More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4090 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_4090  branched chain amino acid ABC transporter permease  100 
 
 		 291 aa  560  1.0000000000000001e-159  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00306357  normal  0.062323 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1940  inner-membrane translocator  79.38 
 
 		 291 aa  436  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0065  inner-membrane translocator  79.44 
 
 		 291 aa  423  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.655704  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4763  inner-membrane translocator  79.09 
 
 		 291 aa  423  1e-117  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.496454 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1816  inner-membrane translocator  76.63 
 
 		 291 aa  411  1e-114  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.743274  normal  0.0200073 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0483  inner-membrane translocator  62.89 
 
 		 291 aa  355  3.9999999999999996e-97  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1320  inner-membrane translocator  39.4 
 
 		 293 aa  146  5e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3807  inner-membrane translocator  35.79 
 
 		 287 aa  134  1.9999999999999998e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2127  inner-membrane translocator  33.56 
 
 		 292 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.172623  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1928  inner-membrane translocator  30.9 
 
 		 290 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.45272  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1099  inner-membrane translocator  32.54 
 
 		 292 aa  116  5e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.110891  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1096  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  27.49 
 
 		 287 aa  115  7.999999999999999e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1194  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  27.49 
 
 		 287 aa  115  7.999999999999999e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.633758  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5994  branched chain amino acid ABC transporter permease  30.36 
 
 		 290 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0717664 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3660  inner-membrane translocator  28.62 
 
 		 287 aa  109  4.0000000000000004e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.741665  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1212  inner-membrane translocator  29.81 
 
 		 316 aa  108  8.000000000000001e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.273488  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3057  inner-membrane translocator  31.36 
 
 		 292 aa  107  3e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.299271  normal  0.394011 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0686  inner-membrane translocator  29.15 
 
 		 294 aa  105  9e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.215766  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  30.88 
 
 		 299 aa  105  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3980  ABC transporter permease  28.62 
 
 		 287 aa  104  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0118656 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2270  inner-membrane translocator  30.9 
 
 		 293 aa  103  3e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0241191 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0142  inner-membrane translocator  30.48 
 
 		 288 aa  103  3e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0260  inner-membrane translocator  28.04 
 
 		 287 aa  103  5e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4442  inner-membrane translocator  32.14 
 
 		 294 aa  102  6e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0598  inner-membrane translocator  27.72 
 
 		 304 aa  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.34105  normal  0.520758 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0481  branched chain amino acid ABC transporter permease  25.08 
 
 		 292 aa  101  2e-20  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  26.85 
 
 		 294 aa  100  4e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.844252  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0336  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  26.85 
 
 		 294 aa  100  4e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2555  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  26.94 
 
 		 293 aa  100  4e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.1036  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0907  inner-membrane translocator  31.16 
 
 		 292 aa  100  4e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.794087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2141  inner-membrane translocator  27.36 
 
 		 292 aa  99.8  5e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.694846 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1123  putative amino-acid transmembrane ABC transporter protein  27.27 
 
 		 335 aa  99.4  6e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.121709  normal  0.109582 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4918  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein BraD  27.06 
 
 		 304 aa  99.4  6e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3207  inner-membrane translocator  25.74 
 
 		 301 aa  99.4  6e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0728  inner-membrane translocator  27.42 
 
 		 303 aa  99.4  7e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2492  inner-membrane translocator  26.43 
 
 		 304 aa  98.6  1e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.366827  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0793  inner-membrane translocator  29.1 
 
 		 290 aa  98.6  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.806317  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4866  inner-membrane translocator  28.05 
 
 		 304 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.445859  hitchhiker  0.000815383 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3837  inner-membrane translocator  26.74 
 
 		 287 aa  97.4  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.622329  normal  0.114435 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2397  inner-membrane translocator  26.17 
 
 		 300 aa  97.4  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00620383 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4744  inner-membrane translocator  28.05 
 
 		 304 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.579328  hitchhiker  0.000000155208 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3202  inner-membrane translocator  26.86 
 
 		 338 aa  97.4  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.412227 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1501  inner-membrane translocator  29.69 
 
 		 291 aa  97.4  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.14327  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4658  inner-membrane translocator  27.72 
 
 		 304 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0026431 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4922  inner-membrane translocator  28.05 
 
 		 304 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.75867  hitchhiker  0.0000000000177319 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  28.57 
 
 		 291 aa  97.1  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28.9 
 
 		 291 aa  97.4  3e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0105  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  27.96 
 
 		 308 aa  96.7  4e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0332  inner-membrane translocator  30.77 
 
 		 293 aa  96.7  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.952251  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2588  inner-membrane translocator  30.48 
 
