192 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4374 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_4374  putative outer-membrane protein  100 
 
 
248 aa  498  1e-140  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0950016 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4377  putative outer-membrane protein  67.47 
 
 
245 aa  300  1e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.222597  normal  0.062323 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2145  outer membrane protein  65.1 
 
 
274 aa  270  1e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.225218  normal  0.619069 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  42.86 
 
 
255 aa  158  8e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4523  putative outer-membrane protein precursor  38.65 
 
 
237 aa  145  9e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3103  OmpA-like transmembrane region  44.02 
 
 
236 aa  144  9e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.309907  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2756  putative outer membrane protein  38.58 
 
 
247 aa  142  6e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0841875  normal  0.703235 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2714  outer membrane protein  40.48 
 
 
243 aa  141  1e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155382  normal  0.61221 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4826  OmpA-like transmembrane region  39.29 
 
 
251 aa  136  3e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2756  putative outer membrane protein  40.64 
 
 
241 aa  135  8e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1567  putative outer-membrane protein precursor  41.83 
 
 
258 aa  133  3e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109724  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3853  porin  40.7 
 
 
240 aa  132  5e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  42 
 
 
236 aa  131  8e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4375  putative outer-membrane protein  38.37 
 
 
251 aa  131  9e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.434769  normal  0.0632497 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3155  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  38.89 
 
 
246 aa  129  4e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0278  OmpA-like transmembrane region  38.98 
 
 
245 aa  129  5e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.670906  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0925  porin  43.28 
 
 
243 aa  129  5e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.743956  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2199  putative outer membrane protein  41.31 
 
 
237 aa  128  8e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3234  putative outer membrane protein  39.77 
 
 
237 aa  124  9e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  38.31 
 
 
452 aa  124  1e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0866  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  41.7 
 
 
243 aa  122  4e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0649997 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0748  putative outer membrane protein  34.52 
 
 
447 aa  122  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.272117 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0244  outer membrane protein  38.78 
 
 
241 aa  122  8e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4376  putative outer-membrane protein  36.64 
 
 
260 aa  121  9e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.36541  normal  0.0609964 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0733  outer membrane protein  39.67 
 
 
209 aa  117  1e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.130321  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0366  outer membrane protein Omp31  35.46 
 
 
240 aa  118  1e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0188  outer membrane protein  36.59 
 
 
453 aa  117  1e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0566764  normal  0.419379 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2080  putative outer-membrane protein precursor  39.69 
 
 
251 aa  116  3e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.366829  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0423  outer membrane protein, 31 kDa  35.06 
 
 
240 aa  116  3e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.91759  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4560  outer membrane protein  41.25 
 
 
238 aa  115  5e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.400354  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0841  putative outer membrane protein  40.91 
 
 
242 aa  115  7e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.227029 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4378  putative outer-membrane protein, putative secreted protein  38.89 
 
 
212 aa  112  7e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.0231919 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  37.4 
 
 
225 aa  111  1e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  34.98 
 
 
258 aa  109  4e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0873  porin  38.34 
 
 
449 aa  109  5e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0140955  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  38.12 
 
 
232 aa  107  1e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2815  outer membrane insertion C-terminal signal  34.19 
 
 
997 aa  106  4e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71405  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1941  outer membrane protein  35.14 
 
 
254 aa  105  6e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1666  OmpA-like transmembrane region  40.52 
 
 
238 aa  103  2e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  33.33 
 
 
254 aa  103  3e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0108  porin  32.93 
 
 
244 aa  102  5e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.0665959 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0795  putative outer membrane protein  35.62 
 
 
454 aa  102  6e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.755835 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  35.83 
 
 
248 aa  102  6e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4615  outer membrane protein  32.75 
 
 
449 aa  101  9e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0888  porin  36.49 
 
 
239 aa  101  1e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164958 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7235  putative outer membrane protein  35.68 
 
 
193 aa  100  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.791611  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2763  putative outer-membrane protein precursor  34.36 
 
 
251 aa  99.8  4e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.285911 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4525  putative outer-membrane protein  35.69 
 
 
257 aa  97.1  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1337  putative outer membrane protein  37.84 
 
 
241 aa  96.7  3e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  33.88 
 
 
692 aa  95.9  5e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1622  outer membrane protein Omp31  32.09 
 
 
261 aa  95.5  8e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2567  hypothetical protein  34.67 
 
 
234 aa  95.1  8e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4691  hypothetical protein  33.46 
 
