More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4715 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_4715  putative 2-nitropropane dioxygenase  100 
 
 
333 aa  660    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8517  2-nitropropane dioxygenase NPD  53.25 
 
 
326 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3068  2-nitropropane dioxygenase, NPD  43.56 
 
 
323 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0899956  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3202  oxidoreductase, 2-nitropropane dioxygenase family  43.56 
 
 
323 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.306208  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1082  2-nitropropane dioxygenase NPD  53.16 
 
 
328 aa  241  2e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.707108  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10021  hypothetical protein  47.68 
 
 
322 aa  232  8.000000000000001e-60  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0206  2-nitropropane dioxygenase, NPD  41.62 
 
 
348 aa  200  3e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2480  2-nitropropane dioxygenase, NPD  41.76 
 
 
288 aa  181  1e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.459764  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5156  2-nitropropane dioxygenase, NPD  40.63 
 
 
317 aa  161  1e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.707988  normal  0.110244 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2074  2-nitropropane dioxygenase, NPD  34.58 
 
 
315 aa  158  1e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000655776  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2787  2-nitropropane dioxygenase NPD  40 
 
 
331 aa  156  6e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0612  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.75 
 
 
323 aa  151  1e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.000000694328  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4881  2-nitropropane dioxygenase NPD  41.27 
 
 
320 aa  149  6e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2965  2-nitropropane dioxygenase NPD  35.38 
 
 
338 aa  149  9e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.752049  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1852  2-nitropropane dioxygenase-like protein  33.54 
 
 
317 aa  148  1.0000000000000001e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00272263  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1178  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  34.06 
 
 
316 aa  144  3e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000736816  hitchhiker  0.00901561 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1989  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.12 
 
 
325 aa  142  7e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.563999 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4537  2-nitropropane dioxygenase, NPD  40.57 
 
 
318 aa  138  1e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.262388  normal  0.792833 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1075  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.22 
 
 
328 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.192705  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1358  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  31.63 
 
 
316 aa  134  1.9999999999999998e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000252963  normal  0.0405419 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3001  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.61 
 
 
328 aa  132  6e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.152083  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1725  2-nitropropane dioxygenase, NPD  34.46 
 
 
313 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000021316  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43560  predicted protein  31.96 
 
 
361 aa  130  3e-29  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0311  dioxygenase  31.23 
 
 
321 aa  130  4.0000000000000003e-29  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3732  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.62 
 
 
324 aa  129  5.0000000000000004e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1099  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  33.01 
 
 
326 aa  129  5.0000000000000004e-29  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000664093  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1554  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.93 
 
 
324 aa  129  6e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.510846  normal  0.493902 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3013  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.32 
 
 
324 aa  128  2.0000000000000002e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.95223  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3819  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  33.12 
 
 
315 aa  127  3e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000661973  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5355  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.07 
 
 
328 aa  126  4.0000000000000003e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.660089  n/a   
 
 
-
 
NC_011685  PHATRDRAFT_38755  predicted protein  33.23 
 
 
343 aa  126  6e-28  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.172  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6053  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.63 
 
 
335 aa  125  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.483236  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1401  2-nitropropane dioxygenase NPD  31 
 
 
324 aa  124  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3841  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.2 
 
 
506 aa  124  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.278341  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0640  2-nitropropane dioxygenase, NPD  35.74 
 
 
316 aa  124  3e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000697959  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1242  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.79 
 
 
295 aa  122  7e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.488111 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0128  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.09 
 
 
314 aa  122  9e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0565011  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0126  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  32.09 
 
 
314 aa  122  9e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0317277  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1483  2-nitropropane dioxygenase, NPD  33.73 
 
 
335 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0758  2-nitropropane dioxygenase NPD  34.13 
 
 
331 aa  120  1.9999999999999998e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3114  2-nitropropane dioxygenase NPD  35.28 
 
 
492 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1839  2-nitropropane dioxygenase NPD  34.97 
 
 
319 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7147  2-nitropropane dioxygenase, NPD  29.83 
 
 
360 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0690438  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2356  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.14 
 
 
386 aa  119  4.9999999999999996e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0726815 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1587  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.99 
 
 
309 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000431839  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10270  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  34.34 
 
 
320 aa  118  9.999999999999999e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0212117  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0363  2-nitropropane dioxygenase NPD  29.79 
 
 
325 aa  118  9.999999999999999e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006693  CNH02830  2-nitropropane dioxygenase, putative  32.37 
 
 
409 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11150  2-nitropropane dioxygenase-like enzyme  30.77 
 
 
323 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0922  2-nitropropane dioxygenase, NPD  30.13 
 
 
319 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3433  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.42 
 
 
331 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.995497  normal  0.0477625 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2151  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.23 
 