 		 290 aa  96.7  4e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1875  inner-membrane translocator  27.71 
 
 		 309 aa  95.9  6e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1905  inner-membrane translocator  28.72 
 
 		 290 aa  96.3  6e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.419507 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0229  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  27.87 
 
 		 308 aa  95.5  9e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.689889 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1161  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28.43 
 
 		 298 aa  95.5  1e-18  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1036  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28.43 
 
 		 298 aa  95.1  1e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.203386  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0271  inner-membrane translocator  25.73 
 
 		 319 aa  95.1  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297409  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0534  inner-membrane translocator  28.18 
 
 		 290 aa  95.1  1e-18  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000179103 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0611  inner-membrane translocator  27.27 
 
 		 300 aa  95.1  1e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5323  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter (permease protein)  28.76 
 
 		 305 aa  95.1  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.446123 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0099  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  27.96 
 
 		 308 aa  95.1  1e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5354  inner-membrane translocator  27.71 
 
 		 309 aa  94.7  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.764467 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2885  putative ABC transporter permiase component  28.99 
 
 		 277 aa  94.7  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0257829 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1675  inner-membrane translocator  29.43 
 
 		 299 aa  94.4  2e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.644536  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0259  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  25.9 
 
 		 301 aa  94.7  2e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1652  inner-membrane translocator  27.49 
 
 		 291 aa  94.4  2e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.124335  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0644  inner-membrane translocator  31.25 
 
 		 290 aa  94.7  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3056  inner-membrane translocator  26.35 
 
 		 292 aa  94.7  2e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0563  inner-membrane translocator  27.57 
 
 		 306 aa  94.7  2e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0182389  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  25.86 
 
 		 290 aa  94  3e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2415  inner-membrane translocator  25.95 
 
 		 316 aa  93.6  3e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.911595  normal  0.010798 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6112  inner-membrane translocator  25.95 
 
 		 316 aa  94  3e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0771  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28.09 
 
 		 298 aa  94  3e-18  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.171374  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0589  inner-membrane translocator  26.6 
 
 		 316 aa  94  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2522  inner-membrane translocator  25.95 
 
 		 316 aa  94  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1886  inner-membrane translocator  25.95 
 
 		 316 aa  94  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1091  inner-membrane translocator  27.68 
 
 		 325 aa  93.6  3e-18  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2544  inner-membrane translocator  25.95 
 
 		 316 aa  93.6  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.995133  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0797  inner-membrane translocator  25.95 
 
 		 316 aa  93.6  3e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.320354 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2497  inner-membrane translocator  25.95 
 
 		 316 aa  94  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.260851  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2105  inner-membrane translocator  26.71 
 
 		 309 aa  93.2  4e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1470  inner-membrane translocator  30.26 
 
 		 322 aa  93.2  4e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0553  inner-membrane translocator  28.15 
 
 		 304 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0455233  normal  0.45373 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5602  inner-membrane translocator  27.49 
 
 		 292 aa  93.2  4e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3871  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  28.2 
 
 		 308 aa  93.6  4e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.911793  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0835  inner-membrane translocator  25.17 
 
 		 301 aa  93.6  4e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.982603 
 
 
-
 
NC_004310  BR1791  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28 
 
 		 302 aa  92.8  5e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1848  inner-membrane translocator  26.57 
 
 		 292 aa  92.8  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.623579  normal  0.509442 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1725  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28 
 
 		 302 aa  92.8  6e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4210  inner-membrane translocator  31.31 
 
 		 304 aa  92.8  6e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0596533  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4925  inner-membrane translocator  26.58 
 
 		 293 aa  92.8  6e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0402653  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3364  inner-membrane translocator  25.32 
 
 		 309 aa  92.8  6e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.320486 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2712  inner-membrane translocator  25.32 
 
 		 309 aa  92.8  6e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4332  inner-membrane translocator  27 
 
 		 308 aa  92.4  7e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.797929  normal  0.146471 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3001  inner-membrane translocator  27.94 
 
 		 338 aa  92.4  8e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.893544 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0400  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  26.14 
 
 		 298 aa  92.4  8e-18  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2253  inner-membrane translocator  26.71 
 
 		 301 aa  92  9e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0785  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  25 
 
 		 316 aa  92  9e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3794  inner-membrane translocator  27.05 
 
 		 293 aa  92  9e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.751055  normal  0.192822 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3907  inner-membrane translocator  27.05 
 
 		 293 aa  92  9e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1779  inner-membrane translocator  27.39 
 
 		 305 aa  92  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.601101  normal  0.644499 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>