160 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4375 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_4375  putative outer-membrane protein  100 
 
 		 251 aa  499  1e-140  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.434769  normal  0.0632497 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3155  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  56.35 
 
 		 246 aa  264  1e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1567  putative outer-membrane protein precursor  56.92 
 
 		 258 aa  259  3e-68  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1543  putative outer-membrane protein  51.84 
 
 		 258 aa  256  3e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.403441  normal  0.192756 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4376  putative outer-membrane protein  54.75 
 
 		 260 aa  248  5e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.36541  normal  0.0609964 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2756  putative outer membrane protein  50.59 
 
 		 247 aa  244  8e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0841875  normal  0.703235 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2756  putative outer membrane protein  52.99 
 
 		 241 aa  242  3.9999999999999997e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2714  outer membrane protein  53.17 
 
 		 243 aa  234  9e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155382  normal  0.61221 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4523  putative outer-membrane protein precursor  50.4 
 
 		 237 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2080  putative outer-membrane protein precursor  52.33 
 
 		 251 aa  230  2e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.366829  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4525  putative outer-membrane protein  51.19 
 
 		 257 aa  227  1e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2763  putative outer-membrane protein precursor  50.89 
 
 		 251 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.285911 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3614  putative outer membrane protein  41.87 
 
 		 235 aa  175  7e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3103  OmpA-like transmembrane region  40.08 
 
 		 236 aa  125  5e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.309907  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4377  putative outer-membrane protein  38.08 
 
 		 245 aa  124  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.222597  normal  0.062323 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4826  OmpA-like transmembrane region  36.22 
 
 		 251 aa  115  5e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2145  outer membrane protein  35.98 
 
 		 274 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.225218  normal  0.619069 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3853  porin  36.88 
 
 		 240 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1941  outer membrane protein  34.73 
 
 		 254 aa  109  5e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  35.06 
 
 		 255 aa  108  6e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  36.43 
 
 		 236 aa  106  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2199  putative outer membrane protein  35.47 
 
 		 237 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3234  putative outer membrane protein  35.61 
 
 		 237 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0866  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  35.59 
 
 		 243 aa  103  4e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649997 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4560  outer membrane protein  37.6 
 
 		 238 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.400354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  36.5 
 
 		 452 aa  98.6  9e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  33.88 
 
 		 225 aa  96.3  4e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  31.34 
 
 		 255 aa  95.9  6e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  31.82 
 
 		 254 aa  94.7  1e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0188  outer membrane protein  35.46 
 
 		 453 aa  94  2e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0566764  normal  0.419379 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4374  putative outer-membrane protein  35.81 
 
 		 248 aa  94  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0950016 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0925  porin  37.64 
 
 		 243 aa  94.4  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.743956  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2815  outer membrane insertion C-terminal signal  31.6 
 
 		 997 aa  94  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71405  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0841  putative outer membrane protein  37.4 
 
 		 242 aa  93.2  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.227029 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0748  putative outer membrane protein  34.48 
 
 		 447 aa  91.3  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.272117 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0278  OmpA-like transmembrane region  32.95 
 
 		 245 aa  89  7e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.670906  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3175  hypothetical protein  32.23 
 
 		 566 aa  88.2  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424838  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2845  outer membrane autotransporter barrel  32.2 
 
 		 652 aa  86.7  3e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  30.77 
 
 		 258 aa  87  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4615  outer membrane protein  32.26 
 
 		 449 aa  86.3  4e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0901  outer membrane autotransporter  33.47 
 
 		 638 aa  86.3  5e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0244  outer membrane protein  34.14 
 
 		 241 aa  84  0.000000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  32.72 
 
 		 248 aa  81.3  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2780  hypothetical protein  30.11 
 
 		 570 aa  79  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0873  porin  30.41 
 
 		 449 aa  77.8  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0140955  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0795  putative outer membrane protein  29.22 
 
 		 454 aa  76.6  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.755835 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4378  putative outer-membrane protein, putative secreted protein  38.78 
 
 		 212 aa  76.6  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.0231919 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0108  porin  29.17 
 
 		 244 aa  77  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.0665959 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  30.53 
 
 		 232 aa  75.9  0.0000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1666  OmpA-like transmembrane region  33.33 
 