 
332 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1215  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.59 
 
 
295 aa  116  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.58877  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1232  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.59 
 
 
295 aa  116  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.86313 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4936  2-nitropropane dioxygenase, NPD  35.14 
 
 
492 aa  116  6e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.121654 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2452  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.74 
 
 
345 aa  115  7.999999999999999e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6828  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.4 
 
 
325 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.670939  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0964  2-nitropropane dioxygenase NPD  30.18 
 
 
319 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0729206  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2031  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.9 
 
 
342 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3073  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.21 
 
 
327 aa  114  2.0000000000000002e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.479839  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0826  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.82 
 
 
332 aa  114  2.0000000000000002e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.289165  normal  0.500407 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3609  2-nitropropane dioxygenase, NPD  33.53 
 
 
323 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2147  2-nitropropane dioxygenase, NPD  30.12 
 
 
334 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5146  putative 2-nitropropane dioxygenase  31.72 
 
 
334 aa  113  5e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.199752  normal  0.0588296 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2021  2-nitropropane dioxygenase, NPD  30.7 
 
 
331 aa  113  5e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.01256  normal  0.586253 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4142  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.1 
 
 
332 aa  112  7.000000000000001e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.480237  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4296  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.1 
 
 
332 aa  112  7.000000000000001e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.458916  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4067  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.1 
 
 
332 aa  112  7.000000000000001e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4576  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.78 
 
 
330 aa  112  7.000000000000001e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.403113  normal  0.255193 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0738  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.83 
 
 
325 aa  112  9e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.11052  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1248  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.06 
 
 
326 aa  112  9e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.955135  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1638  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.06 
 
 
326 aa  112  9e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.397206  normal  0.560122 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7295  2-nitropropane dioxygenase NPD  30.5 
 
 
311 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13586  oxidoreductase  30.09 
 
 
355 aa  110  3e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.00804869  normal  0.19405 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0346  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  32.22 
 
 
319 aa  110  4.0000000000000004e-23  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.182837  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4186  2-nitropropane dioxygenase NPD  30.65 
 
 
329 aa  110  4.0000000000000004e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.330981  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1035  2-nitropropane dioxygenase NPD  27.03 
 
 
317 aa  109  7.000000000000001e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0997484  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28800  2-nitropropane dioxygenase-like enzyme  31.71 
 
 
324 aa  108  1e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.135482 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0431  trans-2-enoyl-ACP reductase II  30.43 
 
 
321 aa  108  1e-22  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2858  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.27 
 
 
316 aa  108  2e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6053  2-nitropropane dioxygenase NPD  35.06 
 
 
341 aa  107  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.146292 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5071  2-nitropropane dioxygenase, NPD  29.97 
 
 
356 aa  107  2e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.615847  normal  0.587247 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4772  2-nitropropane dioxygenase, NPD  29.97 
 
 
356 aa  107  2e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.829067  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3306  2-nitropropane dioxygenase, NPD  29.97 
 
 
342 aa  107  2e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.152065  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7089  2-nitropropane dioxygenase NPD  34.93 
 
 
329 aa  107  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4686  2-nitropropane dioxygenase, NPD  29.97 
 
 
356 aa  107  2e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.989955  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04120  oxidoreductase 2-nitropropane dioxygenase family, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G17430)  29.71 
 
 
380 aa  107  3e-22  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1008  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.01 
 
 
323 aa  107  3e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3064  2-nitropropane dioxygenase NPD  30.97 
 
 
311 aa  106  5e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4504  2-nitropropane dioxygenase, NPD  30.65 
 
 
338 aa  105  8e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.372283  normal  0.089603 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03855  oxidoreductase, 2-nitropropane dioxygenase family, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G07940)  31.5 
 
 
346 aa  105  1e-21  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1487  2-nitropropane dioxygenase, NPD  30.45 
 
 
356 aa  105  1e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4414  2-nitropropane dioxygenase NPD  35.71 
 
 
321 aa  104  2e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1009  2-nitropropane dioxygenase, NPD  30.75 
 
 
345 aa  104  2e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5269  2-nitropropane dioxygenase, NPD  29.89 
 
 
356 aa  103  3e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.353912 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1526  2-nitropropane dioxygenase NPD  28.24 
 
 
355 aa  103  5e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.172251  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5032  2-nitropropane dioxygenase NPD  47.4 
 
 
157 aa  103  5e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00985  putative dioxygenase  29.32 
 
 
314 aa  103  5e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3191  2-nitropropane dioxygenase NPD  34.2 
 
 
492 aa  102  6e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.269993 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04268  oxidoreductase, 2-nitropropane dioxygenase family, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G03850)  32.86 
 
 
356 aa  102  9e-21  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.00389838 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>