More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4296 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_4296  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  100 
 
 
351 aa  664  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.258747  decreased coverage  0.00201809 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5148  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  71.6 
 
 
351 aa  449  1e-125  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43520  amino acid ABC transporter-like protein  59.94 
 
 
355 aa  349  3e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00847282  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0551  inner-membrane translocator  60.77 
 
 
355 aa  347  2e-94  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.340472  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1436  inner-membrane translocator  67.17 
 
 
344 aa  343  2e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.476305  hitchhiker  3.79274e-06 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2722  inner-membrane translocator  52.89 
 
 
358 aa  329  4e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.285208  normal  0.425385 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0263  inner-membrane translocator  50.87 
 
 
358 aa  328  8e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0217  inner-membrane translocator  54.35 
 
 
358 aa  328  1e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2988  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  59.62 
 
 
355 aa  324  1e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.475714  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0252  inner-membrane translocator  51.96 
 
 
358 aa  316  4e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.231195  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3801  inner-membrane translocator  57.23 
 
 
347 aa  303  2e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.444925  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3875  inner-membrane translocator  58.2 
 
 
347 aa  301  1e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.165994 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3493  inner-membrane translocator  57.56 
 
 
347 aa  292  7e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2985  inner-membrane translocator  58.36 
 
 
355 aa  291  2e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.538372  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2750  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  52.08 
 
 
354 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0595138  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3539  inner-membrane translocator  48.31 
 
 
358 aa  287  2e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.17747  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5009  inner-membrane translocator  48.3 
 
 
354 aa  285  8e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3003  inner-membrane translocator  51.44 
 
 
354 aa  285  1e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3610  inner-membrane translocator  44.71 
 
 
358 aa  284  2e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.963885  normal  0.413755 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43760  LivM family inner-membrane translocator  52.62 
 
 
352 aa  284  2e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.205767  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2546  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  54.45 
 
 
365 aa  281  8e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0601  inner-membrane translocator  45.68 
 
 
358 aa  280  2e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.828078  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3362  inner-membrane translocator  46.5 
 
 
358 aa  280  2e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.324406  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1156  inner-membrane translocator  46.73 
 
 
354 aa  275  1e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.412429  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0467  inner-membrane translocator  44.11 
 
 
358 aa  275  1e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.193008  normal  0.0775893 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0458  inner-membrane translocator  43.81 
 
 
358 aa  273  4e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.441083  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0784  inner-membrane translocator  48.39 
 
 
354 aa  271  1e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7158  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  50.79 
 
 
350 aa  268  1e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.258104  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3437  inner-membrane translocator  47.25 
 
 
354 aa  266  4e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00193702 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0118  inner-membrane translocator  45.2 
 
 
358 aa  266  5e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.301625  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0379  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livM  47.53 
 
 
358 aa  264  2e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.192974  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5036  inner-membrane translocator  46.59 
 
 
362 aa  261  9e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2769  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  56.23 
 
 
329 aa  259  3e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.387381  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0951  inner-membrane translocator  46.27 
 
 
358 aa  257  2e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2276  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  46.27 
 
 
358 aa  257  2e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.158559  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0051  inner-membrane translocator  45.87 
 
 
368 aa  256  4e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.702732 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2220  inner-membrane translocator  45.65 
 
 
358 aa  251  1e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.120044  normal  0.964416 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4005  inner-membrane translocator  43.89 
 
 
384 aa  244  2e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3507  inner-membrane translocator  39.58 
 
 
373 aa  187  2e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1595  inner-membrane translocator  42.66 
 
 
355 aa  173  4e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0543  inner-membrane translocator  41.1 
 
 
352 aa  172  6e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2358  inner-membrane translocator  38.69 
 
 
348 aa  171  2e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.165636  normal  0.556674 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5289  inner-membrane translocator  36.56 
 
 
357 aa  171  2e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.975087  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0625  inner-membrane translocator  40.34 
 
 
352 aa  170  4e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.580095  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4064  inner-membrane translocator  39.18 
 
 
345 aa  168  1e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2608  inner-membrane translocator  36.81 
 
 
357 aa  168  1e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3414  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.92 
 
 
357 aa  167  2e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0030  inner-membrane translocator  38.29 
 
 
345 aa  166  4e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0403  inner-membrane translocator  37.54 
 
