More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_3916 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_0912  penicillin-binding protein 1C  56.6 
 
 
710 aa  645    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108824  normal  0.087359 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1534  penicillin-binding protein 1C  71.84 
 
 
706 aa  1004    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.232379  normal  0.600626 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1391  penicillin-binding protein 1C  57.18 
 
 
704 aa  682    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3916  penicillin-binding protein 1C (PBP-1C)  100 
 
 
745 aa  1483    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.787281 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1733  penicillin-binding protein 1C  57.22 
 
 
705 aa  682    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0777193  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1396  penicillin-binding protein 1C  55.97 
 
 
767 aa  679    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00279545 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2824  penicillin-binding protein 1C  77.66 
 
 
680 aa  1059    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2918  penicillin-binding protein 1C  75.94 
 
 
731 aa  1025    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0405  penicillin-binding protein 1C  58.23 
 
 
699 aa  667    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00905597  normal  0.606283 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2543  penicillin-binding protein 1C  74.93 
 
 
696 aa  993    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.845119  normal  0.304866 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2552  penicillin-binding protein 1C  76.19 
 
 
750 aa  1036    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0465357  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2077  penicillin-binding protein 1C  77.1 
 
 
706 aa  1053    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.145944  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7154  penicillin-binding protein 1C  52.99 
 
 
692 aa  646    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.334526  normal  0.789669 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0258  penicillin-binding protein 1C  53.05 
 
 
699 aa  652    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1671  penicillin-binding protein 1C  57.77 
 
 
733 aa  671    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.60886 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3260  penicillin-binding protein 1C  57.27 
 
 
696 aa  693    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.247594  normal  0.375198 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3446  penicillin-binding protein 1C  51.78 
 
 
695 aa  638    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6006  penicillin-binding protein 1C  51.71 
 
 
693 aa  635  1e-180  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.155172 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0605  penicillin-binding protein 1C  50 
 
 
691 aa  617  1e-175  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4628  penicillin-binding protein 1C  50.82 
 
 
684 aa  608  9.999999999999999e-173  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.170087 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0023  penicillin-binding protein 1C  52.54 
 
 
674 aa  595  1e-168  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3922  penicillin-binding protein  49.78 
 
 
695 aa  586  1e-166  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.731246  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1355  glycosyl transferase family protein  52.39 
 
 
674 aa  580  1e-164  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.186022  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0013  penicillin-binding protein 1C  52.32 
 
 
674 aa  571  1e-161  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0471043 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0263  penicillin-binding protein 1C  46.21 
 
 
679 aa  571  1e-161  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.371203 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2772  penicillin-binding protein 1C  49.55 
 
 
690 aa  558  1e-157  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0637  penicillin-binding protein 1C  48.65 
 
 
683 aa  527  1e-148  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.405443  normal  0.682095 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0105  penicillin-binding protein 1C  48.96 
 
 
706 aa  520  1e-146  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0269  penicillin-binding protein 1C  42.15 
 
 
734 aa  476  1e-133  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3614  penicillin-binding protein 1C  45.73 
 
 
774 aa  438  1e-121  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.355013 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0603  bifunctional penicillin-binding protein 1C  43.73 
 
 
807 aa  432  1e-120  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1160  penicillin-binding protein 1C  42.94 
 
 
686 aa  434  1e-120  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.215949  normal  0.138456 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0390  penicillin-binding protein 1C  45.55 
 
 
780 aa  429  1e-119  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.3876 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0572  penicillin-binding protein 1C  45.38 
 
 
784 aa  428  1e-118  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1435  bifunctional penicillin-binding protein 1C precursor  44.19 
 
 
794 aa  428  1e-118  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.443847  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0611  penicillin-binding protein 1C  45.38 
 
 
784 aa  427  1e-118  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.585704  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1366  penicillin-binding protein 1C  45.45 
 
 
794 aa  427  1e-118  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0369246  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3748  penicillin-binding protein 1C  44.32 
 
 
770 aa  423  1e-117  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2683  penicillin-binding protein 1C  43.84 
 
 
771 aa  425  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2789  penicillin-binding protein 1C  43.84 
 
 
771 aa  423  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0400715  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2670  penicillin-binding protein 1C  44.14 
 
 
770 aa  422  1e-117  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2726  penicillin-binding protein 1C  43.66 
 
 
771 aa  423  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3022  penicillin-binding protein 1C  44.15 
 
 
793 aa  424  1e-117  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.505998 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2671  penicillin-binding protein 1C  44.14 
 
 
770 aa  422  1e-117  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.122147 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02411  fused transglycosylase/transpeptidase  44.14 
 
 
770 aa  421  1e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1149  penicillin-binding protein 1C  44.14 
 
 
770 aa  422  1e-116  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.391736  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2770  penicillin-binding protein 1C  43.66 
 
 
771 aa  421  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0068  penicillin-binding protein 1C  44.43 
 
 
680 aa  422  1e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2901  penicillin-binding protein 1C  43.84 
 
 
771 aa  422  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4387  penicillin-binding protein 1C  43.37 
 
 
782 aa  420  1e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02373  hypothetical protein  44.14 
 