 		 238 aa  75.1  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  29.91 
 
 		 250 aa  75.1  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2735  hypothetical protein  29.32 
 
 		 570 aa  74.3  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1013  Outer membrane autotransporter barrel  30.93 
 
 		 645 aa  73.6  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.645383  normal  0.106647 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7235  putative outer membrane protein  31.6 
 
 		 193 aa  71.2  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.791611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0125  porin  33.04 
 
 		 283 aa  71.6  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0415  outer membrane protein  33.33 
 
 		 255 aa  70.5  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1337  putative outer membrane protein  32.16 
 
 		 241 aa  69.7  0.00000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2294  porin  30.45 
 
 		 250 aa  69.7  0.00000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5301  hypothetical protein  31.55 
 
 		 561 aa  69.3  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4691  hypothetical protein  28.25 
 
 		 562 aa  68.2  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  32.38 
 
 		 692 aa  67.4  0.0000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5086  porin  31.47 
 
 		 274 aa  67.8  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.62657  normal  0.99686 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4401  OmpA-like transmembrane region  26.72 
 
 		 559 aa  63.9  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0888  porin  32.62 
 
 		 239 aa  64.3  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164958 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  33.47 
 
 		 661 aa  63.2  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4249  Carbohydrate-selective porin OprB  28.89 
 
 		 670 aa  62.8  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  32.35 
 
 		 689 aa  62.8  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2788  hypothetical protein  28.05 
 
 		 578 aa  62.4  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0959536  normal  0.707292 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0733  outer membrane protein  30 
 
 		 209 aa  62.4  0.000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.130321  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5256  porin  29.01 
 
 		 287 aa  62  0.000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5028  porin  29.6 
 
 		 274 aa  62  0.000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.654238  normal  0.049005 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1729  putative outer membrane protein precursor  30.14 
 
 		 206 aa  60.8  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.259515 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4568  porin  29.44 
 
 		 274 aa  60.8  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170806  normal  0.117161 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3292  porin  29.41 
 
 		 296 aa  60.1  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11718 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0932  hypothetical protein  29.25 
 
 		 205 aa  59.7  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.544275  normal  0.834774 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4443  porin  32.5 
 
 		 296 aa  59.7  0.00000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.877928  normal  0.484649 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4907  porin  32.5 
 
 		 296 aa  59.7  0.00000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.279354  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1415  porin  33.51 
 
 		 276 aa  59.3  0.00000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000118187 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4957  porin  34.46 
 
 		 302 aa  58.9  0.00000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.100669 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0900  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  28.99 
 
 		 207 aa  58.2  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.801875  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0096  outer membrane protein, 31 kDa  29.11 
 
 		 237 aa  58.2  0.0000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1908  hypothetical protein  32.7 
 
 		 212 aa  57.8  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.807781  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0819  porin  28.76 
 
 		 204 aa  57.4  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0719605  normal  0.506038 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1247  hypothetical protein  32.98 
 
 		 212 aa  57.4  0.0000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.274349  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1770  putative outer membrane protein  27.95 
 
 		 571 aa  57  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2527  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  31.73 
 
 		 206 aa  56.6  0.0000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.442194 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3232  OmpA domain-containing protein  25.11 
 
 		 230 aa  56.2  0.0000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000209958  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1624  porin  27.61 
 
 		 285 aa  56.2  0.0000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3564  carbohydrate-selective porin OprB  30.97 
 
 		 724 aa  55.8  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3142  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  27.67 
 
 		 240 aa  55.8  0.0000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2587  porin  27.05 
 
 		 213 aa  55.8  0.0000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1622  outer membrane protein Omp31  28.63 
 
 		 261 aa  54.7  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5652  porin  27.78 
 
 		 207 aa  54.7  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.303382  normal  0.313957 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3147  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  29.33 
 
 		 206 aa  54.7  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0657581  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  31.28 
 
 		 662 aa  54.7  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3804  carbohydrate-selective porin OprB  27.6 
 
 		 708 aa  54.3  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0335542 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0133  porin  24.57 
 
 		 229 aa  53.9  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.679493  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4466  porin  32.39 
 
 		 288 aa  53.5  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.927137 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3108  porin  30.51 
 
 		 290 aa  53.5  0.000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0475237 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1182  porin  31.64 
 
 		 289 aa  53.5  0.000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.798606  normal  0.0724335 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>