50S ribosomal protein L4  61.17 
 
 		 206 aa  242  3.9999999999999997e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0662732  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0277  50S ribosomal protein L4  60.68 
 
 		 205 aa  238  5e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.187422  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0584  50S ribosomal protein L4  57.28 
 
 		 206 aa  232  3e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.745098 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0247  50S ribosomal protein L4  58.25 
 
 		 205 aa  230  1e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.767965  normal  0.730186 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2533  50S ribosomal protein L4  54.85 
 
 		 206 aa  225  4e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.202589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1717  50S ribosomal protein L4  55.34 
 
 		 206 aa  224  1e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.27266  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0362  50S ribosomal protein L4  55.34 
 
 		 206 aa  224  1e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0760  50S ribosomal protein L4  56.8 
 
 		 206 aa  219  1.9999999999999999e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.536286  normal  0.490567 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1352  50S ribosomal protein L4  53.4 
 
 		 208 aa  201  5e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.149539 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2967  50S ribosomal protein L4  51.22 
 
 		 204 aa  198  3.9999999999999996e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.191884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1250  50S ribosomal protein L4  52.17 
 
 		 207 aa  190  1e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.919527  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2817  50S ribosomal protein L4  50.73 
 
 		 208 aa  190  1e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.477285 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1945  50S ribosomal protein L4  47.8 
 
 		 216 aa  178  4e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0108  50S ribosomal protein L4  46.63 
 
 		 207 aa  177  1e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0112  50S ribosomal protein L4  45.6 
 
 		 207 aa  175  4e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000123482  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0105  50S ribosomal protein L4  44.04 
 
 		 207 aa  170  1e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000104823  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0106  50S ribosomal protein L4  44.04 
 
 		 207 aa  169  3e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000544936  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0142  50S ribosomal protein L4  44.04 
 
 		 207 aa  168  5e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000690155  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5194  50S ribosomal protein L4  44.04 
 
 		 207 aa  168  5e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000834057  unclonable  1.98377e-25 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0111  50S ribosomal protein L4  44.04 
 
 		 207 aa  168  5e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000572324  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0111  50S ribosomal protein L4  44.04 
 
 		 207 aa  168  5e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000900585  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0107  50S ribosomal protein L4  44.04 
 
 		 207 aa  168  5e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  2.56557e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0132  50S ribosomal protein L4  44.04 
 
 		 207 aa  168  5e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000136863  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0105  50S ribosomal protein L4  44.04 
 
 		 207 aa  168  5e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000256275  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0111  50S ribosomal protein L4  44.04 
 
 		 207 aa  168  5e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000163463  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0123  50S ribosomal protein L4  44.04 
 
 		 207 aa  168  5e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.21989e-61 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2710  ribosomal protein L4/L1e  45.77 
 
 		 206 aa  166  2e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000254915  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0848  50S ribosomal protein L4P  41.95 
 
 		 207 aa  166  2e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000392239  decreased coverage  0.0000122182 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0603  ribosomal protein L4/L1e  45.24 
 
 		 209 aa  161  5.0000000000000005e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0709  50S ribosomal protein L4  40.59 
 
 		 205 aa  159  2e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0382078  n/a   
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_17340  Putative mitochondrial ribosomal protein L4  44.83 
 
 		 224 aa  157  9e-38  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.000952824  normal  0.0986734 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0611  50S ribosomal protein L4  41.95 
 
 		 205 aa  156  2e-37  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.937443  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0216  50S ribosomal protein L4  42.86 
 
 		 206 aa  156  2e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000320704  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4344  50S ribosomal protein L4  40.67 
 
 		 209 aa  155  5.0000000000000005e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000409516  normal  0.126717 
 
 
-
 
NC_002978  WD0680  50S ribosomal protein L4  40 
 
 		 204 aa  153  1e-36  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0323983  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0410  50S ribosomal protein L4  41.95 
 
 		 205 aa  154  1e-36  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.498861  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05720  50S ribosomal protein L4  41.35 
 