 
562 aa  94.7  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2780  hypothetical protein  30.88 
 
 
570 aa  92.4  6e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3232  OmpA domain-containing protein  30.62 
 
 
230 aa  92.4  6e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  2.09958e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4401  OmpA-like transmembrane region  35.42 
 
 
559 aa  91.7  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  35.05 
 
 
250 aa  91.3  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2294  porin  34.98 
 
 
250 aa  90.9  2e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4312  porin  28.63 
 
 
228 aa  90.5  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2341  porin  37.31 
 
 
236 aa  89.7  4e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608955  normal  0.297853 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  33.47 
 
 
255 aa  89.4  5e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3142  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  33.97 
 
 
240 aa  87.8  2e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1178  outer membrane protein  39.24 
 
 
207 aa  87.4  2e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.557551  normal  0.0838188 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3147  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  33.62 
 
 
206 aa  86.7  3e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0657581  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5301  hypothetical protein  36.56 
 
 
561 aa  86.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2735  hypothetical protein  33.33 
 
 
570 aa  85.9  5e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1363  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  33.91 
 
 
207 aa  85.1  9e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.76499  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1543  putative outer-membrane protein  30.68 
 
 
258 aa  84.7  1e-15  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.403441  normal  0.192756 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0115  putative outer membrane protein  28.45 
 
 
230 aa  83.6  2e-15  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0118  outer membrane protein, putative  28.45 
 
 
230 aa  83.6  2e-15  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.350872  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1282  putative outer membrane protein  33.8 
 
 
207 aa  83.6  3e-15  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.494917  normal  0.183567 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3175  hypothetical protein  29.7 
 
 
566 aa  83.2  4e-15  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424838  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2788  hypothetical protein  32.79 
 
 
578 aa  82.4  6e-15  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0959536  normal  0.707292 
 
 
-
 
NC_004310  BR0119  outer membrane protein, putative  29.67 
 
 
228 aa  82.4  6e-15  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.109473  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0116  putative outer membrane protein  29.67 
 
 
228 aa  82.4  7e-15  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0133  porin  31.55 
 
 
229 aa  81.3  1e-14  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.679493  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0900  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  33.48 
 
 
207 aa  80.9  2e-14  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.801875  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2343  porin  34.84 
 
 
207 aa  80.9  2e-14  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2527  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  32.75 
 
 
206 aa  79.3  5e-14  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.442194 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3614  putative outer membrane protein  32.45 
 
 
235 aa  79  7e-14  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  31.03 
 
 
661 aa  78.2  1e-13  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2587  porin  28.93 
 
 
213 aa  77  2e-13  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0096  outer membrane protein, 31 kDa  32.51 
 
 
237 aa  77  3e-13  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1729  putative outer membrane protein precursor  31.84 
 
 
206 aa  76.6  4e-13  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.259515 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2845  outer membrane autotransporter barrel  33.83 
 
 
652 aa  74.7  1e-12  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171202  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5652  porin  34.38 
 
 
207 aa  73.9  2e-12  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.303382  normal  0.313957 
 
 
-
 
NC_004310  BR0971  outer membrane protein, putative  26.88 
 
 
236 aa  73.9  2e-12  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0429  putative 31 kDa outer-membrane immunogenic protein precursor  29.2 
 
 
219 aa  73.6  3e-12  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.22814  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0132  porin  32.24 
 
 
229 aa  73.2  4e-12  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0329  carbohydrate-selective porin OprB  31.78 
 
 
674 aa  72.4  6e-12  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1770  putative outer membrane protein  31.8 
 
 
571 aa  71.2  2e-11  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  31.22 
 
 
689 aa  69.7  5e-11  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1234  porin  27.36 
 
 
211 aa  69.3  6e-11  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.248035  hitchhiker  1.66827e-05 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1561  outer membrane protein  31.44 
 
 
212 aa  67.8  1e-10  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3564  carbohydrate-selective porin OprB  28.95 
 
 
724 aa  67.4  2e-10  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7274  hypothetical protein  25.94 
 
 
693 aa  67  3e-10  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4191  porin  29.63 
 
 
277 aa  66.6  4e-10  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.572189  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4957  porin  26.98 
 
 
302 aa  66.2  4e-10  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.100669 
 
 
-
 
NC_004310  BR0701  outer-membrane protein Omp25  26.64 
 
 
213 aa  66.6  4e-10  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0475  porin  28.96 
 
 
283 aa  66.2  4e-10  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0556645  normal  0.835122 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>