More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4384 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_4384  hypothetical protein  100 
 
 
314 aa  617  1e-175  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.491749  normal  0.153461 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5020  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  60.14 
 
 
311 aa  323  2e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0163627 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5324  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  55.95 
 
 
311 aa  315  6e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0700232  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1838  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  51.77 
 
 
366 aa  311  5.999999999999999e-84  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1789  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  53.54 
 
 
336 aa  310  2e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2173  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  51.45 
 
 
366 aa  310  2e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.420218 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0031  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  57.82 
 
 
328 aa  308  5.9999999999999995e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal  0.96246 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0196  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  50.35 
 
 
325 aa  287  1e-76  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.367878 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2728  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  51.15 
 
 
318 aa  284  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.171718  normal  0.304342 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3045  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  40.32 
 
 
313 aa  224  2e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425912  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3113  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  39.31 
 
 
310 aa  211  2e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2124  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  37.63 
 
 
320 aa  205  8e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0490929  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2380  hypothetical protein  43.33 
 
 
250 aa  201  9e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.110668  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3143  cell surface protein  40.33 
 
 
819 aa  196  5.000000000000001e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.302282  normal  0.566596 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3461  hypothetical protein  35.53 
 
 
1667 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0200466 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3013  hypothetical protein  37.54 
 
 
330 aa  182  6e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0810  putative surface layer protein  37.97 
 
 
1094 aa  181  1e-44  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1435  hypothetical protein  36.86 
 
 
335 aa  181  2e-44  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.61404 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0108  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  39.65 
 
 
354 aa  178  1e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0109  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  37.81 
 
 
354 aa  176  7e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4139  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  38.6 
 
 
314 aa  167  2e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0101  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  37.81 
 
 
354 aa  166  4e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4507  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  38.6 
 
 
314 aa  166  5e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.790571  normal  0.70615 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4621  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  40.33 
 
 
318 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.70566  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0104  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  39.75 
 
 
353 aa  161  2e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2393  hypothetical protein  36.07 
 
 
391 aa  160  3e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0136177  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4199  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  39.86 
 
 
316 aa  159  8e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13098  normal  0.347847 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1704  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  38.18 
 
 
689 aa  158  9e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2353  triple helix repeat-containing collagen  38.74 
 
 
580 aa  158  1e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0162  hypothetical protein  34.13 
 
 
387 aa  157  2e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1111  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  34.39 
 
 
415 aa  154  1e-36  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  33.33 
 
 
752 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000481443  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0874  cell surface protein  35.03 
 
 
332 aa  153  4e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.560524  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1242  hypothetical protein  34.95 
 
 
810 aa  152  8e-36  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2304  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  31.49 
 
 
317 aa  151  1e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0594691 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8029  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  36.49 
 
 
314 aa  151  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.882346  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5104  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  39.37 
 
 
366 aa  144  2e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.109087 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1750  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  38.08 
 
 
451 aa  143  3e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000566962  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3263  hypothetical protein  33.54 
 
 
487 aa  143  5e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.000325549  normal  0.271166 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2584  surface antigen gene  36.97 
 
 
479 aa  142  9.999999999999999e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.223545  normal  0.185762 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4743  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  35.54 
 
 
457 aa  140  1.9999999999999998e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0008  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  32.32 
 
 
328 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1947  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  31.75 
 
 
321 aa  139  6e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.107167  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3094  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  31.73 
 
 
329 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2474  serine/threonine protein kinase  37.31 
 
 
776 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000122678  hitchhiker  0.00951365 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1859  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.23 
 
 
329 aa  136  5e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.981734  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3134  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.7 
 
 
329 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1536  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  32.32 
 
 
362 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0482  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  34.54 
 
 
326 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2413  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  31.08 
 
 
335 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.992934 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1892  hypothetical protein  29.17 
 
 
334 aa  134  3e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.181009  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5946  hypothetical protein  32.99 
 
 
335 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.413052  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2669  YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  30.23 
 
 
329 aa  133  5e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5316  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  30.31 
 
 
330 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.131426  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5012  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  31.85 
 
 
328 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4869  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  31.65 
 
 
362 aa  132  9e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.130812 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.9 
 
 
328 aa  131  2.0000000000000002e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.804553 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3144  hypothetical protein  33.8 
 
 
971 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0403657  normal  0.275799 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6378  hypothetical protein  37.98 
 
 
556 aa  131  2.0000000000000002e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.355816 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1335  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  31.65 
 
 
324 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.911892  normal  0.360031 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2259  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  31.06 
 
 
326 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.669403  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5454  alpha-1,2-mannosidase  35.09 
 
 
1189 aa  130  3e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.8868  normal  0.279794 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3937  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.25 
 
 
334 aa  130  4.0000000000000003e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.328417  normal 
 
 
-
 
NC_010181  BcerKBAB4_5389  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.45 
 
 
365 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.187033  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0107  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  38.43 
 
 
272 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4419  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  35.19 
 
 
1170 aa  127  2.0000000000000002e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.834695  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0690  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.64 
 
 
318 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0314651  normal  0.511949 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2189  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  33.47 
 
 
348 aa  127  3e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3145  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  31.38 
 
 
327 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1117  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  30.89 
 
 
331 aa  126  5e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2720  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  31.16 
 
 
327 aa  125  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.441743  normal  0.222343 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3620  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  31.85 
 
 
324 aa  124  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.793181  normal  0.0342651 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1798  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  31.45 
 
 
328 aa  124  2e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.178604 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4548  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  35.06 
 
 
347 aa  124  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.433204  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  39.3 
 
 
312 aa  123  3e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3772  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  32.08 
 
 
406 aa  124  3e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1180  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  37.14 
 
 
348 aa  123  4e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1471  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  33.89 
 
 
348 aa  122  6e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4004  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  32.45 
 
 
417 aa  120  3e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.540358  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1847  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.56 
 
 
328 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.1 
 
 
323 aa  119  6e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1241  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.62 
 
 
320 aa  119  7e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0330167  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1651  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  33.86 
 
 
366 aa  119  7.999999999999999e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0495995  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1940  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.85 
 
 
320 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.960235  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3832  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.08 
 
 
607 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000619199  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2182  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  29.25 
 
 
328 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.960919  normal  0.361947 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3230  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  36.21 
 
 
517 aa  115  8.999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.476229  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2611  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.24 
 
 
328 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1279  hypothetical protein  28.97 
 
 
329 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3038  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  31.3 
 
 
332 aa  114  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.355652  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1882  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.69 
 
 
383 aa  113  5e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0454626  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1813  hypothetical protein  32.41 
 
 
306 aa  112  7.000000000000001e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3851  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.01 
 
 
334 aa  112  1.0000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4977  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  31.65 
 
 
336 aa  112  1.0000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.370165  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0577  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  30.57 
 
 
652 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1794  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.62 
 
 
338 aa  110  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000588252 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0484  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  28.53 
 
 
323 aa  110  3e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.558778 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2583  hypothetical protein  27.54 
 
 
312 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2665  hypothetical protein  26.91 
 
 
325 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.320211  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2848  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  31.19 
 
 
329 aa  107  4e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.221591  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>