 		 208 aa  154  1e-36  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.316206  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0292  50S ribosomal protein L4  40 
 
 		 205 aa  153  2e-36  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000472593  unclonable  1.9716100000000001e-28 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0287  50S ribosomal protein L4  42.35 
 
 		 206 aa  152  4e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0371511  hitchhiker  0.00627174 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4025  ribosomal protein L4/L1e  38.81 
 
 		 221 aa  152  4e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000717748 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2317  50S ribosomal protein L4  41.41 
 
 		 207 aa  150  8.999999999999999e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000134967  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2276  50S ribosomal protein L4  41.41 
 
 		 207 aa  150  8.999999999999999e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000009811  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1523  ribosomal protein L4/L1e  40.91 
 
 		 207 aa  149  2e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.790483  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1482  50S ribosomal protein L4  39.18 
 
 		 207 aa  147  1.0000000000000001e-34  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000984788  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1556  ribosomal protein L4/L1e  42.11 
 
 		 207 aa  145  3e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0427554  normal  0.977876 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1068  50S ribosomal protein L4  37.31 
 
 		 207 aa  145  3e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000351414  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0423  50S ribosomal protein L4  37.31 
 
 		 207 aa  145  4.0000000000000006e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000203712  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0267  ribosomal protein L4  42.86 
 
 		 214 aa  145  4.0000000000000006e-34  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  unclonable  0.0000000000335514  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0396  50S ribosomal protein L4  40.49 
 
 		 209 aa  145  5e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1184  ribosomal protein L4/L1e  36.68 
 
 		 223 aa  144  6e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0059  50S ribosomal protein L4  42.27 
 
 		 207 aa  144  7.0000000000000006e-34  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0599605  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0702  50S ribosomal protein L4  41.4 
 
 		 206 aa  144  7.0000000000000006e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000569503  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0868  50S ribosomal protein L4  37.81 
 
 		 206 aa  144  8.000000000000001e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000685593  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3666  50S ribosomal protein L4  37.93 
 
 		 206 aa  144  1e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000305367  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3161  50S ribosomal protein L4  40.98 
 
 		 208 aa  144  1e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.614669 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1148  50S ribosomal protein L4  38.83 
 
 		 209 aa  142  4e-33  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0000671055  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2713  50S ribosomal protein L4  38.58 
 
 		 204 aa  141  5e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0982  ribosomal protein L4/L1e  35.44 
 
 		 209 aa  141  5e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.532922  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0195  LSU ribosomal protein L4P  38.89 
 
 		 207 aa  141  7e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00135777  normal  0.0747506 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2332  ribosomal protein L4/L1e  38.38 
 
 		 207 aa  140  9.999999999999999e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000847375  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2398  50S ribosomal protein L4  38.07 
 
 		 204 aa  140  1.9999999999999998e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000730975  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0789  50S ribosomal protein L4  33.95 
 
 		 221 aa  139  1.9999999999999998e-32  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1830  50S ribosomal protein L4  36.36 
 
 		 207 aa  139  3e-32  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0478396  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2459  50S ribosomal protein L4P  39.58 
 
 		 207 aa  139  3.9999999999999997e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0863955 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1744  50S ribosomal protein L4  37.86 
 
 		 208 aa  138  4.999999999999999e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000318286  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1937  50S ribosomal protein L4  38.76 
 
 		 209 aa  138  6e-32  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2904  50S ribosomal protein L4  37.56 
 
 		 208 aa  138  7e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000879055  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1573  ribosomal protein L4/L1e  37.25 
 
 		 207 aa  138  7e-32  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000791532  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0196  50S ribosomal protein L4  41.83 
 
 		 210 aa  138  7e-32  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.371225 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1616  ribosomal protein L4/L1e  37.31 
 
 		 212 aa  137  8.999999999999999e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1417  ribosomal protein L4/L1e  37.38 
 
 		 211 aa  137  1e-31  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.977567  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>