 
346 aa  166  5e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3840  inner-membrane translocator  35.73 
 
 
349 aa  164  2e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0125888  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3134  inner-membrane translocator  38.26 
 
 
357 aa  164  2e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.628981  normal  0.885727 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0299  inner-membrane translocator  39.22 
 
 
357 aa  162  6e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.658484  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2426  inner-membrane translocator  38.86 
 
 
352 aa  162  9e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2284  inner-membrane translocator  37.67 
 
 
349 aa  161  1e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.98813  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1863  inner-membrane translocator  39.86 
 
 
356 aa  160  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0944  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  38.21 
 
 
350 aa  159  5e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.223424  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4178  inner-membrane translocator  36.17 
 
 
357 aa  159  6e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.983484  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2306  inner-membrane translocator  40.21 
 
 
357 aa  159  1e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  normal  0.0196621 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_815  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  37.86 
 
 
350 aa  157  2e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.488573  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5717  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  35.5 
 
 
357 aa  157  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0890739  normal  0.936934 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1834  inner-membrane translocator  40.56 
 
 
357 aa  156  4e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.519151  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0828  inner-membrane translocator  37.5 
 
 
350 aa  156  5e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1424  inner-membrane translocator  42.04 
 
 
381 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132982  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000401  branched-chain amino acid transport system permease protein livM  34.33 
 
 
355 aa  153  4e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.241122  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1567  inner-membrane translocator  36.59 
 
 
357 aa  151  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.394848  normal  0.43203 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0527  inner-membrane translocator  31.76 
 
 
562 aa  150  3e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0504  inner-membrane translocator  34.62 
 
 
571 aa  149  8e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.92013  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4574  inner-membrane translocator  36.61 
 
 
357 aa  148  1e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4096  inner-membrane translocator  37.25 
 
 
358 aa  148  1e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.949458  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1557  inner-membrane translocator  37.8 
 
 
357 aa  147  2e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.505429  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3500  inner-membrane translocator  38.31 
 
 
358 aa  147  4e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.674248  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2440  inner-membrane translocator  37.18 
 
 
356 aa  143  4e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2374  inner-membrane translocator  37.99 
 
 
356 aa  140  2e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2754  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.54 
 
 
325 aa  136  6e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.129032  normal  0.265528 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0138  inner-membrane translocator  38.02 
 
 
358 aa  134  2e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1545  inner-membrane translocator  37.09 
 
 
358 aa  131  2e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.137578  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2738  inner-membrane translocator  32.68 
 
 
360 aa  130  3e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  31.76 
 
 
317 aa  127  3e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1863  inner-membrane translocator  33.92 
 
 
321 aa  127  3e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1004  inner-membrane translocator  35.95 
 
 
333 aa  126  7e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7079  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livM  35.67 
 
 
338 aa  125  9e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.867419  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2238  inner-membrane translocator  31.14 
 
 
326 aa  125  2e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3558  inner-membrane translocator  33.75 
 
 
336 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.288511  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3659  inner-membrane translocator  31.53 
 
 
341 aa  123  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4939  inner-membrane translocator  36.86 
 
 
358 aa  123  4e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.408733  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0999  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.28 
 
 
328 aa  123  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.203493  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6116  branched chain amino acid ABC transporter permease  32.19 
 
 
332 aa  121  1e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661138  normal  0.287958 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1580  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.52 
 
 
317 aa  122  1e-26  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.571371  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.06 
 
 
307 aa  120  2e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0351  inner-membrane translocator  34.72 
 
 
345 aa  120  5e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0132915  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5684  inner-membrane translocator  33.77 
 
 
477 aa  119  9e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1741  inner-membrane translocator  35.34 
 
 
336 aa  119  1e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0493356  normal  0.156459 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1084  inner-membrane translocator  32.28 
 
 
435 aa  118  1e-25  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0450701  normal  0.660313 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1129  inner-membrane translocator  34.11 
 
 
299 aa  118  2e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2500  inner-membrane translocator  32.97 
 
 
317 aa  118  2e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0261  inner-membrane translocator  28.76 
 
 
324 aa  117  2e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  31.37 
 
 
407 aa  118  2e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  31.21 
 
 
415 aa  117  2e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  32.78 
 
 
319 aa  117  3e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  33.33 
 
 
407 aa  117  3e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>