 
770 aa  421  1e-116  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2894  penicillin-binding protein 1C  44.14 
 
 
770 aa  421  1e-116  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1158  penicillin-binding protein 1C  44.14 
 
 
770 aa  422  1e-116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.729598  normal  0.0485769 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0107  penicillin-binding protein 1C  40.58 
 
 
762 aa  421  1e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2803  penicillin-binding protein 1C  44.14 
 
 
770 aa  422  1e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4592  penicillin-binding protein 1C  44.85 
 
 
784 aa  421  1e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0233923 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3013  penicillin-binding protein 1C  44.44 
 
 
774 aa  417  9.999999999999999e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.928991  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09670  penicillin-binding protein 1C  41.99 
 
 
770 aa  418  9.999999999999999e-116  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0617  penicillin-binding protein 1C  45.45 
 
 
784 aa  419  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.701974  normal  0.0771525 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4847  penicillin-binding protein  44.57 
 
 
782 aa  413  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2472  penicillin-binding protein 1C  44.48 
 
 
799 aa  409  1e-113  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000462783 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3968  penicillin-binding protein  39 
 
 
790 aa  399  1e-109  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.337015  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0732  penicillin-binding protein 1C  44.85 
 
 
774 aa  391  1e-107  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5076  penicillin-binding protein 1C  38.6 
 
 
816 aa  367  1e-100  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.634438  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2639  penicillin-binding protein 1C  38.73 
 
 
793 aa  352  2e-95  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3903  penicillin-binding protein 1C  37.91 
 
 
766 aa  350  6e-95  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2254  penicillin-binding protein 1C, putative  35.12 
 
 
688 aa  336  1e-90  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.531479  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1901  glycosyl transferase family 51  35.12 
 
 
688 aa  336  1e-90  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1192  glycosyltransferase  35.59 
 
 
774 aa  334  3e-90  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.224348  normal  0.131145 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0543  membrane carboxypeptidase/penicillin-binding protein PbpC  38.29 
 
 
780 aa  322  1.9999999999999998e-86  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3054  penicillin-binding protein 1C  36.82 
 
 
787 aa  314  3.9999999999999997e-84  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1881  penicillin-binding protein 1C  36.82 
 
 
787 aa  314  3.9999999999999997e-84  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.983342  hitchhiker  0.000428352 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2980  penicillin-binding protein 1C  36.82 
 
 
787 aa  314  3.9999999999999997e-84  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2192  penicillin-binding protein 1C  37.26 
 
 
794 aa  313  1e-83  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1078  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  35.36 
 
 
724 aa  308  2.0000000000000002e-82  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00006738  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0164  penicillin-binding protein 1C  36.02 
 
 
797 aa  308  2.0000000000000002e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0836  penicillin-binding protein 1C  32.18 
 
 
719 aa  304  3.0000000000000004e-81  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.0734378 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1635  hypothetical protein  35.32 
 
 
775 aa  303  6.000000000000001e-81  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1629  hypothetical protein  35.5 
 
 
772 aa  303  7.000000000000001e-81  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0067  penicillin-binding protein 1C, putative  37.26 
 
 
760 aa  300  6e-80  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1500  penicillin-binding protein 1C  34.41 
 
 
734 aa  291  2e-77  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4282  penicillin-binding protein 1C  36.9 
 
 
760 aa  290  6e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2143  penicillin-binding protein  34.13 
 
 
765 aa  290  7e-77  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0067  penicillin-binding protein 1C  36.9 
 
 
762 aa  290  9e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0072  penicillin-binding protein 1C  36.47 
 
 
760 aa  288  2.9999999999999996e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1254  flagellar P-ring protein (basal body P-ring protein)  35.79 
 
 
722 aa  288  2.9999999999999996e-76  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0509  penicillin-binding protein 1C  37.3 
 
 
804 aa  286  1.0000000000000001e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.583992  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1530  penicillin-binding protein 1C  33.09 
 
 
764 aa  284  5.000000000000001e-75  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5133  penicillin-binding protein 1C  36.29 
 
 
809 aa  280  9e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.391992  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3235  penicillin-binding protein 1C  36.49 
 
 
809 aa  279  2e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5148  penicillin-binding protein 1C  36.46 
 
 
809 aa  278  3e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1293  penicillin-binding protein 1C  35.96 
 
 
772 aa  275  2.0000000000000002e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2356  penicillin-binding protein 1C  33.33 
 
 
762 aa  273  7e-72  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1225  penicillin-binding protein  31.13 
 
 
716 aa  270  7e-71  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.555971  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2036  glycosyl transferase family penicillin-binding protein transpeptidase  37.65 
 
 
779 aa  270  1e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0247082  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1168  penicillin-binding protein 1C  34.74 
 
 
798 aa  261  4e-68  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.676311  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1842  glycosyl transferase family 51  37.89 
 
 
782 aa  259  9e-68  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0117542  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0309  penicillin-binding protein 1C  31.02 
 
 
792 aa  257  6e-67  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1927  glycosyl transferase family 51  37.72 
 
 
782 aa  254  6e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0285568  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1576  penicillin-binding protein, putative  33.43 
 
 
713 aa  248  2e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.772594  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>